inst/doc/XdeParameterClass.R

In XDE: XDE: a Bayesian hierarchical model for cross-study analysis of differential gene expression

### R code from vignette source 'XdeParameterClass.Rnw'

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### code chunk number 1: XdeParameterClass.Rnw:43-44
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options(width=60)


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### code chunk number 2: params
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library(XDE)
data(expressionSetList)
xlist <- expressionSetList
params <- new("XdeParameter", esetList=xlist, phenotypeLabel="adenoVsquamous")
params


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### code chunk number 3: firstMcmc
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initialValues <- firstMcmc(params)
str(initialValues)


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### code chunk number 4: specifiedInitialValues
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params@specifiedInitialValues


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### code chunk number 5: hyperparameters
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hyperparameters(params)


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### code chunk number 6: hyperparamReplace (eval = FALSE)
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## hyperparameters(params)["alpha.a"] <- 1


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### code chunk number 7: tuning
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tuning(params)


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### code chunk number 8: changeEpsilon
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tuning(params)["a"] <- tuning(params)["a"]*0.5


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### code chunk number 9: updates
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updates(params)


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### code chunk number 10: conjugacy (eval = FALSE)
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## firstMcmc(params)$B <- rep(1,3)
## updates(params)["b"] <- 0


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### code chunk number 11: independence (eval = FALSE)
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## firstMcmc(params)$B <- rep(0, 3)
## updates(params)["b"] <- 0


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### code chunk number 12: blockUpdates (eval = FALSE)
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## updates(params)["rAndC2"] <- 3


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### code chunk number 13: output
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output(params)


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### code chunk number 14: differentPath (eval = FALSE)
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## directory(params) <- "logFiles"


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### code chunk number 15: burnin
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burnin(params) <- TRUE
iterations(params) <- 5


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### code chunk number 16: burnin2
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output(params)[2:22] <- rep(1, 21)
output(params)
burnin(params) <- TRUE
output(params)


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### code chunk number 17: burnin3
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##Specify a thin of 1 and save none of the parameters
output(params)[2:22] <- rep(0, 21)
output(params)
burnin(params) <- FALSE
output(params)


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### code chunk number 18: doNotSaveHugeChains
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burnin(params) <- FALSE
output(params)[c("nu", "DDelta", "delta", "probDelta", "sigma2", "phi")] <- 0
output(params)


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### code chunk number 19: XdeParameterClass.Rnw:538-539
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toLatex(sessionInfo())