R/nkbc-onk-antiher2beh-bland-her2pos-50.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc50 <- list(
  code = "nkbc50",
  kortnamn = "nkbc_onk_antiher2beh_bland_her2pos_50",
  lab = c(
    sv = "Anti-HER2-riktad behandling"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade HER2-positiva invasiva fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  pop_short = c(
    sv = "opererade HER2+ invasiva fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Enbart fall med invasiv cancer
      d_invasiv_Varde == 1,

      # Enbart fall med HER2-positiv bröstcancer
      d_her2_Varde == 1,

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      # Går på det som finns, pre eller postop. Om det ena saknas antas samma som finns för det andra.
      outcome = as.logical(pmax(post_antikropp_Varde, pre_antikropp_Varde, na.rm = TRUE))
    )
  },
  target_values = c(90, 95),
  period_dat_var = "a_diag_dat",
  sjhkod_var = "d_onk_sjhkod",
  other_vars = "a_pat_alder",
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_pnstat", "d_er"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Vid HER2-positiv invasiv bröstcancer rekommenderas behandling med monoklonal antikropp riktad mot de Her2-receptorer som då finns i ökad mängd på tumörcellernas yta.",
      "Som regel ges anti-HER2-riktad behandlingen i kombination med cytostatika, under förutsättning att patienten kan tolerera det sistnämnda."
    )
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = "Både preoperativ och postoperativ anti-HER2-riktad behandling är medtaget i beräkningen."
  ),
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc50) <- "nkbcind"