R/idadeSUS.R

In fulvionedel/csapAIH: Classificar Condições Sensíveis à Atenção Primária

#' @title Computa a idade nas bases de dados do SIH/SUS e SIM
#' @aliases idadeSUS
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#' @description Computa a idade em anos completos, a "faixa etária detalhada" e faixa etária quinquenal do indivíduo em registros dos bancos de dados do Sistema de Informação Hospitalar (SIH/SUS) ou do Sistema de Informação sobre Mortalidade (SIM) do SUS.
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#' @param dados Um objeto da classe `data frame` com a estrutura das bases de dados de hospitalização pelo SUS ("arquivos da AIH") ou das Declarações de Óbito ("arquivos do SIM").
#' @param sis O Sistema de Informação de Saúde fonte dos dados. Pode ser "SIH" [padrão] ou "SIM", em maiúsculas ou minúsculas
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#' @details O campo \code{IDADE} nas bases de dados do SIH e do SIM não é a idade em anos mas o tempo de vida em dias, meses, anos ou anos após a centena, de acordo com outro campo, (\code{COD_IDADE}) no SIH, ou um "subcampo" (1º dígito do campo \code{IDADE}) no SIM. Analisar o campo \code{IDADE} como se fosse a idade em anos completos pode gerar equívocos. A função computa a idade do indivíduo, evitando esse erro, e o classifica em faixas etárias utilizadas pelo DATASUS em suas ferramentas de tabulação, o TABNET e TabWin.
#'
#' @return Devolve um objeto da classe \code{data frame} com três variáveis:
#'  \enumerate{
#'   \item \code{idade}: idade em anos completos.
#'   \item \code{fxetar.det}: \code{factor} com 33 \code{levels}, a idade em anos completos de 0 a 19 ("<1ano", ..., "19anos"), em faixas quinquenais de "20-24" a "75-79" e "80 +". Essa classificação é chamada pelo DATASUS de "idade detalhada"
#'   \item \code{fxetar5}: \code{factor} de 17 \code{levels} com a idade em faixas quinquenais ("0-4", ..., "75-79", "80 +").
#'  }
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#' @references
#' Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Atenção à Saúde. Departamento de Regulação, Avaliação e Controle. Coordenação Geral de Sistemas de Informação - 2014. SIH – Sistema de Informação Hospitalar do SUS: Manual Técnico Operacional do Sistema. Ministério da Saúde: Brasília, 2015. 87p.
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#' Brasil. Ministério da Saúde. DATASUS. Tab para Windows - TabWin. Ministério da Saúde: Brasília, 2010.
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#' @examples
#' \dontrun{
#' df <- read.dbc::read.dbc("rdrs1801.dbc")
#' idades <- idadeSUS(df)
#'
#' # Em ordem, para pegar apenas um fator com a categoria desejada:
#' ## Idade em anos completos
#' idade.ano.a <- idadeSUS(df)[1] # "data.frame" com 1 variável
#' idade.ano.b <- idadeSUS(df)[,1] # vetor numérico
#' idade.ano.c <- idadeSUS(df)["idade"] # "data.frame" com 1 variável
#' all.equal(idade.ano.a, idade.ano.b)
#' all.equal(idade.ano.a, idade.ano.c)
#' all.equal(as.numeric(as.matrix(idade.ano.a)), idade.ano.b)
#' attributes (idade.ano.b)
#'
#' ## Faixa etária detalhada
#' idade.detalhada.a <- idadeSUS(df)[2]
#' idade.detalhada.b <- idadeSUS(df)[,2]
#' idade.detalhada.c <- idadeSUS(df)["fxetar.det"]
#'
#' ## Faixa etária quinquenal
#' idade.fxet5.a <- idadeSUS(df)[3]
#' idade.fxet5.a <- idadeSUS(df)[,3]
#' idade.fxet5.a <- idadeSUS(df)["fxetar5"]
#' }
#'
#' data("aih100")
#' idades <- idadeSUS(aih100)
#' str(idades)
#' head(idades)
#' idade.ano <- idadeSUS(aih100)[1] ; str(idade.ano)
#' idade.detalhada <- idadeSUS(aih100)[,2] ; str(idade.detalhada)
#' idade.fxet5 <- idadeSUS(aih100)["fxetar5"] ; str(idade.fxet5)
#'
#' # Mortalidade
#' # ----------------
#' \dontrun{
#' library(microdatasus)
#' dors19 <- fetch_datasus(2019, 01, 2019, 12, "RS", "SIM-DO")
#' idade <- idadeSUS(dors19, "sim")
#' summary(idade)
#' }
#'
#' @export
idadeSUS <- function(dados, sis = "SIH")
{
  if(sis %in% c("sih", "SIH", "sim", "SIM") == FALSE) {
    stop("sis precisa ser 'SIH' ou 'SIM'")
  }
  x <- dados
  if(sis == "SIH" | sis == "sih") COD_IDADE <- as.character(x$COD_IDADE)
  if (sis == "SIM" | sis == "sim") {
    COD_IDADE <- substr(x$IDADE, 1, 1)
    x$IDADE <- as.numeric(substr(x$IDADE, 2, 3))
  }

  idade <- ifelse(COD_IDADE == 4, x$IDADE,
                  ifelse(COD_IDADE  < 4, 0,
                         ifelse(COD_IDADE == 5, x$IDADE+100, NA))
                  )
  comment(idade) <- "em anos completos"

  rotulo.det <- cbind(
    faixa = levels(cut(idade, right=FALSE, breaks = c(0:19, seq(20, 85, 5)))),
    rotulo = c("<1ano", " 1ano", " 2anos", " 3anos", " 4anos", " 5anos",
               " 6anos", " 7anos", " 8anos", " 9anos", "10anos", "11anos",
               "12anos", "13anos", "14anos", "15anos", "16anos", "17anos",
               "18anos", "19anos", "20-24", "25-29", "30-34", "35-39",
               "40-44", "45-49", "50-54", "55-59", "60-64", "65-69",
               "70-74", "75-79", "80 e +")
    )

  fxetar.det <- droplevels(
    cut(idade, right=FALSE,
        breaks = c(0:19, seq(20, 80, 5), Inf),
        labels = rotulo.det[, 'rotulo'])
  )

  # rotulo5 <- c("0-4", "5-9", "10-14", "15-19", "20-24", "25-29",
  #              "30-34","35-39", "40-44","45-49","50-54", "55-59",
  #              "60-64", "65-69", "70-74", "75-79", "80 +")
  #
  # fxetar5 <- cut(idade, right=FALSE,
  #                breaks = c(seq(0, 80, 5), Inf),
  #                labels = c("0-4", "5-9", "10-14", "15-19", "20-24", "25-29",
  #                         "30-34","35-39", "40-44","45-49","50-54", "55-59",
  #                         "60-64", "65-69", "70-74", "75-79", "80 +")
  #                )
  #
  fxetar5 <- fxetar_quinq(idade)

  data.frame(idade,
             fxetar.det,
             fxetar5)
}