R/getMirs.R

In GeneSurvey/TCGAGeneReport: Access to Gene Report Data

#TCGAGeneReport Copyright 2014, 2015, 2016 University of Texas MD Anderson Cancer Center
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# internal
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getMirs_List_internal <- function(theZipFile, theMethodString, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	results <- NULL
	jListGenesObj <- .jnew("org/mda/bcb/tcgagsdata/CallFromR", theZipFile)
	results <- .jcall(jListGenesObj, returnSig = "[S", method=theMethodString)
	results
}

getMirs_Metadata_internal <- function(theId, theZipFile, theMethodString, theVerboseFlag)
{
	setJavaVerboseFlag(theVerboseFlag)
	result <- NULL
	jReadGeneObj <- .jnew("org/mda/bcb/tcgagsdata/CallFromR", theZipFile)
	jObj <- .jcall(jReadGeneObj, 
								 returnSig = "[Lorg/mda/bcb/tcgagsdata/retrieve/MetadataMir;", 
								 method=theMethodString,
								 .jnew("java/lang/String",theId))
	if(FALSE==is.jnull(jObj))
	{
		{
			result <- as.vector(unlist(lapply(jObj, function(theObj)
			{
				new("Metadata_Mir", 
										theMirId=theObj$mMirId,
										theMimatId=theObj$mMimatId,
										theMirType=theObj$mMirType,
										theChromosome=theObj$mChromosome,
										theLocationStart=theObj$mLocationStart,
										theLocationEnd=theObj$mLocationEnd,
										theStrand=theObj$mStrand,
										theDerivedFrom=theObj$mDerivedFrom)
			})))
		}
	}
	result
}

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# exported
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####
#### uses mirs from data file
####

getMirs_List_Mir <- function(theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMirs_List_internal(theZipFile, 'getMirList', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getMirs_List_Mimat <- function(theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMirs_List_internal(theZipFile, 'getMimatList', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getMirs_Metadata_Mir <- function(theMirId, theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMirs_Metadata_internal(theMirId, theZipFile, 'getMetadata_miRNA_mir', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}

getMirs_Metadata_Mimat <- function(theMimatId, theZipFile="/rsrch1/bcb/batcheffects/GENE_REPORT/GeneSurvey.zip", theVerboseFlag=FALSE)
{
	getMirs_Metadata_internal(theMimatId, theZipFile, 'getMetadata_miRNA_mimat', theVerboseFlag=theVerboseFlag)
}


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