R/data.R

In tidybulk: Brings transcriptomics to the tidyverse

#' Example data set
#'
#'
"counts"

#' Example data set reduced
#'
#'
"counts_mini"

#' Cibersort reference
#'
#'
"X_cibersort"

#' Counts with ensembl annotation
#'
#'
"counts_ensembl"

#' Data set
#'
#'
"ensembl_symbol_mapping"

#' Data set
#'
#'
"breast_tcga_mini"

#' flybaseIDs
#'
#'
"flybaseIDs"

#' SummarizedExperiment
#'
#'
"se"

#' SummarizedExperiment mini for vignette
#'
#'
"se_mini"

#' SummarizedExperiment mini for vignette
#'
#'
"test_deseq2_df"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_tsne
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_tsne"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_boxplot
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_boxplot"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_tsne2
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_tsne2"