R/Untitled.R

In sandraTL/PADIGM: Pathway Analysis with distance between genes and metablites

AssoData <- data.frame("gene" = as.vector(c("hsa:4678",
"hsa:127343",
"hsa:1579",
"hsa:1579",
"hsa:1579",
"hsa:34",
"hsa:34",
"hsa:34",
"hsa:257",
"hsa:26227",
"hsa:117145",
"hsa:8884",
"hsa:2646",
"hsa:2646",
"hsa:6509",
"hsa:9027",
"hsa:22930",
"hsa:33",
"hsa:1373",
"hsa:1373",
"hsa:1373",
"hsa:1373",
"hsa:54658",
"hsa:54658",
"hsa:8801",
"hsa:51555",
"hsa:3827",
"hsa:56606",
"hsa:56606",
"hsa:152926",
"hsa:152926",
"hsa:152926",
"hsa:152926",
"hsa:6999",
"hsa:2110",
"hsa:2110",
"hsa:3818",
"hsa:56172",
"hsa:635",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:6583",
"hsa:2766",
"hsa:10786",
"hsa:4907",
"hsa:117247",
"hsa:117247",
"hsa:6580",
"hsa:6580",
"hsa:196",
"hsa:5723",
"hsa:1577",
"hsa:1577",
"hsa:55063",
"hsa:55063",
"hsa:8972",
"hsa:10",
"hsa:10",
"hsa:10",
"hsa:3620",
"hsa:26873",
"hsa:883",
"hsa:1384",
"hsa:220963",
"hsa:220963",
"hsa:220963",
"hsa:220963",
"hsa:220963",
"hsa:5832",
"hsa:6319",
"hsa:6319",
"hsa:6319",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:3992",
"hsa:6539",
"hsa:10599",
"hsa:10599",
"hsa:10599",
"hsa:27165",
"hsa:27165",
"hsa:5053",
"hsa:10019",
"hsa:35",
"hsa:374569",
"hsa:3712",
"hsa:114294",
"hsa:49855",
"hsa:23042",
"hsa:4363",
"hsa:54988",
"hsa:115584",
"hsa:115584",
"hsa:2806",
"hsa:9057",
"hsa:8140",
"hsa:284111",
"hsa:284001",
"hsa:51477",
"hsa:11136",
"hsa:6822",
"hsa:6822",
"hsa:6822",
"hsa:875",
"hsa:5625",
"hsa:1890")
), "metabolite" = as.vector(c("C00503",
"C00503",
"C13910",
"C11002",
"C19615",
"C05271",
"C02838",
"C05275",
"C00318",
"C00065",
"C01942",
"C00864",
"C00159",
"C00041",
"C02261",
"C00437",
"C07326",
"C01942",
"C00037",
"C00300",
"C00065",
"C00719",
"C00500",
"C00486",
"C00091",
"C00318",
"C00306",
"C00366",
"C00135",
"C00123",
"C00671",
"C00183",
"C02261",
"C00078",
"C05275",
"C02838",
"C00306",
"C00158",
"C00719",
"C02939",
"C02636",
"C00318",
"C03017",
"C02571",
"C05271",
"C00510",
"C08283",
"C09213",
"C00262",
"C04295",
"C00294",
"C00082",
"C00078",
"C00630",
"C03017",
"C07481",
"C00065",
"C07635",
"C12525",
"C07635",
"C12525",
"C07326",
"C16358",
"C02946",
"C16359",
"C00643",
"C01879",
"C02043",
"C00091",
"C00318",
"C03017",
"C02571",
"C02862",
"C05271",
"C00327",
"C01530",
"C08322",
"C08362",
"C00219",
"C16527",
"C06428",
"C16522",
"C16300",
"C16513",
"C16513",
"C00719",
"C11002",
"C19615",
"C04295",
"C05283",
"C00064",
"C00079",
"C00328",
"C02862",
"C00152",
"C02939",
"C00091",
"C00630",
"C16522",
"C00091",
"C05629",
"C06153",
"C00137",
"C05607",
"C00047",
"C00328",
"C00158",
"C03672",
"C00137",
"C02427",
"C04295",
"C12525",
"C04555",
"C00719",
"C00148",
"C00299")))