R/nkbc-pop-n-09g.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc09g <- list(
  code = "nkbc09g",
  kortnamn = "nkbc_pop_n_09g",
  lab = c(
    sv = "Spridning till lymfkörtlarna (operationsuppgifter)",
    en = "Spread to lymph nodes (surgery data)"
  ),
  pop = c(
    sv = "primärt opererade fall utan fjärrmetastaser vid diagnos",
    en = "primarily operated cases without distant metastasis at diagnosis"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Enbart primärt opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),
      d_prim_beh_Varde == 1,

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      outcome1 = d_pnstat,
      outcome1_en = d_pnstat_en,
      outcome2 = dplyr::case_when(
        d_pnstat %in% "Nej (pN-)" ~ TRUE,
        d_pnstat %in% "Ja (pN+)" ~ FALSE
      ),
      outcome2_en = outcome2,
      outcome3 = !outcome2,
      outcome3_en = outcome3
    )
  },
  outcome = c("outcome1", "outcome2", "outcome3"),
  outcome_title = list(
    sv = c(
      "Spridning till lymfkörtlarna, kategorier",
      "Ingen spridning till lymfkörtlarna (pN-)",
      "Spridning till lymfkörtlarna (pN+)"
    ),
    en = c(
      "Spread to lymph nodes, categories",
      "No spread to lymph nodes (pN-)",
      "Spread to lymph nodes (pN+)"
    )
  ),
  sjhkod_var = "op_inr_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_screening", "d_invasiv"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Kännedom om tumörspridning till armhålans lymfkörtlar ger prognostisk information inför val av postoperativ onkologisk behandling.",
      "Tumörspridning fastställs genom mikroskopisk analys av sentinel node och/eller övriga lymfkörtlar i armhålan."
    ),
    en = paste(
      "Knowledge about tumour spread to the axillary lymph nodes provides guidance for postoperative treatment decisions and information on prognosis.",
      "The diagnosis is determined by microscopical analysis of the sentinel node and/or other lymph nodes in the armpit"
    )
  ),
  vid_tolkning = list(
    sv = c(
      "Spridning till lymfkörtlar i armhålan definieras som metastas > 0.2 mm."
    ),
    en = c(
      "A tumor infiltrate of >0.2 mm in the lymph node is considered as lymph node involvement (spread to lymph nodes)."
    )
  ),
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc09g) <- "nkbcind"