FELLA.R
In FELLA: Interpretation and enrichment for metabolomics data

### R code from vignette source 'FELLA.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: 01_graph
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library(FELLA)
set.seed(1)
# Filter overview pathways
graph <- buildGraphFromKEGGREST(
    organism = "hsa", 
    filter.path = c("01100", "01200", "01210", "01212", "01230"))


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### code chunk number 3: 01_database
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tmpdir <- paste0(tempdir(), "/my_database")
# Mke sure the database does not exist from a former vignette build
# Otherwise the vignette will rise an error 
# because FELLA will not overwrite an existing database
unlink(tmpdir, recursive = TRUE)  
buildDataFromGraph(
    keggdata.graph = graph, 
    databaseDir = tmpdir, 
    internalDir = FALSE, 
    matrices = "diffusion", 
    normality = "diffusion", 
    niter = 50)


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### code chunk number 4: 01_loadkegg
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fella.data <- loadKEGGdata(
    databaseDir = tmpdir, 
    internalDir = FALSE, 
    loadMatrix = "diffusion"
)


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### code chunk number 5: 01_summary
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fella.data


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### code chunk number 6: 01_info
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cat(getInfo(fella.data))


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### code chunk number 7: 02_compounds
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compounds.epithelial <- c(
    "C02862", "C00487", "C00025", "C00064", 
    "C00670", "C00073", "C00588", "C00082", "C00043")


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### code chunk number 8: 02_mapcompounds
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analysis.epithelial <- defineCompounds(
    compounds = compounds.epithelial, 
    data = fella.data)


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### code chunk number 9: 02_mapped
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getInput(analysis.epithelial)
getExcluded(analysis.epithelial)


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### code chunk number 10: 02_print
###################################################
analysis.epithelial


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### code chunk number 11: 03_enrich
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analysis.epithelial <- runDiffusion(
    object = analysis.epithelial, 
    data = fella.data, 
    approx = "normality")


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### code chunk number 12: 03_summary
###################################################
analysis.epithelial


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### code chunk number 13: 03_plot
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nlimit <- 150
vertex.label.cex <- .5
plot(
    analysis.epithelial, 
    method = "diffusion", 
    data = fella.data, 
    nlimit = nlimit, 
    vertex.label.cex = vertex.label.cex)


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### code chunk number 14: 04_graph
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g <- generateResultsGraph(
    object = analysis.epithelial, 
    method = "diffusion", 
    nlimit = nlimit, 
    data = fella.data)
g


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### code chunk number 15: 04_go
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# GO:0005739 is the term for mitochondrion
g.go <- addGOToGraph(
    graph = g, 
    GOterm = "GO:0005739", 
    godata.options = list(
        OrgDb = "org.Hs.eg.db", ont = "CC"), 
    mart.options = list(
        biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl"))
g.go


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### code chunk number 16: 04_plot_go
###################################################
plotGraph(
    g.go, 
    vertex.label.cex = vertex.label.cex)


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### code chunk number 17: 04_table
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tab.all <- generateResultsTable(
    method = "diffusion", 
    nlimit = 100, 
    object = analysis.epithelial, 
    data = fella.data)
# Show head of the table
knitr::kable(head(tab.all), format = "latex")


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### code chunk number 18: 04_enzyme
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tab.enzyme <- generateEnzymesTable(
    method = "diffusion", 
    nlimit = 100, 
    object = analysis.epithelial, 
    data = fella.data)
# Show head of the table
knitr::kable(head(tab.enzyme, 10), format = "latex")


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### code chunk number 19: 04_file
###################################################
tmpfile <- tempfile()
exportResults(
    format = "csv", 
    file = tmpfile, 
    method = "diffusion", 
    object = analysis.epithelial, 
    data = fella.data)


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### code chunk number 20: 04_pajek
###################################################
tmpfile <- tempfile()
exportResults(
    format = "pajek", 
    file = tmpfile, 
    method = "diffusion", 
    object = analysis.epithelial, 
    data = fella.data)


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### code chunk number 21: 05
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compounds.ovarian <- c(
    "C00275", "C00158", "C00042", 
    "C00346", "C00122", "C06468")
analysis.ovarian <- enrich(
    compounds = compounds.ovarian, 
    data = fella.data, 
    methods = "diffusion")

plot(
    analysis.ovarian, 
    method = "diffusion", 
    data = fella.data, 
    nlimit = 150, 
    vertex.label.cex = vertex.label.cex, 
    plotLegend = FALSE)


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### code chunk number 22: 06
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compounds.malaria <- c(
    "C05471", "C14831", "C02686", "C06462", "C00735", "C14833", 
    "C18175", "C00550", "C01124", "C05474", "C05469")

analysis.malaria <- enrich(
    compounds = compounds.malaria, 
    data = fella.data, 
    methods = "diffusion")

plot(
    analysis.malaria, 
    method = "diffusion", 
    data = fella.data, 
    nlimit = 50, 
    vertex.label.cex = vertex.label.cex, 
    plotLegend = FALSE)


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### code chunk number 23: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())