R/nkbc-kir-sentinel-node-26.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc26 <- list(
  code = "nkbc26",
  kortnamn = "nkbc_kir_sentinel_node_26",
  lab = c(
    sv = "Sentinel node operation",
    en = "Sentinel node biopsy"
  ),
  pop = c(
    sv = "invasiva fall utan spridning till lymfkörtlar (klinisk diagnos) eller fjärrmetastaser vid diagnos",
    en = "invasive cases without spread to lymph nodes (clinical diagnosis) and without distant metastasis at diagnosis"
  ),
  pop_short = c(
    sv = "invasiva fall utan spridning till lymfkörtlar eller fjärrmetastaser vid diagnos",
    en = "invasive cases without spread to lymph nodes and without distant metastasis at diagnosis"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1,

      # Enbart fall klassificerade som klinisk N0 vid diagnos
      a_tnm_nklass_Varde == 0,

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome = dplyr::case_when(
        op_kir_axill_Varde == 0L ~ FALSE,
        op_kir_axilltyp_Varde %in% c(1L, 3L) ~ TRUE,
        op_kir_axilltyp_Varde %in% c(2L, 4L) ~ FALSE,
        op_kir_axilltyp_Varde == 98L ~ NA
      )
    )
  },
  target_values = c(90, 95),
  sjhkod_var = "op_inr_sjhkod",
  other_vars = "a_pat_alder",
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Kännedom om tumörspridning till armhålans lymfkörtlar föreligger påverkar de postoperativa behandlingsrekommendationerna.",
      "Sentinel node-tekniken minskar risken för armbesvär då endast ett fåtal (1–4) körtlar tas bort."
    ),
    en = paste(
      "Knowledge about tumour spread to the axillary lymph nodes provides guidance for postoperative treatment decisions.",
      "The sentinel node biopsy technique reduces the risk of arm problems as only few (1–4) glands are removed."
    )
  ),
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc26) <- "nkbcind"