R/nkbc-kir-brostbev-op-sma-tum-11.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc11 <- list(
  code = "nkbc11",
  kortnamn = "nkbc_kir_brostbev_op_sma_tum_11",
  lab = c(
    sv = "Bröstbevarande operation vid små tumörer"
  ),
  pop = c(
    sv = "primärt opererade fall med invasiv cancer <=30 mm eller ej invasiv cancer <=20 mm utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  pop_short = c(
    sv = "primärt opererade fall med små tumörer utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Variabeln extent infördes mitten av 2014
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2015,

      # Enbart primärt opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),
      d_prim_beh_Varde == 1,

      # Enbart fall med bröstkirurgi
      op_kir_brost_Varde %in% c(1, 2, 4),

      # Enbart fall med invasiv cancer <=30 mm eller ej invasiv cancer <=20 mm
      (d_max_extent <= 30 & d_invasiv_Varde == 1 |
        d_max_extent <= 20 & d_invasiv_Varde == 2),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = dplyr::case_when(
        op_kir_brost_Varde == 1L ~ TRUE,
        op_kir_brost_Varde %in% c(2L, 4L) ~ FALSE
      )
    )
  },
  target_values = c(70, 80),
  period_dat_var = "op_kir_dat",
  sjhkod_var = "op_inr_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_invasiv"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Ett bröstbevarande ingrepp och strålbehandling är standardingrepp för majoriteten av tidigt upptäckta bröstcancrar.",
      "Tumörens egenskaper, form och storlek på bröstet spelar roll vid val av operationsmetod."
    )
  ),
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc11) <- "nkbcind"