#' Utvikling over tid for gjennomsnitt/median av valgt variabel
#'
#' Figuren viser gjennomsnitt/median per år med konfidensintervall for valgt variabel.
#' I bakgrunn vises konfidensintervall for det man har valt å sammenlikne med.
#'
#' Argumentet \emph{valgtVar} har følgende valgmuligheter:
#' \itemize{
#' \item alder: Pasientens alders
#' }
#'
#' @inheritParams NSFigAndeler
#' @inheritParams NSVarTilrettelegg
#' @param valgtMaal
#' 'gjsn': gir middelverdi (standard)
#' 'med': gir median
#' @param valgtVar Hvilken variabel som skal visualiseres
#'
#' @return Linjediagram som viser utvikling over tid for valgt variabel
#'
#' @export
NSFigGjsnTid <- function(RegData, valgtVar='Alder', datoFra='2011-01-01', datoTil='3000-12-31',
datoUt = 0, tidsenhet='Aar', minald=0, maxald=110, erMann='', reshID=0,
enhetsUtvalg=0, valgtMaal='gjsn', AIS='', traume='alle', nivaaUt=99,
preprosess=1, outfile='', hentData=0, lagFigur=1,...){
if ("session" %in% names(list(...))) {
rapbase::repLogger(session = list(...)[["session"]], msg = paste0('FigGjsnTid: ',valgtVar))
}
if (hentData == 1) {
RegData <- NSRegDataSQL(valgtVar = valgtVar)
}
# Hvis RegData ikke har blitt preprosessert. (I samledokument gjøre dette i samledokumentet)
if (preprosess==1){
RegData <- NSPreprosesser(RegData=RegData) #, reshID=reshID)
}
#--------------- Definere variable ------------------------------
NSVarSpes <- NSVarTilrettelegg(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, figurtype='gjsn')
RegData <- NSVarSpes$RegData
NSUtvalg <- NSUtvalgEnh(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, datoUt = datoUt,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, reshID=reshID,
traume=traume, AIS=AIS, nivaaUt=nivaaUt, enhetsUtvalg = enhetsUtvalg)
RegData <- NSUtvalg$RegData
utvalgTxt <- NSUtvalg$utvalgTxt
medSml <- NSUtvalg$medSml
#------------------------Klargjøre tidsenhet--------------
N <- list(Hoved = dim(RegData)[1], Rest=0)
#N <- list(Hoved = 0, Rest =0)
#if (N$Hoved>9) {
RegDataFunk <- SorterOgNavngiTidsEnhet(RegData=RegData, tidsenhet = tidsenhet, datoUt=datoUt)
RegData <- RegDataFunk$RegData
#tidtxt <- RegDataFunk$tidtxt
tidNum <- min(as.numeric(RegData$TidsEnhetSort), na.rm=T):max(as.numeric(RegData$TidsEnhetSort), na.rm = T) #as.numeric(levels(RegData$TidsEnhetSort))
#--------------- Gjøre beregniNS ------------------------------
KIekstrem <- NULL
ind <- NSUtvalg$ind
Ngr <- list(Hoved = length(ind$Hoved), Rest =length(ind$Rest))
#Resultat for hovedgruppe
N <- tapply(X = RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], INDEX = RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], FUN = length)
Ngr$Hoved <- tapply(X = RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], INDEX = RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], FUN = length)
if (valgtMaal=='med') {
MedIQR <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Hoved],RegData$Variabel[ind$Hoved], notch=TRUE, plot=FALSE)
Midt <- as.numeric(MedIQR$stats[3, ]) #as.numeric(MedIQR$stats[3, sortInd])
Konf <- MedIQR$conf
#Hvis vil bruke vanlige konf.int:
#j <- ceiling(N/2 - 1.96*sqrt(N/4))
#k <- ceiling(N/2 + 1.96*sqrt(N/4))
#KIHele <- sort(RegData$Variabel)[c(j,k)]
#The notches (if requested) extend to +/-1.58 IQR/sqrt(n). (Chambers et al. (1983, p. 62), given in McGill et al. (1978, p. 16).)
#They are based on asymptotic normality of the median and roughly equal sample sizes for the two medians being compared,
#and are said to be rather insensitive to the underlying distributions of the samples. The idea appears to be to give
#roughly a 95% confidence interval for the difference in two medians.
} else { #Gjennomsnitt blir standard.
Midt <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], mean, na.rm=T)
SD <- tapply(RegData[ind$Hoved ,'Variabel'], RegData[ind$Hoved, 'TidsEnhet'], sd, na.rm=T)
Konf <- rbind(Midt - 2*SD/sqrt(N), Midt + 2*SD/sqrt(N))
}
if (length(KIekstrem) == 0) { #Hvis ikke KIekstrem definert i variabeldefinisjonen
KIekstrem <- c(0,max(RegData$Variabel, na.rm=T))
}
Konf <- replace(Konf, which(Konf < KIekstrem[1]), KIekstrem[1])
Konf <- replace(Konf, which(Konf > KIekstrem[2]), KIekstrem[2])
#Resten (gruppa det sammenliknes mot)
MidtRest <- NULL
KonfRest <- NULL
if (medSml == 1) {
Nrest <- tapply(RegData[ind$Rest ,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
if (valgtMaal=='med') {
MedIQRrest <- plot(RegData$TidsEnhet[ind$Rest],RegData$Variabel[ind$Rest], notch=TRUE, plot=FALSE)
MidtRest <- as.numeric(MedIQRrest$stats[3, ])
KonfRest <- MedIQRrest$conf
} else {
MidtRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], mean, na.rm=T) #ind$Rest
SDRest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], sd, na.rm=T)
Nrest <- tapply(RegData[ind$Rest,'Variabel'], RegData[ind$Rest, 'TidsEnhet'], length)
KonfRest <- rbind(MidtRest - 2*SDRest/sqrt(Nrest), MidtRest + 2*SDRest/sqrt(Nrest))
}
}
#}
t1 <- switch(valgtMaal,
med = 'Median ',
gjsn = 'Gjennomsnittlig ')
tittel <- paste0(t1, NSVarSpes$tittel)
if (valgtMaal=='med') {maaltxt <- 'Median ' } else {maaltxt <- 'Gjennomsnitt '}
ResData <- round(rbind(Midt, Konf, MidtRest, KonfRest), 1)
rownames(ResData) <- c(maaltxt, 'KImin', 'KImaks',
paste0(maaltxt, 'Resten'), 'KImin, Resten', 'KImaks, Resten')[1:(3*(medSml+1))]
FigDataParam <- list(AggVerdier=ResData,
N=N,
Ngr=Ngr,
grtxt=levels(RegData$TidsEnhet),
tittel=NSVarSpes$tittel,
utvalgTxt=utvalgTxt,
fargepalett=NSUtvalg$fargepalett,
medSml=medSml,
hovedgrTxt=NSUtvalg$hovedgrTxt,
smltxt=NSUtvalg$smltxt)
if (lagFigur==1) {
#-----------Figur---------------------------------------
if (length(ind$Hoved)<10 | ((medSml == 1) & (length(ind$Rest) < 10))) {
rapFigurer::figtype(outfile)
plot.new()
title(main=tittel)
text(0.5, 0.65, 'Færre enn 10 registreriNS i hoved-', cex=1.2)
text(0.55, 0.6, 'eller sammenlikningsgruppe', cex=1.2)
if ( outfile != '') {dev.off()}
} else {
xmin <- min(tidNum)-0.5
xmax <- max(tidNum)+0.5
cexgr <- 0.9 #Kan endres for enkeltvariable
ymin <- 0.9*min(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymin1 - 2*h
ymax <- 1.1*max(KonfRest, Konf, na.rm=TRUE) #ymax1 + 2*h
ytxt <- maaltxt #paste0(maaltxt, ytxt1, sep='')
#Plottspesifikke parametre:
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett=NSUtvalg$fargepalett)
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
par('fig'=c(0, 1, 0, 1-0.025*NutvTxt))
farger <- FigTypUt$farger
fargeHovedRes <- farger[1]
fargeRestRes <- farger[4]
#
plot(tidNum,Midt, xlim= c(xmin, xmax), ylim=c(ymin, ymax), #ylim=c(ymin-0.05*ymax, ymax),
type='n', frame.plot=FALSE, col = farger[3],
#cex=0.8, cex.lab=0.9, cex.axis=0.9,
ylab=c(ytxt,'med 95% konf.int.'),
xlab=c('Innleggelsestidspunkt', 'Utskrivingstidspunkt')[datoUt+1], xaxt='n',
sub='(Tall i boksene angir antall innleggelser)', cex.sub=cexgr) #, axes=F)
axis(side=1, at = tidNum, labels = levels(RegData$TidsEnhet))
#Sammenlikning:
if (medSml==1) {
AntTidsenh <- max(which(!is.na(KonfRest[1,])))
tidspkt <- c(tidNum[1]-0.01,tidNum[1:AntTidsenh], tidNum[AntTidsenh]+0.012,
tidNum[AntTidsenh]+0.012, tidNum[AntTidsenh:1], tidNum[1]-0.01)
minmaks <- c(KonfRest[1,c(1,1:AntTidsenh, AntTidsenh)], KonfRest[2,c(AntTidsenh,AntTidsenh:1,1)])
ind <- which(is.na(minmaks))
dummy <- c(0.9*MidtRest[c(1,1:AntTidsenh, AntTidsenh)], 1.1*MidtRest[c(AntTidsenh,AntTidsenh:1,1)])
minmaks[ind] <- dummy[ind]
if (sum(is.na(minmaks))==0) {
polygon(x = tidspkt, y = minmaks, col=fargeRestRes, border=NA)
legend('top', bty='n', fill=fargeRestRes, border=fargeRestRes, cex=cexgr,
paste0('95% konfidensintervall for ', NSUtvalg$smltxt, ', N=', sum(Nrest, na.rm=T)))
}
}
h <- strheight(1, cex=cexgr)*0.7 #, units='figure',
b <- 1.1*strwidth(max(N, na.rm=T), cex=cexgr)/2 #length(tidNum)/30
rect(tidNum-b, Midt-h, tidNum+b, Midt+h, border = fargeHovedRes, lwd=1) #border=farger[4], col=farger[4]
text(tidNum, Midt, N, col=fargeHovedRes, cex=cexgr)
#Konfidensintervall:
ind <- which(Konf[1, ] > Midt-h) #Konfidensintervall som er tilnærmet 0
options('warn'=-1)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt-h, x1=tidNum, length=0.08, code=2, angle=90,
y1=replace(Konf[1, ], ind, Midt[ind]-h), col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
arrows(x0=tidNum, y0=Midt+h, x1=tidNum, y1=replace(Konf[2, ], ind, Midt[ind]+h),
length=0.08, code=2, angle=90, col=fargeHovedRes, lwd=1.5)
title(main=c(tittel, NSUtvalg$hovedgrTxt), font.main=1, line=1)
#Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
if (length(utvalgTxt)>0) {
mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))}
if ( outfile != '') {dev.off()}
} #end if statement for 0 observations
} #lag figur
return(invisible(FigDataParam))
} #end function
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.