R/nkbc-onk-stralbeh-efter-brostkirurgi-29b.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc29b <- list(
  code = "nkbc29b",
  kortnamn = "nkbc_onk_stralbeh_efter_brostkirurgi_29b",
  lab = c(
    sv = "Strålbehandling efter bröstkirurgi"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade fall med bröstkirurgi och utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart fall med bröstkirurgi
      op_kir_brost_Varde %in% c(1, 2, 4),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      d_pn = factor(
        dplyr::case_when(
          op_pad_lglusant > 0 & op_pad_lglmetant == 0 ~ "Nej (pN-)",
          (op_pad_snmakrometant == 0 & op_pad_snmikrometant > 0 & op_pad_lglmetant == op_pad_snmikrometant) %in% TRUE ~ "Enbart mikrometastas",
          op_pad_lglmetant > 0 & op_pad_lglmetant <= 3 ~ "1-3 metastaser",
          op_pad_lglmetant >= 4 ~ "=> 4 metastaser",
        ),
        levels = c("Nej (pN-)", "Enbart mikrometastas", "1-3 metastaser", "=> 4 metastaser")
      ),
      outcome = as.logical(post_rt_Varde)
    )
  },
  sjhkod_var = "post_inr_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_op_pad_nhg", "d_trigrp", "d_pn", "d_prim_beh", "d_op_kir_brost_kat"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Strålbehandling ges för att minska risken för återfall i det opererade bröstet, på bröstkorgsväggen och regionala lymfkörtelstationer.",
      "Strålbehandling mot bröstet är rutin efter bröstbevarande kirurgi.",
      "Strålbehandling mot armhålan är rutin vid spridning till armhålans lymfkörtlar.",
      "Strålbehandling efter mastektomi ges vid stor tumörutbredning och/eller lymfkörtelengagemang.",
      "Vid betydande samsjuklighet får nyttan med strålbehandling vägas mot potentiella nackdelar."
    )
  ),
  vid_tolkning = NULL,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc29b) <- "nkbcind"