R/modul_tidsvisning.R

In Rapporteket/norgast: Resultatrapporter for NORGAST

#' UI-modul for tidsvisning andeler i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return Modul tidsvisning, andeler
#'
#' @export
tidsvisning_UI <- function(id){
  ns <- shiny::NS(id)

  shiny::sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      width = 3,
      id = ns("id_tid_panel"),
      checkboxInput(
        inputId = ns("kun_ferdigstilte"),
        label = "Inkludér kun komplette forløp (også oppfølging ferdigstilt)",
        value = TRUE),
      uiOutput(outputId = ns('valgtVar_ui')),
      dateRangeInput(
        inputId=ns("datovalg"), label = "Dato fra og til",
        min = '2014-01-01', language = "nb",
        max = Sys.Date(),
        start  = lubridate::floor_date(lubridate::today() - lubridate::years(1),
                                       unit = "year"),
        end = Sys.Date(), separator = " til "),
      selectInput(inputId = ns("tidsenhet"),
                  label = "Velg tidsenhet",
                  choices = c('Aar', 'Mnd', 'Kvartal', 'Halvaar'),
                  selected = 'Kvartal'),
      selectInput(inputId = ns("enhetsUtvalg"), label = "Kjør rapport for",
                  choices = c('Egen avd. mot landet forøvrig'=1,
                              'Hele landet'=0, 'Egen avd.'=2)),
      uiOutput(outputId = ns('valgtShus_ui')),
      sliderInput(inputId=ns("alder"), label = "Alder", min = 0,
                  max = 120, value = c(0, 120)),
      selectInput(inputId = ns("erMann"), label = "Kjønn",
                  choices = c('Begge'=99, 'Kvinne'=0, 'Mann'=1)),
      uiOutput(outputId = ns('op_gruppe_ui')),
      uiOutput(outputId = ns('ncsp')),
      selectInput(inputId = ns("inkl_konf"),
                  label = "Inkluder konfidensintervall",
                  choices = c(' '=99, 'Ja'=1, 'Nei'=0)),
      selectInput(inputId = ns("elektiv"), label = "Tidspunkt for operasjonsstart",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Innenfor normalarbeidstid'=1,
                              'Utenfor normalarbeidstid'=0)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad"), label = "Hastegrad",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=2)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad_hybrid"),
                  label = "Hastegrad, hybrid (bruker hastegrad når den finnes,
                  ellers tidspkt for op.start)",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=0)),
      uiOutput(outputId = ns('BMI_ui')),
      uiOutput(outputId = ns('tilgang_utvidet_ui')),
      sliderInput(inputId = ns("PRS"), label = "mE-PASS", min = 0,
                  max = 2.2, value = c(0, 2.2), step = 0.05),
      uiOutput(outputId = ns('ASA_ui')),
      selectInput(inputId = ns("modGlasgow"), label = "Modified Glasgow score",
                  choices = 0:2, multiple = TRUE),
      uiOutput(outputId = ns('whoEcog_ui')),
      selectInput(inputId = ns("forbehandling"),
                  label = "Onkologisk forbehandling", multiple = TRUE,
                  choices = c('Cytostatika'=1, 'Stråleterapi'=2,
                              'Komb. kjemo/radioterapi'=3, 'Ingen'=4)),
      selectInput(inputId = ns("malign"), label = "Diagnose",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Malign'=1, 'Benign'=0)),
      selectInput(inputId = ns("accordion"), label = "Accordiongrad",
                  multiple = TRUE,
                  choices = c('<3'=1, '3'=3, '4'=4, '5'=5, '6'=6)),
      selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat",
                  choices = c('pdf', 'png', 'jpg', 'bmp', 'tif', 'svg')),
      tags$hr(),
      actionButton(ns("reset_input"), "Nullstill valg")
    ),
    mainPanel(tabsetPanel(id = ns("tab"),
                          tabPanel("Figur", value = "fig",
                                   plotOutput(ns("fig_andel_tid"), height="auto"),
                                   downloadButton(ns("lastNedBilde_tid"), "Last ned figur")),
                          tabPanel("Tabell", value = "tab",
                                   uiOutput(ns("utvalg_tid")),
                                   tableOutput(ns("Tabell_tid")),
                                   downloadButton(ns("lastNed_tid"), "Last ned tabell"))
    )
    )

  )
}

#' Server-modul for tidsvisning andeler i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return Modul tidsvisning, andeler
#'
#' @export
tidsvisning <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
                        hvd_session, BrValg){

  observeEvent(input$reset_input, {
    shinyjs::reset("id_tid_panel")
  })

  observe(
    if (userRole != 'SC') {
      shinyjs::hide(id = 'valgtShus_ui')
    })

  output$ncsp <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (!is.null(input$op_gruppe)) {
      selectInput(inputId = ns("ncsp_verdi"),
                  label = "NCSP koder (velg en eller flere)",
                  choices = if (!is.null(input$op_gruppe)) {
                    RegData %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon, Op_gr) %>%
                      dplyr::filter(Op_gr %in% as.numeric(input$op_gruppe)) %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon) %>%
                      unique() %>%
                      dplyr::arrange(Hovedoperasjon) %>%
                      dplyr::mutate(NCSP = substr(Hovedoperasjon, 1, 5)) %>%
                      dplyr::pull(NCSP, Hovedoperasjon)
                  }, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$valgtShus_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (userRole == 'SC') {
    selectInput(inputId = ns("valgtShus"), label = "Velg sykehus",
                choices = BrValg$sykehus, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$valgtVar_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("valgtVar"), label = "Velg variabel",
                choices = BrValg$varvalg_andel)
  })

  output$op_gruppe_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("op_gruppe"), label = "Velg reseksjonsgruppe(r)",
                choices = BrValg$reseksjonsgrupper, multiple = TRUE)
  })

  output$tilgang_utvidet_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("tilgang_utvidet"),
                label = "Tilgang i abdomen (inkl. robotassistanse)",
                choices = BrValg$tilgang_utvidet, multiple = TRUE)
  })

  output$BMI_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("BMI"), label = "BMI",
                choices = BrValg$bmi_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$ASA_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("ASA"), label = "ASA-grad",
                choices = BrValg$ASA_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$whoEcog_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("whoEcog"), label = "WHO ECOG score",
                choices = BrValg$whoEcog_valg, multiple = TRUE)
  })




  output$fig_andel_tid <- renderPlot({
    norgast::NorgastFigAndelTid(
      RegData,
      valgtVar=input$valgtVar,
      datoFra = input$datovalg[1],
      datoTil = input$datovalg[2],
      reshID = reshID,
      enhetsUtvalg=as.numeric(input$enhetsUtvalg),
      minald=as.numeric(input$alder[1]),
      maxald=as.numeric(input$alder[2]),
      valgtShus = fiksNULL(input$valgtShus),
      op_gruppe = fiksNULL(input$op_gruppe),
      ncsp = fiksNULL(input$ncsp_verdi),
      BMI = fiksNULL(input$BMI),
      tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet)) {input$tilgang_utvidet} else {''},
      minPRS = as.numeric(input$PRS[1]),
      maxPRS = as.numeric(input$PRS[2]),
      ASA = fiksNULL(input$ASA),
      whoEcog = fiksNULL(input$whoEcog),
      forbehandling = fiksNULL(input$forbehandling),
      modGlasgow = fiksNULL(input$modGlasgow),
      malign = as.numeric(input$malign),
      erMann = as.numeric(input$erMann),
      elektiv = as.numeric(input$elektiv),
      tidsenhet = fiksNULL(input$tidsenhet, 'Aar'),
      inkl_konf = fiksNULL(input$inkl_konf, 99),
      hastegrad=as.numeric(input$hastegrad),
      kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
      hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
      accordion = if (!is.null(input$accordion)) {input$accordion} else {''})
  }, width = 700, height = 700)

  tabellReagerTid <- reactive({
    TabellData_Tid <- norgast::NorgastFigAndelTid(
      RegData,
      valgtVar=input$valgtVar,
      datoFra = input$datovalg[1],
      datoTil = input$datovalg[2],
      reshID = reshID,
      enhetsUtvalg=as.numeric(input$enhetsUtvalg),
      minald=as.numeric(input$alder[1]),
      maxald=as.numeric(input$alder[2]),
      valgtShus = fiksNULL(input$valgtShus),
      op_gruppe = fiksNULL(input$op_gruppe),
      ncsp = fiksNULL(input$ncsp_verdi),
      BMI = fiksNULL(input$BMI),
      tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet)) {input$tilgang_utvidet} else {''},
      minPRS = as.numeric(input$PRS[1]),
      maxPRS = as.numeric(input$PRS[2]),
      ASA = fiksNULL(input$ASA),
      whoEcog = fiksNULL(input$whoEcog),
      forbehandling = fiksNULL(input$forbehandling),
      modGlasgow = fiksNULL(input$modGlasgow),
      malign = as.numeric(input$malign),
      erMann = as.numeric(input$erMann),
      elektiv = as.numeric(input$elektiv),
      tidsenhet = fiksNULL(input$tidsenhet, 'Aar'),
      inkl_konf = fiksNULL(input$inkl_konf, 99),
      hastegrad=as.numeric(input$hastegrad),
      kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
      hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
      accordion = if (!is.null(input$accordion)) {input$accordion} else {''})
  })

  output$utvalg_tid <- renderUI({
    TabellData <- tabellReagerTid()
    tagList(
      h3(HTML(paste0(TabellData$tittel, '<br />'))),
      h5(HTML(paste0(TabellData$utvalgTxt, '<br />')))
    )})



  output$Tabell_tid <- function() {

    utdata <- tabellReagerTid()
    if (input$enhetsUtvalg == 1) {
      Tabell_tid <- dplyr::tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt, Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
                                  N = utdata$NTid$NTidHoved, Andel = utdata$Andeler$AndelHoved, Konf.int.nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
                                  Konf.int.ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,], Antall2 = round(utdata$Andeler$AndelRest*utdata$NTid$NTidRest/100),
                                  N2 = utdata$NTid$NTidRest, Andel2 = utdata$Andeler$AndelRest, Konf.int.nedre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[1,],
                                  Konf.int.ovre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[2,])
      names(Tabell_tid) <- c('Tidsperiode', 'Antall', 'N', 'Andel (%)', 'KI_nedre', 'KI_ovre', 'Antall', 'N', 'Andel (%)',
                             'KI_nedre', 'KI_ovre')
      Tabell_tid %>% knitr::kable("html", digits = c(0,0,0,1,1,1,0,0,1,1,1)) %>%
        kableExtra::kable_styling("hover", full_width = F) %>%
        kableExtra::add_header_above(c(" ", "Din avdeling" = 5, "Landet forøvrig" = 5))
    } else {
      Tabell_tid <- dplyr::tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt,
                                  Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
                                  N = utdata$NTid$NTidHoved, 'Andel (%)'= utdata$Andeler$AndelHoved, KI_nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
                                  KI_ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,])
      Tabell_tid %>%
        knitr::kable("html", digits = c(0,0,0,1,1,1)) %>%
        kableExtra::kable_styling("hover", full_width = F)
    }
  }

  output$lastNed_tid <- downloadHandler(
    filename = function(){
      paste0(input$valgtVar, '_tid', Sys.time(), '.csv')
    },
    content = function(file){
      utdata <- tabellReagerTid()
      if (input$enhetsUtvalg == 1) {
        Tabell_tid <- dplyr::tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt, Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
                                    N = utdata$NTid$NTidHoved, Andel = utdata$Andeler$AndelHoved, Konf.int.nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
                                    Konf.int.ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,], Antall2 = round(utdata$Andeler$AndelRest*utdata$NTid$NTidRest/100),
                                    N2 = utdata$NTid$NTidRest, Andel2 = utdata$Andeler$AndelRest, Konf.int.nedre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[1,],
                                    Konf.int.ovre2 = utdata$KonfInt$KonfRest[2,])
      } else {
        Tabell_tid <- dplyr::tibble(Tidsperiode = utdata$Tidtxt,
                                    Antall = round(utdata$Andeler$AndelHoved*utdata$NTid$NTidHoved/100),
                                    N = utdata$NTid$NTidHoved, Andel = utdata$Andeler$AndelHoved, Konf.int.nedre = utdata$KonfInt$Konf[1,],
                                    Konf.int.ovre = utdata$KonfInt$Konf[2,])
      }
      write.csv3(Tabell_tid, file, row.names = F)
    }
  )

  output$lastNedBilde_tid <- downloadHandler(
    filename = function(){
      paste0(input$valgtVar, '_tid', Sys.time(), '.', input$bildeformat)
    },
    content = function(file){
      norgast::NorgastFigAndelTid(
        RegData,
        valgtVar=input$valgtVar,
        datoFra = input$datovalg[1],
        datoTil = input$datovalg[2],
        reshID = reshID,
        enhetsUtvalg=as.numeric(input$enhetsUtvalg),
        minald=as.numeric(input$alder[1]),
        maxald=as.numeric(input$alder[2]),
        valgtShus = fiksNULL(input$valgtShus),
        op_gruppe = fiksNULL(input$op_gruppe),
        ncsp = fiksNULL(input$ncsp_verdi),
        BMI = fiksNULL(input$BMI),
        tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet)) {input$tilgang_utvidet} else {''},
        minPRS = as.numeric(input$PRS[1]),
        maxPRS = as.numeric(input$PRS[2]),
        ASA = fiksNULL(input$ASA),
        hastegrad=as.numeric(input$hastegrad),
        whoEcog = fiksNULL(input$whoEcog),
        forbehandling = fiksNULL(input$forbehandling),
        modGlasgow = fiksNULL(input$modGlasgow),
        malign = as.numeric(input$malign),
        erMann = as.numeric(input$erMann),
        elektiv = as.numeric(input$elektiv),
        tidsenhet = fiksNULL(input$tidsenhet, 'Aar'),
        inkl_konf = fiksNULL(input$inkl_konf, 99),
        kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
        outfile = file,
        hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
        accordion = if (!is.null(input$accordion)) {input$accordion} else {''})
    }
  )


  shiny::observe({
    if (rapbase::isRapContext()) {
      if (req(input$tab) == "fig") {
        mld_fordeling <- paste0(
          "NORGAST: Figur - tidsvisning, variabel - ",
          input$valgtVar)
      }
      if (req(input$tab) == "tab") {
        mld_fordeling <- paste(
          "NORGAST: tabell - tidsvisning variabel - ",
          input$valgtVar)
      }
      rapbase::repLogger(
        session = hvd_session,
        msg = mld_fordeling
      )
      shinyjs::onclick(
        "lastNedBilde_tid",
        rapbase::repLogger(
          session = hvd_session,
          msg = paste(
            "NORGAST: nedlasting figur - tidsvisning, variabel -",
            input$valgtVar
          )
        )
      )
      shinyjs::onclick(
        "lastNed_tid",
        rapbase::repLogger(
          session = hvd_session,
          msg = paste(
            "NORGAST: nedlasting tabell - tidsvisning, variabel -",
            input$valgtVar
          )
        )
      )
    }
  })



}