Nothing
### R code from vignette source 'mrbin.Rnw'
###################################################
### code chunk number 1: mrbin.Rnw:53-54 (eval = FALSE)
###################################################
## install.packages("mrbin")
###################################################
### code chunk number 2: mrbin.Rnw:59-60
###################################################
library(mrbin)
###################################################
### code chunk number 3: mrbin.Rnw:100-101 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-mrbin()
###################################################
### code chunk number 4: mrbin.Rnw:167-182 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-mrbin(parameters=list(dimension="1D",
## binwidth1D=.02,
## referenceScaling="Yes",
## removeSolvent="Yes",
## solventRegion=c(4.95,4.65),
## noiseRemoval="Yes",
## signal_to_noise1D=35,
## noiseThreshold=0.75,
## PQNScaling="No",
## fixNegatives="No",
## logTrafo="No",
## NMRfolders=c(system.file("extdata/1/10/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/2/10/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/3/10/pdata/10",package="mrbin"))
## ))
###################################################
### code chunk number 5: mrbin.Rnw:185-203
###################################################
mrbinResults<-mrbin(silent=TRUE,#this suppresses all interactive prompts
setDefault=FALSE,
parameters=list(verbose=TRUE,
dimension="1D",
binwidth1D=.02,
referenceScaling="Yes",
removeSolvent="Yes",
solventRegion=c(4.95,4.65),
noiseRemoval="Yes",
signal_to_noise1D=35,
noiseThreshold=0.75,
PQNScaling="No",
fixNegatives="No",
logTrafo="No",
NMRfolders=c(system.file("extdata/1/10/pdata/10",package="mrbin"),
system.file("extdata/2/10/pdata/10",package="mrbin"),
system.file("extdata/3/10/pdata/10",package="mrbin"))
))
###################################################
### code chunk number 6: mrbin.Rnw:211-212
###################################################
setNoiseLevels(mrbinResults,plotOnly=TRUE)
###################################################
### code chunk number 7: mrbin.Rnw:222-227 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-mrbin(parameters=list(
## NMRfolders=c("C:/Bruker/TopSpin3.6.1/data/guest/nmr/sample_1/10/pdata/10",
## "C:/Bruker/TopSpin3.6.1/data/guest/nmr/sample_2/10/pdata/10",
## "C:/Bruker/TopSpin3.6.1/data/guest/nmr/sample_3/10/pdata/10")
## ))
###################################################
### code chunk number 8: mrbin.Rnw:246-247 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-setNoiseLevels(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 9: mrbin.Rnw:259-260 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-removeNoise(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 10: mrbin.Rnw:265-266 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-atnv(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 11: mrbin.Rnw:273-275 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-setDilutionFactors(mrbinResults)
## mrbinResults<-dilutionCorrection(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 12: mrbin.Rnw:281-282 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-PQNScaling(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 13: mrbin.Rnw:289-290 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-logTrafo(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 14: mrbin.Rnw:297-298 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-unitVarianceScaling(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 15: mrbin.Rnw:303-304 (eval = FALSE)
###################################################
## plotResults(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 16: mrbin.Rnw:312-313 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-removeSpectrum(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 17: mrbin.Rnw:321-322 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-metadatamrbin(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 18: mrbin.Rnw:331-334
###################################################
mrbinResults<-metadatamrbin(mrbinResults,metadata=list(
projectTitle="Test project",
factors=factor(c("Control","Control","Treatment"))))
###################################################
### code chunk number 19: mrbin.Rnw:340-341
###################################################
plotPCA(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 20: mrbin.Rnw:351-360
###################################################
mrbinResults<-editmetabolitesmrbin(mrbinResults,borders=matrix(c(
1.346,1.324,21,23,
3.052,3.043,30.5,33.5,
4.066,4.059,57,59.5
),ncol=4,byrow=TRUE),metabolitenames=c(
"Lactate",
"Creatinine",
"Creatinine"
))
###################################################
### code chunk number 21: mrbin.Rnw:365-366
###################################################
plotPCA(mrbinResults,loadings=TRUE,annotate=TRUE)
###################################################
### code chunk number 22: mrbin.Rnw:377-385 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-editmrbin(
## mrbinResults,
## bins=mrbinResults$bins,#omit this line if no changes are made to bins
## parameters=list(noiseThreshold=0.75),
## metadata=list(projectTitle="Test project"),
## comment="Changed title and noise parameters",
## transformations="Scaling"#If you change bins, provide a short explanation
## )
###################################################
### code chunk number 23: mrbin.Rnw:390-391 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults$changeLog
###################################################
### code chunk number 24: mrbin.Rnw:397-398
###################################################
checkmrbin(mrbinResults)
###################################################
### code chunk number 25: mrbin.Rnw:406-421 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults2D<-mrbin(setDefault=TRUE,parameters=list(dimension="2D",
## binwidth2D=0.3,
## binheight=4,
## removeSolvent="Yes",
## solventRegion=c(4.95,4.65),
## noiseRemoval="Yes",
## signal_to_noise2D=5,
## noiseThreshold=0.75,
## PQNScaling="No",
## fixNegatives="No",
## logTrafo="No",
## NMRfolders=c(system.file("extdata/1/12/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/2/12/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/3/12/pdata/10",package="mrbin"))
## ))
###################################################
### code chunk number 26: mrbin.Rnw:423-441
###################################################
mrbinResults2D<-mrbin(silent=TRUE,#this suppresses all interactive prompts
setDefault=TRUE,
parameters=list(verbose=TRUE,
dimension="2D",
binwidth2D=0.3,
binheight=4,
removeSolvent="Yes",
solventRegion=c(4.95,4.65),
noiseRemoval="Yes",
signal_to_noise2D=5,
noiseThreshold=0.75,
PQNScaling="No",
fixNegatives="No",
logTrafo="No",
NMRfolders=c(system.file("extdata/1/12/pdata/10",package="mrbin"),
system.file("extdata/2/12/pdata/10",package="mrbin"),
system.file("extdata/3/12/pdata/10",package="mrbin"))
))
###################################################
### code chunk number 27: mrbin.Rnw:448-449
###################################################
setNoiseLevels(mrbinResults2D,plotOnly=TRUE)
###################################################
### code chunk number 28: mrbin.Rnw:461-462 (eval = FALSE)
###################################################
## load("C:/Users/User/Documents/mrbin.Rdata")
###################################################
### code chunk number 29: mrbin.Rnw:470-473
###################################################
mrbinResults2D<-metadatamrbin(mrbinResults,metadata=list(
projectTitle="Test project",
factors=factor(c("Control","Control","Treatment"))))
###################################################
### code chunk number 30: mrbin.Rnw:479-480
###################################################
plotPCA(mrbinResults2D)
###################################################
### code chunk number 31: mrbin.Rnw:486-495
###################################################
mrbinResults2D<-editmetabolitesmrbin(mrbinResults2D,borders=matrix(c(
1.346,1.324,21,23,
3.052,3.043,30.5,33.5,
4.066,4.059,57,59.5
),ncol=4,byrow=TRUE),metabolitenames=c(
"Lactate",
"Creatinine",
"Creatinine"
))
###################################################
### code chunk number 32: mrbin.Rnw:500-501
###################################################
plotPCA(mrbinResults2D,loadings=TRUE,annotate=TRUE)
###################################################
### code chunk number 33: mrbin.Rnw:510-533 (eval = FALSE)
###################################################
## results <- mrbin(parameters=list(dimension="1D",binMethod="Custom bin list",
## specialBinList=matrix(c(5.45,5.2,0,160,
## 2.9,2.74,0,160,
## 2.14,1.93,0,160,
## 1.41,1.2,0,160,
## 0.94,0.8,0,160,
## 2.44,2.2,0,160,
## 4.325,4.26,0,160
## ),ncol=4,byrow=TRUE,dimnames=list(c(
## "-CH=CH- Methene",
## "=CH-CH2-CH= Diallylic",
## "-CH2-CH=CH- Allylic",
## "-CH2- Methylene",
## "-CH3 Methyl",
## "COO-CH2-CH2- Methylene_to_carboxyl",
## "Glycerol"
## ),NULL)),
## referenceScaling="Yes",reference1D=c(0.03,-0.03),removeSolvent="No",
## noiseRemoval="No",PQNScaling="No",fixNegatives="Yes",logTrafo="No",
## NMRfolders=c(system.file("extdata/1/10/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/2/10/pdata/10",package="mrbin"),
## system.file("extdata/3/10/pdata/10",package="mrbin"))
## ))
###################################################
### code chunk number 34: mrbin.Rnw:553-554 (eval = FALSE)
###################################################
## mrbinResults<-mrbin()
###################################################
### code chunk number 35: mrbin.Rnw:613-614 (eval = FALSE)
###################################################
## atnv(NMRdataMatrix,noiseLevelVector)
###################################################
### code chunk number 36: mrbin.Rnw:629-630 (eval = FALSE)
###################################################
## mrplot()
###################################################
### code chunk number 37: mrbin.Rnw:639-642 (eval = FALSE)
###################################################
## readBruker(dimension="1D",
## folder=system.file("extdata/1/10/pdata/10",package="mrbin"))
## plotNMR()
###################################################
### code chunk number 38: mrbin.Rnw:648-651 (eval = FALSE)
###################################################
## addToPlot(dimension="1D",
## folder="C:/Bruker/TopSpin3.6.1/data/guest/nmr/sample_1/12/pdata/10")
## plotNMR()
###################################################
### code chunk number 39: mrbin.Rnw:657-660 (eval = FALSE)
###################################################
## addToPlot(dimension="2D",
## folder=system.file("extdata/1/12/pdata/10",package="mrbin"))
## plotNMR()
###################################################
### code chunk number 40: mrbin.Rnw:665-672 (eval = FALSE)
###################################################
## zoom(left=4.6, right=2, top=10, bottom=150) #Exact zoom
## zoomIn() #Zoom in
## zoomOut() #Zoom out
## intPlus() #Increase intensity
## intMin() #Decrease intensity
## left() #Move spectrum to the left
## right() #Move spectrum to the right
###################################################
### code chunk number 41: mrbin.Rnw:677-681 (eval = FALSE)
###################################################
## contMin() #Decrease minimum contour level (show more small peaks)
## contPlus() #Increase minimum contour level (remove small peaks)
## up() #Move spectrum up
## down() #Move spectrum down
###################################################
### code chunk number 42: mrbin.Rnw:701-719 (eval = FALSE)
###################################################
## #First, define group membership and create the example feature data
## group<-factor(c(rep("Group1",4),rep("Group2",5)))
## names(group)<-paste("Sample",1:9,sep="")
## dataset<-data.frame(
## Feature1=c(5.1,5.0,6.0,2.9,4.8,4.6,4.9,3.8,5.1),
## Feature2=c(2.6,4.0,3.2,1.2,3.1,2.1,4.5,6.1,1.3),
## Feature3=c(3.1,6.1,5.8,5.1,3.8,6.1,3.4,4.0,4.4),
## Feature4=c(5.3,5.2,3.1,2.7,3.2,2.8,5.9,5.8,3.1),
## Feature5=c(3.2,4.4,4.8,4.9,6.0,3.6,6.1,3.9,3.5),
## Feature6=c(6.8,6.7,7.2,7.0,7.3,7.1,7.2,6.9,6.8)
## )
## rownames(dataset)<-names(group)
## #train the logit model
## mod<-glm(group~Feature1+Feature2+Feature3+Feature4+Feature5+Feature6,
## data=data.frame(group=group,dataset),family="binomial")
## fiaresults<-fia(model=mod,dataSet=dataset,factors=group,
## parameterNameData="newdata",firstLevel=0,type="response")
## fiaresults$scores
Any scripts or data that you put into this service are public.
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.