R/nraGjsnPrePost.R
In Rapporteket/nra: Resultattjenester for Nasjonalt register for analinkontinens
Defines functions
nraGjsnPrePost
Documented in
nraGjsnPrePost
#' Denne funksjonen generer figur på gjennomsnitt før operasjon, etter 1 år og etter 5 år,
#' inkludert konfidensintervaller.
#'
#' Gjelder St. Marks, Generell livskvalitet og Seksualitet
#'
#' @inheritParams nraFigAndeler
#' @param sammenlign
#' 0: Nei - Lag figur kun for pre
#' 1: Ja, 1 års - lag figur med pre og 1-års oppfølging
#' 2: Ja, alle år - lag figur med pre, 1-års og 5-års oppfølging
#'
#' @return En figur med gjennomsnitt før operasjon, etter 1 år og etter 5 år
#' @export
nraGjsnPrePost <- function(RegData, valgtVar, datoFra='2012-04-01', datoTil='2050-12-31',
outfile = '', preprosess=TRUE, minald=0, maxald=130, grvar='SenterKortNavn',
erMann=99, reshID, hentData=F, forlopstype1=99, forlopstype2=99,
sammenlign=0, inkl_konf=0, egen_mot_landet=F, valgtShus='', graa='', onestage=99)
{
egetShus <- RegData$SenterKortNavn[match(reshID, RegData$AvdRESH)]
RegData$Grvar <- RegData[, grvar]
if (valgtShus != '') {RegData <- RegData[which(RegData$AvdRESH %in% valgtShus), ]}
if (!(valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2'))) {
inkl_konf <- 1
}
## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
if(hentData){
RegData <- nraHentRegData()
}
## Hvis RegData ikke har blitt preprosessert
if (preprosess){
RegData <- nraPreprosess(RegData=RegData)
}
## Fjerner registreringer som mangler valgt variabel
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
if (sammenlign == 4) {
RegData <- merge(RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, which(names(RegData)!="Variabel")],
RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 3, c("KobletForlopsID", "Variabel")],
by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID")
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (sammenlign == 5) {
RegData <- merge(RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, which(names(RegData)!="Variabel")],
RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 4, c("KobletForlopsID", "Variabel")],
by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID")
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (sammenlign %in% 0:3) {
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
## Skill ut oppfølginger
Oppfolging1 <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 3, ]
Oppfolging2 <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 4, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, ]
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (dim(RegData)[1] > 4){
if (sammenlign == 0) {
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- 'før operasjon'
preog5 <- FALSE
}
if (sammenlign == 1) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('Pre', 'Post1'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
preog5 <- FALSE
tittel2 <- 'før og etter (12mnd) operasjon'
}
if (sammenlign == 2) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('', 'Post1'))
Oppfolging2 <- Oppfolging2[Oppfolging2$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging2$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "VariabelPost1", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging2[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('', 'Post5'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost5 %in% c(98,99) | RegData$Variabel %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$Variabel %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost5 %in% c(98,99)), ]
# RegData <- RegData[RegData$Variabel!=99, ]
# RegData <- RegData[RegData$VariabelPost1!=99, ]
# RegData <- RegData[RegData$VariabelPost5!=99, ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- 'før og etter (1 og 5 år) operasjon'
preog5 <- FALSE
}
if (sammenlign == 3) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
# Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
# RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
# Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
# suffixes = c('Pre', 'Post1'))
Oppfolging2 <- Oppfolging2[Oppfolging2$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging2$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging2[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('Pre', 'Post1'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
preog5 <- TRUE
sammenlign <- 1
tittel2 <- 'før og etter (5 år) operasjon'
}
if (sammenlign == 4) { # Kun 1-årsoppfølginger
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- '1 år etter operasjon'
preog5 <- FALSE
sammenlign <- 0
}
if (sammenlign == 5) { # Kun 5-årsoppfølginger
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- '5 år etter operasjon'
preog5 <- FALSE
sammenlign <- 0
}
############## Lag figur ###############################
grtxt <- c(names(Ngr)[1:(length(Ngr)-1)], 'Samlet')
tittel <- switch(valgtVar,
'StMarksTotalScore' = paste0('St. Marks score ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'GenQol' = c(paste0('Generell livskvalitet ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'), 'Skala fra 0=\'Verst tenkelig\' til 10=\'Best tenkelig\''),
'QolSexualitet' = c(paste0('Påvirkning av seksualliv ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'Skala fra 0=\'I svært liten grad\' til 10=\'I svært stor grad\'',
paste0('Spørsmålet uaktuelt i ', Nuaktuelt, ' forløp')),
'Urinlekkasje' = paste0('Andel med urinlekkasje ', tittel2),
'Urinlekkasje_v2' = paste0('Andel med urinlekkasje ', tittel2),
'WexnerTotalScore' = paste0('Wexner ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'InkontinensScore' = paste0('InkontinensScore ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'EQ5DSkore' = paste0('EQ5D-Score ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'EQ5DHelsetilstand' = paste0('EQ5D-Helsetilstand ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'ICIQ_sumscore' = paste0('ICIQ sumscore ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'BegrensSeksLivPlager' = paste0('Grad av seksuelle plager ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.')
)
if (valgtVar %in% c("Urinlekkasje", "Urinlekkasje_v2")) {
ytekst <- 'Andel i prosent'
} else {
ytekst <- 'Gjennomsnittsscore'
}
cexgr<-0.9
cexleg <- 0.9 #Størrelse på legendtekst
retn<-'V'
txtretn<-1
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett='BlaaOff')
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- switch(retn, V=0, H=max(0, strwidth(grtxt, units='figure', cex=cexgr)*0.7))
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1+length(tittel)-1))) #Har alltid datoutvalg med
PlotMatrise[ , Ngr < 5] <- 0
grtxt2 <- paste0('(N=', Ngr, ')')
grtxt2[Ngr<5] <- '(N<5)'
farger <- FigTypUt$farger
ymax <- max(PlotMatrise, na.rm=T)*1.25
soyleTxt <- PlotMatrise
soyleTxt[ , Ngr < 5] <- NA
soyleTxt <- sprintf('%.1f', soyleTxt)
N_matr <- t(matrix(Ngr, nrow=length(Ngr), ncol=sammenlign+1))
KIned <- PlotMatrise - qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIopp <- PlotMatrise + qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIned <- PlotMatrise - qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIopp <- PlotMatrise + qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIned[ , Ngr < 5] <- 0
KIopp[ , Ngr < 5] <- 0
if(inkl_konf==1) {
ymax <- max(KIopp, na.rm=T)*1.25
}
if (egen_mot_landet) {
ind_med <- which(grtxt %in% c(egetShus, 'Samlet'))
PlotMatrise <- PlotMatrise[, ind_med]
grtxt <- grtxt[ind_med]
grtxt2 <- grtxt2[ind_med]
KIned <- KIned[, ind_med]
KIopp <- KIopp[, ind_med]
Ngr <- Ngr[ind_med]
soyleTxt <- soyleTxt[c(2*ind_med[1]-1, 2*ind_med[1], 2*ind_med[2]-1, 2*ind_med[2])]
}
soylefarger <- matrix(farger[1:(sammenlign+1)], nrow = sammenlign+1, ncol = length(grtxt))
soylefarger[, which(grtxt %in% graa)] <- c('gray40', 'gray70', 'gray80')[1:(sammenlign+1)]
pos <- barplot(PlotMatrise, beside=TRUE, las=txtretn, ylab=ytekst,
col=soylefarger, border='white', ylim=c(0, ymax))
mtext(at=colMeans(pos), grtxt, side=1, las=1, cex=cexgr, adj=0.5, line=0.5)
mtext(at=colMeans(pos), grtxt2, side=1, las=1, cex=cexgr, adj=0.5, line=1.5)
# text(x=pos, y=PlotMatrise, sprintf('%.1f', PlotMatrise), pos=1, cex=cexgr, col=farger[4])
text(x=pos, y=0, soyleTxt, pos=3, cex=cexgr, col=farger[4])
title(tittel, line=1, font.main=1)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))
if (sammenlign > 0){
legend('top', if (preog5) {c('Pre', 'Oppflg. 5 år')} else {c('Pre', 'Oppflg. 1 år', 'Oppflg. 5 år')[1:(sammenlign+1)]},
border=c(fargeHoved,NA), col=farger[1:(sammenlign+1)], bty='n', pch=c(15,15), pt.cex=2,
lwd=3, lty=NA, ncol=2, cex=cexleg)
}
if(inkl_konf==1) {
arrows(pos[ , Ngr > 4], KIned[ , Ngr > 4], pos[ , Ngr > 4], KIopp[ , Ngr > 4], code=3, angle=90, lwd=1.5, col='gray', length=0.05)
}
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
if ( outfile != '') {dev.off()}
utdata <- list(PlotMatrise=PlotMatrise, KIned=KIned, KIopp=KIopp, utvalgTxt=utvalgTxt, tittel=tittel, grtxt=grtxt, grtxt2=grtxt2, Ngr=Ngr)
} else {
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile)
farger <- FigTypUt$farger
plot.new()
legend('topleft',utvalgTxt, bty='n', cex=0.9, text.col=farger[1])
text(0.5, 0.6, 'Færre enn 5 registreringer', cex=1.2)
if ( outfile != '') {dev.off()}
utdata <- NA
}
return(invisible(utdata))
}
Rapporteket/nra documentation built on Sept. 22, 2023, 2:49 a.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions nraGjsnPrePost
Documented in nraGjsnPrePost
#' Denne funksjonen generer figur på gjennomsnitt før operasjon, etter 1 år og etter 5 år,
#' inkludert konfidensintervaller.
#'
#' Gjelder St. Marks, Generell livskvalitet og Seksualitet
#'
#' @inheritParams nraFigAndeler
#' @param sammenlign
#' 0: Nei - Lag figur kun for pre
#' 1: Ja, 1 års - lag figur med pre og 1-års oppfølging
#' 2: Ja, alle år - lag figur med pre, 1-års og 5-års oppfølging
#'
#' @return En figur med gjennomsnitt før operasjon, etter 1 år og etter 5 år
#' @export
nraGjsnPrePost <- function(RegData, valgtVar, datoFra='2012-04-01', datoTil='2050-12-31',
outfile = '', preprosess=TRUE, minald=0, maxald=130, grvar='SenterKortNavn',
erMann=99, reshID, hentData=F, forlopstype1=99, forlopstype2=99,
sammenlign=0, inkl_konf=0, egen_mot_landet=F, valgtShus='', graa='', onestage=99)
{
egetShus <- RegData$SenterKortNavn[match(reshID, RegData$AvdRESH)]
RegData$Grvar <- RegData[, grvar]
if (valgtShus != '') {RegData <- RegData[which(RegData$AvdRESH %in% valgtShus), ]}
if (!(valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2'))) {
inkl_konf <- 1
}
## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
if(hentData){
RegData <- nraHentRegData()
}
## Hvis RegData ikke har blitt preprosessert
if (preprosess){
RegData <- nraPreprosess(RegData=RegData)
}
## Fjerner registreringer som mangler valgt variabel
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
if (sammenlign == 4) {
RegData <- merge(RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, which(names(RegData)!="Variabel")],
RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 3, c("KobletForlopsID", "Variabel")],
by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID")
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (sammenlign == 5) {
RegData <- merge(RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, which(names(RegData)!="Variabel")],
RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 4, c("KobletForlopsID", "Variabel")],
by.x = "ForlopsID", by.y = "KobletForlopsID")
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (sammenlign %in% 0:3) {
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
if (valgtVar %in% c('Urinlekkasje', 'Urinlekkasje_v2')) {
RegData <- RegData[RegData$Variabel != 9, ]
RegData$Variabel <- 100*RegData$Variabel}
if (valgtVar=='GenQol') {
RegData <- RegData[RegData$GenQol != 98, ]}
## Skill ut oppfølginger
Oppfolging1 <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 3, ]
Oppfolging2 <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 4, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num %in% 1:2, ]
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann,
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
RegData <- nraUtvalg$RegData
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
}
if (dim(RegData)[1] > 4){
if (sammenlign == 0) {
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- 'før operasjon'
preog5 <- FALSE
}
if (sammenlign == 1) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('Pre', 'Post1'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
preog5 <- FALSE
tittel2 <- 'før og etter (12mnd) operasjon'
}
if (sammenlign == 2) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('', 'Post1'))
Oppfolging2 <- Oppfolging2[Oppfolging2$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging2$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "VariabelPost1", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging2[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('', 'Post5'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost5 %in% c(98,99) | RegData$Variabel %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$Variabel %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost5 %in% c(98,99)), ]
# RegData <- RegData[RegData$Variabel!=99, ]
# RegData <- RegData[RegData$VariabelPost1!=99, ]
# RegData <- RegData[RegData$VariabelPost5!=99, ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('Variabel', 'VariabelPost1', "VariabelPost5")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- 'før og etter (1 og 5 år) operasjon'
preog5 <- FALSE
}
if (sammenlign == 3) {
# RegData <- RegData[which(RegData$OppflgRegStatus %in% 1:2), ]
# Oppfolging1 <- Oppfolging1[Oppfolging1$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging1$KobletForlopsID, ]
# RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
# Oppfolging1[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
# suffixes = c('Pre', 'Post1'))
Oppfolging2 <- Oppfolging2[Oppfolging2$KobletForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ]
RegData <- RegData[RegData$ForlopsID %in% Oppfolging2$KobletForlopsID, ]
RegData <- merge(RegData[,c("PasientID", "Variabel", "Grvar", "ForlopsID", "ForlopsType1Num")],
Oppfolging2[,c("Variabel", "KobletForlopsID", "ForlopsType1Num")], by.x = 'ForlopsID', by.y = 'KobletForlopsID',
suffixes = c('Pre', 'Post1'))
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99) | RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPost1 %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
PrePost <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), apply(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")], 2, sd, na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(PrePost[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, colMeans(RegData[, c('VariabelPre', "VariabelPost1")]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
preog5 <- TRUE
sammenlign <- 1
tittel2 <- 'før og etter (5 år) operasjon'
}
if (sammenlign == 4) { # Kun 1-årsoppfølginger
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- '1 år etter operasjon'
preog5 <- FALSE
sammenlign <- 0
}
if (sammenlign == 5) { # Kun 5-årsoppfølginger
RegData <- RegData[,c("Variabel", "Grvar", "ForlopsID")]
names(RegData)[names(RegData)=='Variabel'] <- 'VariabelPre'
if (valgtVar=='QolSexualitet') {
Nuaktuelt <- length(RegData$VariabelPre[RegData$VariabelPre %in% c(98,99)])
RegData <- RegData[!(RegData$VariabelPre %in% c(98,99)), ]
}
nraUtvalg <- nraUtvalg(RegData=nraUtvalg$RegData[nraUtvalg$RegData$ForlopsID %in% RegData$ForlopsID, ], # I tilfelle utvalget er endret
datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, # ved fjerning av registreringer
forlopstype1=forlopstype1, forlopstype2=forlopstype2, valgtShus=valgtShus, onestage=onestage)
utvalgTxt <- nraUtvalg$utvalgTxt
Pre <- aggregate(RegData$VariabelPre, by=list(RegData$Grvar), mean, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- aggregate(RegData[, c('VariabelPre')],
by=list(RegData$Grvar), sd, na.rm = TRUE)
PrePostSD <- cbind(as.matrix(t(PrePostSD[,-1])), sd(RegData[, c('VariabelPre')], na.rm=T))
PlotMatrise <- as.matrix(t(Pre[,-1]))
PlotMatrise <- cbind(PlotMatrise, mean(RegData[, c('VariabelPre')]))
Ngr <- table(as.character(RegData$Grvar)) ######## Må forsikre at rekkefølgen av sykehus blir lik som i PlotMatrise
Ngr <- c(Ngr, sum(Ngr))
tittel2 <- '5 år etter operasjon'
preog5 <- FALSE
sammenlign <- 0
}
############## Lag figur ###############################
grtxt <- c(names(Ngr)[1:(length(Ngr)-1)], 'Samlet')
tittel <- switch(valgtVar,
'StMarksTotalScore' = paste0('St. Marks score ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'GenQol' = c(paste0('Generell livskvalitet ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'), 'Skala fra 0=\'Verst tenkelig\' til 10=\'Best tenkelig\''),
'QolSexualitet' = c(paste0('Påvirkning av seksualliv ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'Skala fra 0=\'I svært liten grad\' til 10=\'I svært stor grad\'',
paste0('Spørsmålet uaktuelt i ', Nuaktuelt, ' forløp')),
'Urinlekkasje' = paste0('Andel med urinlekkasje ', tittel2),
'Urinlekkasje_v2' = paste0('Andel med urinlekkasje ', tittel2),
'WexnerTotalScore' = paste0('Wexner ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'InkontinensScore' = paste0('InkontinensScore ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'EQ5DSkore' = paste0('EQ5D-Score ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'EQ5DHelsetilstand' = paste0('EQ5D-Helsetilstand ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'ICIQ_sumscore' = paste0('ICIQ sumscore ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.'),
'BegrensSeksLivPlager' = paste0('Grad av seksuelle plager ', tittel2, ', inkl. 95 % konf.int.')
)
if (valgtVar %in% c("Urinlekkasje", "Urinlekkasje_v2")) {
ytekst <- 'Andel i prosent'
} else {
ytekst <- 'Gjennomsnittsscore'
}
cexgr<-0.9
cexleg <- 0.9 #Størrelse på legendtekst
retn<-'V'
txtretn<-1
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett='BlaaOff')
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- switch(retn, V=0, H=max(0, strwidth(grtxt, units='figure', cex=cexgr)*0.7))
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1+length(tittel)-1))) #Har alltid datoutvalg med
PlotMatrise[ , Ngr < 5] <- 0
grtxt2 <- paste0('(N=', Ngr, ')')
grtxt2[Ngr<5] <- '(N<5)'
farger <- FigTypUt$farger
ymax <- max(PlotMatrise, na.rm=T)*1.25
soyleTxt <- PlotMatrise
soyleTxt[ , Ngr < 5] <- NA
soyleTxt <- sprintf('%.1f', soyleTxt)
N_matr <- t(matrix(Ngr, nrow=length(Ngr), ncol=sammenlign+1))
KIned <- PlotMatrise - qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIopp <- PlotMatrise + qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIned <- PlotMatrise - qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIopp <- PlotMatrise + qt(.975, N_matr-1)*PrePostSD/sqrt(N_matr)
KIned[ , Ngr < 5] <- 0
KIopp[ , Ngr < 5] <- 0
if(inkl_konf==1) {
ymax <- max(KIopp, na.rm=T)*1.25
}
if (egen_mot_landet) {
ind_med <- which(grtxt %in% c(egetShus, 'Samlet'))
PlotMatrise <- PlotMatrise[, ind_med]
grtxt <- grtxt[ind_med]
grtxt2 <- grtxt2[ind_med]
KIned <- KIned[, ind_med]
KIopp <- KIopp[, ind_med]
Ngr <- Ngr[ind_med]
soyleTxt <- soyleTxt[c(2*ind_med[1]-1, 2*ind_med[1], 2*ind_med[2]-1, 2*ind_med[2])]
}
soylefarger <- matrix(farger[1:(sammenlign+1)], nrow = sammenlign+1, ncol = length(grtxt))
soylefarger[, which(grtxt %in% graa)] <- c('gray40', 'gray70', 'gray80')[1:(sammenlign+1)]
pos <- barplot(PlotMatrise, beside=TRUE, las=txtretn, ylab=ytekst,
col=soylefarger, border='white', ylim=c(0, ymax))
mtext(at=colMeans(pos), grtxt, side=1, las=1, cex=cexgr, adj=0.5, line=0.5)
mtext(at=colMeans(pos), grtxt2, side=1, las=1, cex=cexgr, adj=0.5, line=1.5)
# text(x=pos, y=PlotMatrise, sprintf('%.1f', PlotMatrise), pos=1, cex=cexgr, col=farger[4])
text(x=pos, y=0, soyleTxt, pos=3, cex=cexgr, col=farger[4])
title(tittel, line=1, font.main=1)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))
if (sammenlign > 0){
legend('top', if (preog5) {c('Pre', 'Oppflg. 5 år')} else {c('Pre', 'Oppflg. 1 år', 'Oppflg. 5 år')[1:(sammenlign+1)]},
border=c(fargeHoved,NA), col=farger[1:(sammenlign+1)], bty='n', pch=c(15,15), pt.cex=2,
lwd=3, lty=NA, ncol=2, cex=cexleg)
}
if(inkl_konf==1) {
arrows(pos[ , Ngr > 4], KIned[ , Ngr > 4], pos[ , Ngr > 4], KIopp[ , Ngr > 4], code=3, angle=90, lwd=1.5, col='gray', length=0.05)
}
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
if ( outfile != '') {dev.off()}
utdata <- list(PlotMatrise=PlotMatrise, KIned=KIned, KIopp=KIopp, utvalgTxt=utvalgTxt, tittel=tittel, grtxt=grtxt, grtxt2=grtxt2, Ngr=Ngr)
} else {
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile)
farger <- FigTypUt$farger
plot.new()
legend('topleft',utvalgTxt, bty='n', cex=0.9, text.col=farger[1])
text(0.5, 0.6, 'Færre enn 5 registreringer', cex=1.2)
if ( outfile != '') {dev.off()}
utdata <- NA
}
return(invisible(utdata))
}
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.