demo/sens.R

In tgp: Bayesian Treed Gaussian Process Models

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### chunk number 1: 
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library(tgp)
seed <- 0; set.seed(seed)


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### chunk number 2: 
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f <- friedman.1.data(250) 


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### chunk number 3: 
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Xf <- f[, 1:6] 
Zf <- f$Y 
sf <- sens(X=Xf, Z=Zf, nn.lhs=600, model=bgpllm, verb=0)


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### chunk number 4: 
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names(sf$sens)


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### chunk number 5: sens-full
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plot(sf, layout="sens", legendloc="topleft")


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### chunk number 6: 
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graphics.off()


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### chunk number 7: sens-mains
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par(mar=c(4,2,4,2), mfrow=c(2,3))
plot(sf, layout="sens", maineff=t(1:6))


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### chunk number 8: 
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graphics.off()


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### chunk number 9: sens-indices
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plot(sf, layout="sens", maineff=FALSE)


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### chunk number 10: 
###################################################
graphics.off()


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### chunk number 11: 
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X <- airquality[,2:4]
Z <- airquality$Ozone
rect <- t(apply(X, 2, range, na.rm=TRUE))
mode <- apply(X , 2, mean, na.rm=TRUE)
shape <- rep(2,3)


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### chunk number 12: sens-udraw
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Udraw <- lhs(300, rect=rect, mode=mode, shape=shape)
par(mfrow=c(1,3), mar=c(4,2,4,2))
for(i in 1:3){
  hist(Udraw[,i], breaks=10,xlab=names(X)[i], 
       main="",ylab="", border=grey(.9), col=8) 
}  


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### chunk number 13: 
###################################################
graphics.off()


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### chunk number 14: 
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s.air <- suppressWarnings(sens(X=X, Z=Z, nn.lhs=300, rect=rect, 
                               shape=shape, mode=mode, verb=0))


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### chunk number 15: sens-air1
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plot(s.air, layout="sens")


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### chunk number 16: 
###################################################
graphics.off()


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### chunk number 17: 
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rect[2,] <- c(0,5)
mode[2] <- 2
shape[2] <- 2


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### chunk number 18: 
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sens.p <- suppressWarnings(sens(X=X,Z=Z,nn.lhs=300, model=NULL, rect=rect, shape=shape, mode=mode))


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### chunk number 19: sens-air2
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s.air2 <- predict(s.air, BTE=c(1,1000,1), sens.p=sens.p, verb=0) 
plot(s.air2, layout="sens")


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### chunk number 20: 
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graphics.off()


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### chunk number 21: 
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X$Temp[X$Temp >70] <- 1
X$Temp[X$Temp >1] <- 0
rect <- t(apply(X, 2, range, na.rm=TRUE))
mode <- apply(X , 2, mean, na.rm=TRUE)
shape <- c(2,2,0)
s.air <- suppressWarnings(sens(X=X, Z=Z, nn.lhs=300, rect=rect, 
                               shape=shape, mode=mode, verb=0, basemax=2))


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### chunk number 22: sens-air3
###################################################
plot(s.air, layout="sens")


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### chunk number 23: 
###################################################
graphics.off()