R/nkbc-ledtid-provtagn-till-prim-beh-44.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc44 <- list(
  code = "nkbc44",
  kortnamn = "nkbc_ledtid_provtagn_till_prim_beh_44",
  lab = c(
    sv = "Provtagningsdatum  till primär behandling"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(
      x,
      d_pre_onk_dat = pmin(
        pre_kemo_dat,
        pre_rt_dat,
        pre_endo_dat,
        na.rm = TRUE
      ),
      d_prim_beh_dat = dplyr::case_when(
        d_prim_beh_Varde == 1 ~ op_kir_dat,
        d_prim_beh_Varde == 2 ~ d_pre_onk_dat,
        TRUE ~ lubridate::ymd(NA_character_)
      ),
      outcome = lubridate::interval(a_diag_dat, d_prim_beh_dat) / lubridate::days(1),

      # Hantera beräknade ledtider som är negativa
      outcome = ifelse(outcome < 0, 0, outcome)
    )
  },
  prop_within_value = 28,
  target_values = 80,
  sjhkod_var = "d_prim_beh_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_prim_beh"),
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_trigrp", "d_prim_beh"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Handläggningstiden från provtagning som ger cancerdiagnos till start av primär behandling bör vara kort och oberoende av var patienten söker vård.",
      "Både ledtidens start och slut är tydliga och väl definierade vilket underlättar vid jämförelse."
    )
  ),
  vid_tolkning = NULL,
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc44) <- "nkbcind"