tests/kin_simple_visible_script.R

In TIMP: Fitting Separable Nonlinear Models in Spectroscopy and Microscopy

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## Dataset and model of 
## Mariangela di Donato.
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## load TIMP
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require(TIMP)

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## READ IN DATA
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mdDat<-readData("cp8b.txt")

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## Look at the attributes of the data object
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slotNames(mdDat)

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## The times in the data
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mdDat@x 

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## The number of timepoints in the data
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mdDat@nt 

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## The wavelengths in the data
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mdDat@x2

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## The number of wavelengths in the data
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mdDat@nl

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## PREPROCESS PSI 1
## estimate the baseline from timepoints 1-9, 
## and substract this baseline from data between wavelengths 1-256 
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mdDat<-preProcess(data = mdDat, baselinelambda = c(1, 9, 1, 256))

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## PREPROCESS PSI 1
## Select wavelengths 1-235 for analysis
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mdDat<-preProcess(data = mdDat, sel_lambda = c(1, 235))


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## DEFINE INITIAL MODEL
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model1<- initModel(mod_type = "kin", 
kinpar= c(3.0, 0.5266452074, 0.8900437504E-01, 0.3096646687E-03 ) , 
irfpar=c(-0.213412169,0.66E-01), 
parmu = list(c(-0.4294245897, 0.663252115 )), 
lambdac = 670,
seqmod=TRUE,
positivepar=c("kinpar"), weightpar = list(c(-16, -.1, NA, NA, .5)),
title="visible example", 
cohspec = list( type = "irf"))

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## FIT INITIAL MODEL
## plotting only every 20th trace
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denRes<-fitModel(list(mdDat), list(model1), 
opt=kinopt(iter=4, linrange = .2,
makeps = "visible", xlab = "time (ps)", 
ylab = "wavelength", stderrclp = TRUE, 
plotkinspec = TRUE, kinspecerr = TRUE,
selectedtraces = seq(1,256,by=20)))