Description Usage Arguments Details Value See Also Examples
Create a summary of multiple tmod analyses
1 2 3 4 5 6 7 8 9 | tmodSummary(
x,
clust = NULL,
filter.empty = FALSE,
filter.unknown = TRUE,
select = NULL,
effect.col = "AUC",
pval.col = "adj.P.Val"
)
|
x |
list, in which each element has been generated with a tmod test function |
clust |
whether, in the resulting data frame, the modules should be ordered by clustering them with either q-values ("qval") or the effect size ("effect"). If "sort" or NULL, the modules are sorted alphabetically by their ID. If "keep", then the order of the modules is kept. |
filter.empty |
If TRUE, all elements (columns) with no significant enrichment will be removed |
filter.unknown |
If TRUE, modules with no annotation will be omitted |
select |
a character vector of module IDs to show. If clust == "keep", then in that particular order. |
effect.col |
The name of the column with the effect size |
pval.col |
The name of the p-value column |
This function is useful if you run an analysis for several conditions or time points and would like to summarize the information in a single data frame. You can use lapply() to generate a list with tmod results and use tmodSummary to convert it to a data frame.
a data frame with a line for each module encountered anywhere in the list x, two columns describing the module (ID and module title), and two columns(effect size and q value) for each element of list x.
tmodPanelPlot
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 |
For tmod user guide, type `tmodUserGuide()'
ID Title AUC.PC1
LI.M11.0 LI.M11.0 enriched in monocytes (II) NA
LI.M112.0 LI.M112.0 complement activation (I) NA
LI.M118.0 LI.M118.0 enriched in monocytes (IV) NA
LI.M127 LI.M127 type I interferon response NA
LI.M144 LI.M144 cell cycle, ATP binding NA
LI.M150 LI.M150 innate antiviral response NA
LI.M16 LI.M16 TLR and inflammatory signaling NA
LI.M165 LI.M165 enriched in activated dendritic cells (II) NA
LI.M196 LI.M196 platelet activation - actin binding NA
LI.M2.1 LI.M2.1 extracellular matrix (II) NA
LI.M213 LI.M213 regulation of transcription, transcription factors NA
LI.M30 LI.M30 cell movement, Adhesion & Platelet activation NA
LI.M37.0 LI.M37.0 immune activation - generic cluster NA
LI.M37.1 LI.M37.1 enriched in neutrophils (I) NA
LI.M40 LI.M40 complement and other receptors in DCs NA
LI.M47.0 LI.M47.0 enriched in B cells (I) NA
LI.M67 LI.M67 activated dendritic cells NA
LI.M75 LI.M75 antiviral IFN signature NA
LI.M81 LI.M81 enriched in myeloid cells and monocytes NA
LI.S4 LI.S4 Monocyte surface signature NA
LI.S5 LI.S5 DC surface signature NA
q.PC1 AUC.PC2 q.PC2 AUC.PC3 q.PC3 AUC.PC4 q.PC4
LI.M11.0 NA NA NA NA NA 0.7734395 2.136524e-07
LI.M112.0 NA NA NA NA NA 0.7509865 4.910746e-05
LI.M118.0 NA NA NA NA NA 0.8528591 5.027869e-05
LI.M127 NA NA NA NA NA 0.9593030 3.706095e-03
LI.M144 NA NA NA 0.9894257 0.0060518476 NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA 0.9644887 2.780742e-03
LI.M16 NA NA NA NA NA 0.9923252 1.761180e-05
LI.M165 NA NA NA NA NA 0.7562436 1.423828e-05
LI.M196 NA NA NA NA NA 0.8375720 9.572552e-03
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA 0.9610996 0.0002933835 NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA 0.7188785 2.335488e-19
LI.M37.1 NA NA NA NA NA 0.8671929 1.547673e-05
LI.M40 NA NA NA NA NA 0.7935087 3.395701e-03
LI.M47.0 NA NA NA NA NA 0.8564113 3.706902e-03
LI.M67 NA NA NA NA NA 0.9782503 4.910746e-05
LI.M75 NA NA NA NA NA 0.9007267 2.565179e-05
LI.M81 NA NA NA NA NA 0.7524813 3.959048e-03
LI.S4 NA NA NA NA NA 0.8090947 7.771600e-05
LI.S5 NA NA NA NA NA 0.7058762 5.837620e-04
AUC.PC5 q.PC5 AUC.PC6 q.PC6 AUC.PC7 q.PC7 AUC.PC8 q.PC8 AUC.PC9
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.6937974
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.8690748
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC9 AUC.PC10 q.PC10 AUC.PC11 q.PC11 AUC.PC12 q.PC12 AUC.PC13
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M2.1 0.004728079 NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 0.004728079 NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC13 AUC.PC14 q.PC14 AUC.PC15 q.PC15 AUC.PC16 q.PC16 AUC.PC17
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA 0.8731049 0.003807907 NA NA NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA 0.7574997 0.007071980 NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC17 AUC.PC18 q.PC18 AUC.PC19 q.PC19 AUC.PC20 q.PC20 AUC.PC21
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC21 AUC.PC22 q.PC22 AUC.PC23 q.PC23 AUC.PC24 q.PC24 AUC.PC25
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC25 AUC.PC26 q.PC26 AUC.PC27 q.PC27 AUC.PC28 q.PC28 AUC.PC29
LI.M11.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M127 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M144 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M150 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M16 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M165 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M196 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M213 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M30 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M37.1 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M40 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M67 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M75 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.M81 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S4 NA NA NA NA NA NA NA NA
LI.S5 NA NA NA NA NA NA NA NA
q.PC29 AUC.PC30 q.PC30
LI.M11.0 NA NA NA
LI.M112.0 NA NA NA
LI.M118.0 NA NA NA
LI.M127 NA NA NA
LI.M144 NA NA NA
LI.M150 NA NA NA
LI.M16 NA NA NA
LI.M165 NA NA NA
LI.M196 NA NA NA
LI.M2.1 NA NA NA
LI.M213 NA NA NA
LI.M30 NA NA NA
LI.M37.0 NA 0.6333961 1.970280e-04
LI.M37.1 NA 0.9105387 4.199213e-05
LI.M40 NA NA NA
LI.M47.0 NA NA NA
LI.M67 NA NA NA
LI.M75 NA NA NA
LI.M81 NA NA NA
LI.S4 NA NA NA
LI.S5 NA NA NA
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.