DBChIP.R
In DBChIP: Differential Binding of Transcription Factor with ChIP-seq

### R code from vignette source 'DBChIP.Rnw'

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### code chunk number 1: loading
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library(DBChIP)
data("PHA4")


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### code chunk number 2: assign condition
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conds <- factor(c("emb","emb","L1", "L1"), levels=c("emb", "L1"))


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### code chunk number 3: load binding sites
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path <- system.file("ext", package="DBChIP")
binding.site.list <- list()
binding.site.list[["emb"]] <- read.table(paste(path, "/emb.binding.txt", sep=""), 
header=TRUE)
head(binding.site.list[["emb"]])
binding.site.list[["L1"]] <- read.table(paste(path, "/L1.binding.txt", sep=""), 
header=TRUE)
bs.list <- read.binding.site.list(binding.site.list)


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### code chunk number 4: merge
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consensus.site <- site.merge(bs.list)


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### code chunk number 5: look at ChIP data
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names(chip.data.list)
head(chip.data.list[["emb_rep1"]])


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### code chunk number 6: look at input data
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names(input.data.list)


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### code chunk number 7: load data
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dat <- load.data(chip.data.list=chip.data.list, conds=conds, consensus.site=
consensus.site, input.data.list=input.data.list, data.type="MCS")


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### code chunk number 8: site count
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dat <- get.site.count(dat)


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### code chunk number 9: differential binding
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dat <- test.diff.binding(dat)
rept <- report.peak(dat)
rept


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### code chunk number 10: fig-bs
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plotPeak(rept[1,], dat)


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### code chunk number 11: ShortRead (eval = FALSE)
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## library(ShortRead)
## aln <- readAligned("./", pattern="emb.bam", type="BAM")
## chip.data.list[["emb"]] <- aln


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### code chunk number 12: BED (eval = FALSE)
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## chip.data.list <- list()
## chip.data.list[["emb"]] <- "/path/emb.bed.file"
## chip.data.list[["L1"]] <- "/path/L1.bed.file"


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### code chunk number 13: session
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sessionInfo()