tmodSummary: Create a summary of multiple tmod analyses
In tmod: Feature Set Enrichment Analysis for Metabolomics and Transcriptomics

Description Usage Arguments Details Value See Also Examples

View source: R/panelplots.R

Create a summary of multiple tmod analyses

1	tmodSummary(x, clust = NULL, filter.empty = FALSE, filter.unknown = TRUE)

`x`	list, in which each element has been generated with a tmod test function
`clust`	whether, in the resulting data frame, the modules should be ordered by clustering them with either q-values ("qval") or the effect size ("effect"). If NULL, the modules are sorted alphabetically by their ID.
`filter.empty`	If TRUE, all elements (columns) with no significant enrichment will be removed
`filter.unknown`	If TRUE, modules with no annotation will be omitted

This function is useful if you run an analysis for several conditions or time points and would like to summarize the information in a single data frame. You can use lapply() to generate a list with tmod results and use tmodSummary to convert it to a data frame.

a data frame with a line for each module encountered anywhere in the list x, two columns describing the module (ID and module title), and two columns(effect size and q value) for each element of list x.

tmodPanelPlot

data(Egambia)
E <- Egambia[,-c(1:3)]
pca <- prcomp(t(E), scale.=TRUE)

# Calculate enrichment for each component
gs   <- Egambia$GENE_SYMBOL
gn.f <- function(r) {
    tmodCERNOtest(gs[order(abs(r), 
                decreasing=TRUE)], 
                qval=0.01)
}
x <- apply(pca$rotation, 2, gn.f)
tmodSummary(x)

Warning messages:
1: In rgl.init(initValue, onlyNULL) : RGL: unable to open X11 display
2: 'rgl_init' failed, running with rgl.useNULL = TRUE 
3: .onUnload failed in unloadNamespace() for 'rgl', details:
  call: fun(...)
  error: object 'rgl_quit' not found 
                 ID                                              Title AUC.PC1
LI.M11.0   LI.M11.0                         enriched in monocytes (II)      NA
LI.M112.0 LI.M112.0                          complement activation (I)      NA
LI.M118.0 LI.M118.0                         enriched in monocytes (IV)      NA
LI.M127     LI.M127                         type I interferon response      NA
LI.M144     LI.M144                            cell cycle, ATP binding      NA
LI.M150     LI.M150                          innate antiviral response      NA
LI.M16       LI.M16                     TLR and inflammatory signaling      NA
LI.M165     LI.M165         enriched in activated dendritic cells (II)      NA
LI.M196     LI.M196                platelet activation - actin binding      NA
LI.M2.1     LI.M2.1                          extracellular matrix (II)      NA
LI.M213     LI.M213 regulation of transcription, transcription factors      NA
LI.M30       LI.M30      cell movement, Adhesion & Platelet activation      NA
LI.M37.0   LI.M37.0                immune activation - generic cluster      NA
LI.M37.1   LI.M37.1                        enriched in neutrophils (I)      NA
LI.M40       LI.M40              complement and other receptors in DCs      NA
LI.M47.0   LI.M47.0                            enriched in B cells (I)      NA
LI.M67       LI.M67                          activated dendritic cells      NA
LI.M75       LI.M75                            antiviral IFN signature      NA
LI.M81       LI.M81            enriched in myeloid cells and monocytes      NA
LI.S4         LI.S4                         Monocyte surface signature      NA
LI.S5         LI.S5                               DC surface signature      NA
          q.PC1 AUC.PC2 q.PC2   AUC.PC3        q.PC3   AUC.PC4        q.PC4
LI.M11.0     NA      NA    NA        NA           NA 0.7734395 2.136524e-07
LI.M112.0    NA      NA    NA        NA           NA 0.7509865 4.910746e-05
LI.M118.0    NA      NA    NA        NA           NA 0.8528591 5.027869e-05
LI.M127      NA      NA    NA        NA           NA 0.9593030 3.706095e-03
LI.M144      NA      NA    NA 0.9894257 0.0060518476        NA           NA
LI.M150      NA      NA    NA        NA           NA 0.9644887 2.780742e-03
LI.M16       NA      NA    NA        NA           NA 0.9923252 1.761180e-05
LI.M165      NA      NA    NA        NA           NA 0.7562436 1.423828e-05
LI.M196      NA      NA    NA        NA           NA 0.8375720 9.572552e-03
LI.M2.1      NA      NA    NA        NA           NA        NA           NA
LI.M213      NA      NA    NA 0.9610996 0.0002933835        NA           NA
LI.M30       NA      NA    NA        NA           NA        NA           NA
LI.M37.0     NA      NA    NA        NA           NA 0.7188785 2.335488e-19
LI.M37.1     NA      NA    NA        NA           NA 0.8671929 1.547673e-05
LI.M40       NA      NA    NA        NA           NA 0.7935087 3.395701e-03
LI.M47.0     NA      NA    NA        NA           NA 0.8564113 3.706902e-03
LI.M67       NA      NA    NA        NA           NA 0.9782503 4.910746e-05
LI.M75       NA      NA    NA        NA           NA 0.9007267 2.565179e-05
LI.M81       NA      NA    NA        NA           NA 0.7524813 3.959048e-03
LI.S4        NA      NA    NA        NA           NA 0.8090947 7.771600e-05
LI.S5        NA      NA    NA        NA           NA 0.7058762 5.837620e-04
          AUC.PC5 q.PC5 AUC.PC6 q.PC6 AUC.PC7 q.PC7 AUC.PC8 q.PC8   AUC.PC9
LI.M11.0       NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M112.0      NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M118.0      NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M127        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M144        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M150        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M16         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M165        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M196        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M2.1        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA 0.6937974
LI.M213        NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M30         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA 0.8690748
LI.M37.0       NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M37.1       NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M40         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M47.0       NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M67         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M75         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.M81         NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.S4          NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
LI.S5          NA    NA      NA    NA      NA    NA      NA    NA        NA
                q.PC9 AUC.PC10 q.PC10 AUC.PC11 q.PC11 AUC.PC12 q.PC12 AUC.PC13
LI.M11.0           NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M112.0          NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M118.0          NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M127            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M144            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M150            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M16             NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M165            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M196            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M2.1   0.004728079       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M213            NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M30    0.004728079       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.0           NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.1           NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M40             NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M47.0           NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M67             NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M75             NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M81             NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S4              NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S5              NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
          q.PC13  AUC.PC14      q.PC14 AUC.PC15 q.PC15 AUC.PC16 q.PC16 AUC.PC17
LI.M11.0      NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M112.0     NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M118.0     NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M127       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M144       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M150       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M16        NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M165       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M196       NA 0.8731049 0.003807907       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M2.1       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M213       NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M30        NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.0      NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.1      NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M40        NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M47.0      NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M67        NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M75        NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M81        NA 0.7574997 0.007071980       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S4         NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S5         NA        NA          NA       NA     NA       NA     NA       NA
          q.PC17 AUC.PC18 q.PC18 AUC.PC19 q.PC19 AUC.PC20 q.PC20 AUC.PC21
LI.M11.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M112.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M118.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M127       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M144       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M150       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M16        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M165       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M196       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M2.1       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M213       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M30        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.1      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M40        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M47.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M67        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M75        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M81        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S4         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S5         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
          q.PC21 AUC.PC22 q.PC22 AUC.PC23 q.PC23 AUC.PC24 q.PC24 AUC.PC25
LI.M11.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M112.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M118.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M127       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M144       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M150       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M16        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M165       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M196       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M2.1       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M213       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M30        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.1      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M40        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M47.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M67        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M75        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M81        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S4         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S5         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
          q.PC25 AUC.PC26 q.PC26 AUC.PC27 q.PC27 AUC.PC28 q.PC28 AUC.PC29
LI.M11.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M112.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M118.0     NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M127       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M144       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M150       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M16        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M165       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M196       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M2.1       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M213       NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M30        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M37.1      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M40        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M47.0      NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M67        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M75        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.M81        NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S4         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
LI.S5         NA       NA     NA       NA     NA       NA     NA       NA
          q.PC29  AUC.PC30       q.PC30
LI.M11.0      NA        NA           NA
LI.M112.0     NA        NA           NA
LI.M118.0     NA        NA           NA
LI.M127       NA        NA           NA
LI.M144       NA        NA           NA
LI.M150       NA        NA           NA
LI.M16        NA        NA           NA
LI.M165       NA        NA           NA
LI.M196       NA        NA           NA
LI.M2.1       NA        NA           NA
LI.M213       NA        NA           NA
LI.M30        NA        NA           NA
LI.M37.0      NA 0.6333961 1.970280e-04
LI.M37.1      NA 0.9105387 4.199213e-05
LI.M40        NA        NA           NA
LI.M47.0      NA        NA           NA
LI.M67        NA        NA           NA
LI.M75        NA        NA           NA
LI.M81        NA        NA           NA
LI.S4         NA        NA           NA
LI.S5         NA        NA           NA