R/nkbc-ledtid-behdisk-till-prim-beh-51.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc51 <- list(
  code = "nkbc51",
  kortnamn = "nkbc_ledtid_behdisk_till_prim_beh_51",
  lab = c(
    sv = "Första behandlingsdiskussion till primär behandling"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(
      x,
      d_pre_onk_dat = pmin(
        pre_kemo_dat,
        pre_rt_dat,
        pre_endo_dat,
        na.rm = TRUE
      ),
      d_prim_beh_dat = dplyr::case_when(
        d_prim_beh_Varde == 1 ~ op_kir_dat,
        d_prim_beh_Varde == 2 ~ d_pre_onk_dat,
        TRUE ~ lubridate::ymd(NA_character_)
      ),
      outcome = lubridate::interval(a_planbeh_infopatdat, d_prim_beh_dat) / lubridate::days(1),

      # Hantera beräknade ledtider som är negativa
      outcome = ifelse(outcome < 0, 0, outcome)
    )
  },
  prop_within_value = 14,
  target_values = 80,
  sjhkod_var = "d_prim_beh_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_prim_beh"),
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_trigrp", "d_prim_beh"),
  om_indikatorn = list(
    sv = c(
      "Preoperativ onkologisk behandling kan vara cytostatika, antikroppsbehandling, endokrin behandling eller strålbehandling.",
      "Standardiserade vårdförlopp infördes 2015 för att säkra utredning och start av behandling till patienter i rimlig tid oberoende var patienten söker vård."
    )
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = paste(
      "Andelen preoperativt behandlade patienter varierar i landet.",
      "Många patienter som startar preoperativ onkologisk behandling ingår i behandlingsstudier med krav på specificerade undersökningar före start vilket kan förlänga ledtiden.",
      "Siffrorna skall därför tolkas med viss försiktighet."
    )
  ),
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc51) <- "nkbcind"