flexmix-intro.R
In flexmix: Flexible Mixture Modeling

### R code from vignette source 'flexmix-intro.Rnw'

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### code chunk number 1: flexmix-intro.Rnw:30-37
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suppressWarnings(RNGversion("3.5.0"))
set.seed(1504)
options(width=70, prompt = "R> ", continue = "+  ", useFancyQuotes = FALSE)
grDevices::ps.options(family="Times")
library("graphics")
library("flexmix")
data("NPreg")


###################################################
### code chunk number 2: flexmix-intro.Rnw:323-327
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library("flexmix")
data("NPreg")
m1 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2)
m1


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### code chunk number 3: flexmix-intro.Rnw:330-331
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parameters(m1, component = 1)


###################################################
### code chunk number 4: flexmix-intro.Rnw:334-335
###################################################
parameters(m1, component = 2)


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### code chunk number 5: flexmix-intro.Rnw:340-341
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table(NPreg$class, clusters(m1))


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### code chunk number 6: flexmix-intro.Rnw:344-345
###################################################
summary(m1)


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### code chunk number 7: flexmix-intro.Rnw:361-364
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par(mfrow=c(1,2))
plot(yn~x, col=class, pch=class, data=NPreg)
plot(yp~x, col=class, pch=class, data=NPreg)


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### code chunk number 8: flexmix-intro.Rnw:382-383
###################################################
print(plot(m1))


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### code chunk number 9: flexmix-intro.Rnw:403-405
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rm1 <- refit(m1)
summary(rm1)


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### code chunk number 10: flexmix-intro.Rnw:426-427
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options(width=55)


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### code chunk number 11: flexmix-intro.Rnw:429-432
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m2 <- flexmix(yp ~ x, data = NPreg, k = 2, 
  model = FLXMRglm(family = "poisson"))
summary(m2)


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### code chunk number 12: flexmix-intro.Rnw:434-435
###################################################
options(width=65)


###################################################
### code chunk number 13: flexmix-intro.Rnw:439-440
###################################################
print(plot(m2))


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### code chunk number 14: flexmix-intro.Rnw:483-486
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m3 <- flexmix(~ x, data = NPreg, k = 2,
  model=list(FLXMRglm(yn ~ . + I(x^2)), 
    FLXMRglm(yp ~ ., family = "poisson")))


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### code chunk number 15: flexmix-intro.Rnw:501-502
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print(plot(m3))


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### code chunk number 16: flexmix-intro.Rnw:531-533
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m4 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2) | id2, data = NPreg, k = 2)
summary(m4)


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### code chunk number 17: flexmix-intro.Rnw:549-551
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m5 <- flexmix(yn ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 2,
  control = list(iter.max = 15, verbose = 3, classify = "hard"))


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### code chunk number 18: flexmix-intro.Rnw:568-572
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m6 <- flexmix(yp ~ x + I(x^2), data = NPreg, k = 4,
  control = list(minprior = 0.2))

m6  


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### code chunk number 19: flexmix-intro.Rnw:582-585
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m7 <- stepFlexmix(yp ~ x + I(x^2), data = NPreg,
  control = list(verbose = 0), k = 1:5, nrep = 5)



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### code chunk number 20: flexmix-intro.Rnw:591-592
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getModel(m7, "BIC")


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### code chunk number 21: flexmix-intro.Rnw:727-734
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library("flexmix")
set.seed(1504)
options(width=60)
grDevices::ps.options(family="Times")
suppressMessages(require("ellipse"))
suppressMessages(require("mvtnorm"))
source("mymclust.R")


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### code chunk number 22: flexmix-intro.Rnw:740-743
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data("Nclus")
m1 <- flexmix(Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust())
summary(m1)


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### code chunk number 23: flexmix-intro.Rnw:754-756
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m2 <- flexmix(Nclus ~ 1, k = 4, model = mymclust(diagonal = FALSE))
summary(m2)


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### code chunk number 24: flexmix-intro.Rnw:761-764
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par(mfrow=1:2)
plotEll(m1, Nclus)
plotEll(m2, Nclus)


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### code chunk number 25: flexmix-intro.Rnw:803-807
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SI <- sessionInfo()
pkgs <- paste(sapply(c(SI$otherPkgs, SI$loadedOnly), function(x) 
                     paste("\\\\pkg{", x$Package, "} ", 
                           x$Version, sep = "")), collapse = ", ")