R/nkbc-studier-pat-i-studie-39.R

In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

#' @export
nkbc39 <- list(
  code = "nkbc39",
  kortnamn = "nkbc_studier_pat_i_studie_39",
  lab = c(
    sv = "Patienten ingår i studie"
  ),
  pop = c(
    sv = "opererade fall utan fjärrmetastaser vid diagnos"
  ),
  filter_pop = function(x, ...) {
    dplyr::filter(
      x,
      # Inrapporteringen av given onkologisk behandling har påbörjats vid olika tidpunkter i olika sjukvårdsregioner.
      # Fr.o.m. 2012 anses rapportering ha skett nationellt
      lubridate::year(a_diag_dat) >= 2012,

      # Enbart opererade fall
      !is.na(op_kir_dat),

      # Ej fall med fjärrmetastaser vid diagnos
      !(a_tnm_mklass_Varde %in% 10)
    )
  },
  mutate_outcome = function(x, ...) {
    dplyr::mutate(x,
      d_a_beh_studie = dplyr::case_when(
        a_beh_studie_Varde == 0L ~ FALSE,
        a_beh_studie_Varde == 1L ~ TRUE,
        a_beh_studie_Varde == 98L ~ NA
      ),
      d_pre_beh_studie = dplyr::case_when(
        pre_beh_studie_Varde == 0L ~ FALSE,
        pre_beh_studie_Varde == 1L ~ TRUE,
        pre_beh_studie_Varde == 98L ~ NA
      ),
      d_post_beh_studie = dplyr::case_when(
        post_beh_studie_Varde == 0L ~ FALSE,
        post_beh_studie_Varde == 1L ~ TRUE,
        post_beh_studie_Varde == 98L ~ NA
      ),
      # Beräkna indikator
      outcome =
        dplyr::case_when(
          d_a_beh_studie | d_pre_beh_studie | d_post_beh_studie ~ TRUE,
          !d_a_beh_studie | !d_pre_beh_studie | !d_post_beh_studie ~ FALSE
        )
    )
  },
  sjhkod_var = "post_inr_sjhkod",
  other_vars = c("a_pat_alder", "d_invasiv"),
  other_vars_inca = c("a_pat_alder", "d_invasiv", "d_vitalstatus"),
  om_indikatorn = list(
    sv = paste(
      "Ett övergripande mål är att erbjuda alla bröstcancerpatienter medverkan i studier för att utveckla nya behandlingar och arbetssätt.",
      "Indikatorn gäller alla typer av studier (t.ex. kliniska studier, omvårdnadsstudier, fysioterapi-studier).",
      "Indikatorn infördes 2017 och bör tolkas med försiktighet p.g.a. underrapportering och regionala skillnader i definition."
    )
  ),
  vid_tolkning = NULL,
  inkl_beskr_onk_beh = TRUE,
  teknisk_beskrivning = NULL
)
class(nkbc39) <- "nkbcind"