methVisual.R
In methVisual: Methods for visualization and statistics on DNA methylation data

### R code from vignette source 'methVisual.Rnw'

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### code chunk number 1: methVisual.Rnw:22-30
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library(methVisual)
library(Biostrings)
library(gridBase) 
library(ca)
library(sqldf)
library(plotrix)
ps.options(pointsize=12)
options(width=60)


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### code chunk number 2: methVisual.Rnw:91-92
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library(methVisual)  


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### code chunk number 3: methVisual.Rnw:102-103
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dir.create(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer/"))


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### code chunk number 4: methVisual.Rnw:106-107
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makeLocalExpDir(dataPath="/examples/BiqAnalyzer",localDir=file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer/"))


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### code chunk number 5: methVisual.Rnw:111-112
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methData <-MethDataInput(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer","/PathFileTab.txt"))


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### code chunk number 6: methVisual.Rnw:116-117
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methData


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### code chunk number 7: methVisual.Rnw:121-122
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refseq <- selectRefSeq(file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer","/Master_Sequence.txt"))


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### code chunk number 8: methVisual.Rnw:132-133
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QCdata <- MethylQC(refseq, methData,makeChange=TRUE,identity=80,conversion=90)


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### code chunk number 9: methVisual.Rnw:138-139
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QCdata


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### code chunk number 10: methVisual.Rnw:146-148
###################################################
methData <- MethAlignNW( refseq , QCdata)
methData


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### code chunk number 11: methVisual.Rnw:158-160 (eval = FALSE)
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## plotAbsMethyl(methData,real=TRUE)
## 


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### code chunk number 12: Absolute-Methylation-Plot
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plotAbsMethyl(methData,real=TRUE)


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### code chunk number 13: methVisual.Rnw:185-187 (eval = FALSE)
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## MethLollipops(methData)
## 


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### code chunk number 14: Lollipops-plot
###################################################
MethLollipops(methData)


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### code chunk number 15: methVisual.Rnw:211-213 (eval = FALSE)
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## file <- file.path(R.home(component="home"),"/BiqAnalyzer/","Cooccurrence.pdf")
## Cooccurrence(methData,file=file)


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### code chunk number 16: methVisual.Rnw:219-223 (eval = FALSE)
###################################################
## 
## summery <- matrixSNP(methData)
## plotMatrixSNP(summery,methData)
## 


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### code chunk number 17: Distant-cooccurrence
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summery <- matrixSNP(methData)
plotMatrixSNP(summery,methData)


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### code chunk number 18: methVisual.Rnw:249-252 (eval = FALSE)
###################################################
## 
## methFisherTest(methData, c(2,3,5), c(1,4,6))
## 


###################################################
### code chunk number 19: Fisher-Test
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methFisherTest(methData, c(2,3,5), c(1,4,6))


###################################################
### code chunk number 20: methVisual.Rnw:274-275
###################################################
methWhitneyUTest(methData, c(2,3,5), c(1,4,6))


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### code chunk number 21: methVisual.Rnw:281-284 (eval = FALSE)
###################################################
## 
## heatMapMeth(methData)
## 


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### code chunk number 22: Heat-Map
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heatMapMeth(methData)


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### code chunk number 23: methVisual.Rnw:306-309 (eval = FALSE)
###################################################
## 
## methCA(methData)
## 


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### code chunk number 24: CA
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methCA(methData)