dT2_plotHeatmap: dT2 plot Heatmap

In avhgenomics/bioKIT: bioKIT: Common functions for routine molecular biology applications.

Description

Wrapper for deepTools2 plotHeatmap command.

Usage

dT2_plotHeatmap(gz_file, output_file, colorMap = "viridis", dpi = 600,
  run_as_sys = F, outFileSortedRegions = NULL, outFileNameMatrix = NULL)

Arguments

gz_file	gz file from dT2_computeMatrix
output_file	output file (.png, jpg, etc)
colorMap	The available options are: <e2><80><98>Spectral<e2><80><99>, <e2><80><98>summer<e2><80><99>, <e2><80><98>coolwarm<e2><80><99>, <e2><80><98>Set1<e2><80><99>, <e2><80><98>Set2<e2><80><99>, <e2><80><98>Set3<e2><80><99>, <e2><80><98>Dark2<e2><80><99>, <e2><80><98>hot<e2><80><99>, <e2><80><98>RdPu<e2><80><99>, <e2><80><98>YlGnBu<e2><80><99>, <e2><80><98>RdYlBu<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_stern<e2><80><99>, <e2><80><98>cool<e2><80><99>, <e2><80><98>gray<e2><80><99>, <e2><80><98>GnBu<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_ncar<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_rainbow<e2><80><99>, <e2><80><98>Wistia<e2><80><99>, <e2><80><98>CMRmap<e2><80><99>, <e2><80><98>bone<e2><80><99>, <e2><80><98>RdYlGn<e2><80><99>, <e2><80><98>spring<e2><80><99>, <e2><80><98>terrain<e2><80><99>, <e2><80><98>PuBu<e2><80><99>, <e2><80><98>spectral<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_yarg<e2><80><99>, <e2><80><98>BuGn<e2><80><99>, <e2><80><98>bwr<e2><80><99>, <e2><80><98>cubehelix<e2><80><99>, <e2><80><98>YlOrRd<e2><80><99>, <e2><80><98>Greens<e2><80><99>, <e2><80><98>PRGn<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_heat<e2><80><99>, <e2><80><98>Paired<e2><80><99>, <e2><80><98>hsv<e2><80><99>, <e2><80><98>Pastel2<e2><80><99>, <e2><80><98>Pastel1<e2><80><99>, <e2><80><98>BuPu<e2><80><99>, <e2><80><98>copper<e2><80><99>, <e2><80><98>OrRd<e2><80><99>, <e2><80><98>brg<e2><80><99>, <e2><80><98>gnuplot2<e2><80><99>, <e2><80><98>jet<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_earth<e2><80><99>, <e2><80><98>Oranges<e2><80><99>, <e2><80><98>PiYG<e2><80><99>, <e2><80><98>YlGn<e2><80><99>, <e2><80><98>Accent<e2><80><99>, <e2><80><98>gist_gray<e2><80><99>, <e2><80><98>flag<e2><80><99>, <e2><80><98>BrBG<e2><80><99>, <e2><80><98>Reds<e2><80><99>, <e2><80><98>RdGy<e2><80><99>, <e2><80><98>PuRd<e2><80><99>, <e2><80><98>Blues<e2><80><99>, <e2><80><98>Greys<e2><80><99>, <e2><80><98>autumn<e2><80><99>, <e2><80><98>pink<e2><80><99>, <e2><80><98>binary<e2><80><99>, <e2><80><98>winter<e2><80><99>, <e2><80><98>gnuplot<e2><80><99>, <e2><80><98>RdBu<e2><80><99>, <e2><80><98>prism<e2><80><99>, <e2><80><98>YlOrBr<e2><80><99>, <e2><80><98>rainbow<e2><80><99>, <e2><80><98>seismic<e2><80><99>, <e2><80><98>Purples<e2><80><99>, <e2><80><98>ocean<e2><80><99>, <e2><80><98>PuOr<e2><80><99>, <e2><80><98>PuBuGn<e2><80><99>, <e2><80><98>nipy_spectral<e2><80><99>, <e2><80><98>afmhot<e2><80><99>
dpi	Image Resolution
run_as_sys	Return the command as a string or run as system
outFileSortedRegions	path to output bedfile for sorted regions
outFileNameMatrix	path to output tab file for underlying data.

Value

RETURN_DESCRIPTION

Examples

# ADD_EXAMPLES_HERE

avhgenomics/bioKIT documentation built on May 5, 2019, 12:29 a.m.