API for tmod
Feature Set Enrichment Analysis for Metabolomics and Transcriptomics

Global functions
.adapt_cex Source code
.alphacol Source code
.auto_labels Source code
.boxpie.addlines Source code
.boxpie.calculate.polygon Source code
.catf Source code
.check.limma Source code
.cluster_mods Source code
.cohensd Source code
.combn_upset Source code
.getColFunc Source code
.get_effect_size Source code
.get_id_ord Source code
.get_modnames Source code
.getmodules_gs Source code
.gettmod Source code
.gradientpal Source code
.importMsigDBGMT Source code
.importMsigDBXML Source code
.limma.ci.msd Source code
.limma.msd Source code
.mset_sanity_check_gs Source code
.onAttach Source code
.pformat Source code
.piecheck Source code
.plotGrid Source code
.prep_list Source code
.preparePlotFunc Source code
.printf Source code
.pvalEffectPlotLegend Source code
.selCalcXYWH Source code
.selPiePlotFunc Source code
.tmod2DataFrameRowsFeatures Source code
.tmod2DataFrameRowsModule Source code
.tmodTest Source code
.upset_find_groups Source code
.upset_generate_combinations Source code
.xcheck Source code
Egambia Man page
EgambiaResults Man page
[.tmod Man page
[.tmodGS Man page
as_tmodGS Man page
cell_signatures Man page
check_tmod_gs Man page Source code
eigengene Man page Source code
evidencePlot Man page Source code
filterGS Man page Source code
getGenes Man page Source code
getModuleMembers Man page Source code
ggEvidencePlot Man page Source code
ggPanelplot Man page Source code
hgEnrichmentPlot Man page Source code
length.tmodGS Man page
makeTmod Man page
makeTmodFromDataFrame Man page Source code
makeTmodGS Man page Source code
modCorPlot Man page Source code
modGroups Man page Source code
modOverlaps Man page Source code
modcors Man page Source code
modjaccard Man page Source code
modmetabo Man page
pcaplot Man page Source code
plot.tmodPCA Source code
print.tmodGS Man page
pvalEffectPlot Man page Source code
showGene Man page Source code
showModule Man page Source code
simpleBoxpie Man page Source code
simplePie Man page Source code
simpleRug Man page Source code
tbmprof Man page
tmod Man page
tmod-data Man page
tmod-package Man page
tmod2DataFrame Man page Source code
tmod2tmodGS Man page
tmodAUC Man page Source code
tmodCERNOtest Man page Source code
tmodDecideTests Man page Source code
tmodGeneSetTest Man page Source code
tmodHGtest Man page Source code
tmodImportMSigDB Man page Source code
tmodLEA Man page Source code
tmodLEASummary Man page Source code
tmodLimmaDecideTests Man page Source code
tmodLimmaTest Man page Source code
tmodLimmaTopTable Man page Source code
tmodPCA Man page Source code
tmodPLAGEtest Man page Source code
tmodPal Man page Source code
tmodPanelPlot Man page Source code
tmodSummary Man page Source code
tmodTagcloud Man page Source code
tmodUtest Man page Source code
tmodZtest Man page Source code
tmod_ids Man page
tmod_ids<- Man page
tmod_titles Man page
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