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In Rclade: Automated Deep-Time Phylogenetic Tree Collapsing and Visualization

Rclade 文档（中文）

欢迎阅读 Rclade 文档。Rclade 是一个用于深时系统发育树自动化折叠与可视化（带地质时间轴）的 R 包。

本文档采用多级体系组织：

1. 入门指南 — 引导式首次运行。
2. 安装 — 如何安装 Rclade 及其依赖。
3. 核心概念 — 分类格式、MRCA 折叠、时间轴、颜色与特殊标识符。
4. 教程 — 分步工作流。
5. 参考手册 — 每个导出函数，按模块分组，均含使用示例。
6. 示例集锦 — 常见任务的即拷即用示例。
7. 常见问题 — 高频问题与排错。

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模块参考

• 核心可视化 — plot_timetree、batch_plot、save_timetree、summarize_timetree、theme_timetree
• 树与序列读取及校验 — 读取/校验树与序列，检查单系性
• 分类学解析 — 检测/解析标签，将分组解析为 MRCA，校验自定义分组
• 颜色与图例 — generate_colors、split_legend
• 命令行与交互界面 — 命令行、Shiny、自检、中断处理
• 日志与计时 — 结构化日志与计时器
• 工具函数 — 路径、编码、临时文件及其他辅助函数

Rclade documentation built on Sept. 26, 2026, 5:07 p.m.