Files in gersteinlab/siglasso
Optimizing Cancer Mutation Signatures Jointly with Sampling Likelihood
.DS_Store
.gitignore
DESCRIPTION
NAMESPACE
R/lasso_param.est.R
R/preprocess.R
R/siglasso.R
R/siglasso_internal.R
R/visualization.R
README.md
_config.yml
data/aml_7_wgs.rda
data/background_context.rda
data/cosmic30sig.rda
data/cosmic_priors.rda
data/cosmic_v3_exo.rda
data/cosmic_v3_wholegenome.rda
images/.DS_Store
images/icon.jpg
images/plots.jpg
images/siglasso_schematics.png
images/spec.jpg
inst/scripts/get_context.sh
man/context2spec.Rd
man/estimate_lasso_parameters.Rd
man/maf2spec.Rd
man/plot_sigs.Rd
man/plot_sigs_grouped.Rd
man/plot_spectrum.Rd
man/reverse_context.Rd
man/siglasso.Rd
man/siglasso_internal.Rd
man/vcf2spec.Rd
sigLASSO/DESCRIPTION
sigLASSO/NAMESPACE
sigLASSO/R/estimate_lasso_parameters.R
sigLASSO/R/getmin.R
sigLASSO/R/load_sig.R
sigLASSO/R/loglikelihood_cal.R
sigLASSO/R/mutDraw.R
sigLASSO/R/randomMutGen.R
sigLASSO/R/sigLASSO-internal.R
sigLASSO/R/siglasso.R
sigLASSO/R/siglasso_internal.R
sigLASSO/R/statGen.R
sigLASSO/R/statGen2.R
sigLASSO/R/support_stat.R
sigLASSO/Read-and-delete-me
sigLASSO/data/METHOD.rda
sigLASSO/data/accuracy.rda
sigLASSO/data/all_stat.rda
sigLASSO/data/alldata.rda
sigLASSO/data/avg_acc.rda
sigLASSO/data/avg_auroc.rda
sigLASSO/data/avg_loss.rda
sigLASSO/data/binary_err.rda
sigLASSO/data/clinicdata.rda
sigLASSO/data/data.rda
sigLASSO/data/data2.rda
sigLASSO/data/decon.rda
sigLASSO/data/fscore.rda
sigLASSO/data/gain.rda
sigLASSO/data/generate.rda
sigLASSO/data/highconc.rda
sigLASSO/data/i.rda
sigLASSO/data/idx.rda
sigLASSO/data/j.rda
sigLASSO/data/k.rda
sigLASSO/data/labels.rda
sigLASSO/data/letter.rda
sigLASSO/data/loc.rda
sigLASSO/data/log_obs_pvalues.rda
sigLASSO/data/log_uni_pvalues.rda
sigLASSO/data/mad.rda
sigLASSO/data/max_acc.rda
sigLASSO/data/max_auroc.rda
sigLASSO/data/max_loss.rda
sigLASSO/data/mean.rda
sigLASSO/data/mut_number.rda
sigLASSO/data/my_loss.rda
sigLASSO/data/mydata.rda
sigLASSO/data/n.rda
sigLASSO/data/nahr.rda
sigLASSO/data/name.rda
sigLASSO/data/neat1_mut.rda
sigLASSO/data/neat1_wild.rda
sigLASSO/data/nh.rda
sigLASSO/data/noise.rda
sigLASSO/data/observed.rda
sigLASSO/data/our_acc.rda
sigLASSO/data/our_auroc.rda
sigLASSO/data/p.rda
sigLASSO/data/p_adj.rda
sigLASSO/data/plotdata.rda
sigLASSO/data/poz.rda
sigLASSO/data/poz_stat.rda
sigLASSO/data/poz_stat_hq.rda
sigLASSO/data/precision.rda
sigLASSO/data/predicted.rda
sigLASSO/data/predicted_low.rda
sigLASSO/data/processed_data.rda
sigLASSO/data/r.rda
sigLASSO/data/r2.rda
sigLASSO/data/r3.rda
sigLASSO/data/r4.rda
sigLASSO/data/r5.rda
sigLASSO/data/r6.rda
sigLASSO/data/r7.rda
sigLASSO/data/r8.rda
sigLASSO/data/r9.rda
sigLASSO/data/recall.rda
sigLASSO/data/rpp_200_10.rda
sigLASSO/data/rpp_200_5.rda
sigLASSO/data/rpp_3000_10.rda
sigLASSO/data/rpp_3000_5.rda
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sigLASSO/data/sd.rda
sigLASSO/data/sig.rda
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sigLASSO/data/sigma.rda
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sigLASSO/data/sigs.rda
sigLASSO/data/spectrum.rda
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sigLASSO/data/stable_d.rda
sigLASSO/data/stat.rda
sigLASSO/data/stat2.rda
sigLASSO/data/stat3.rda
sigLASSO/data/stat4.rda
sigLASSO/data/summary.rda
sigLASSO/data/summary_sig.rda
sigLASSO/data/surv.fit.rda
sigLASSO/data/tcga_barcode.rda
sigLASSO/data/tei.rda
sigLASSO/data/tem.rda
sigLASSO/data/temp.rda
sigLASSO/data/theta.rda
sigLASSO/data/total_col.rda
sigLASSO/data/total_stat.rda
sigLASSO/data/type.rda
sigLASSO/data/uni_pvalues.rda
sigLASSO/data/v.rda
sigLASSO/man/METHOD.Rd
sigLASSO/man/accuracy.Rd
sigLASSO/man/all_stat.Rd
sigLASSO/man/alldata.Rd
sigLASSO/man/avg_acc.Rd
sigLASSO/man/avg_auroc.Rd
sigLASSO/man/avg_loss.Rd
sigLASSO/man/binary_err.Rd
sigLASSO/man/clinicdata.Rd
sigLASSO/man/data.Rd
sigLASSO/man/data2.Rd
sigLASSO/man/decon.Rd
sigLASSO/man/estimate_lasso_parameters.Rd
sigLASSO/man/fscore.Rd
sigLASSO/man/gain.Rd
sigLASSO/man/generate.Rd
sigLASSO/man/getmin.Rd
sigLASSO/man/highconc.Rd
sigLASSO/man/i.Rd
sigLASSO/man/idx.Rd
sigLASSO/man/j.Rd
sigLASSO/man/k.Rd
sigLASSO/man/labels.Rd
sigLASSO/man/letter.Rd
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sigLASSO/man/nh.Rd
sigLASSO/man/noise.Rd
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sigLASSO/man/our_acc.Rd
sigLASSO/man/our_auroc.Rd
sigLASSO/man/p.Rd
sigLASSO/man/p_adj.Rd
sigLASSO/man/plotdata.Rd
sigLASSO/man/poz.Rd
sigLASSO/man/poz_stat.Rd
sigLASSO/man/poz_stat_hq.Rd
sigLASSO/man/precision.Rd
sigLASSO/man/predicted.Rd
sigLASSO/man/predicted_low.Rd
sigLASSO/man/processed_data.Rd
sigLASSO/man/r.Rd
sigLASSO/man/r2.Rd
sigLASSO/man/r3.Rd
sigLASSO/man/r4.Rd
sigLASSO/man/r5.Rd
sigLASSO/man/r6.Rd
sigLASSO/man/r7.Rd
sigLASSO/man/r8.Rd
sigLASSO/man/r9.Rd
sigLASSO/man/randomMutGen.Rd
sigLASSO/man/recall.Rd
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sigLASSO/man/rpp_3000_10.Rd
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sigLASSO/man/sig.Rd
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sigLASSO/man/siglasso_internal.Rd
sigLASSO/man/sigma.Rd
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sigLASSO/man/stable.Rd
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sigLASSO/man/stat3.Rd
sigLASSO/man/stat4.Rd
sigLASSO/man/statGen.Rd
sigLASSO/man/statGen2.Rd
sigLASSO/man/summary.Rd
sigLASSO/man/summary_sig.Rd
sigLASSO/man/support_stat.Rd
sigLASSO/man/surv.fit.Rd
sigLASSO/man/tcga_barcode.Rd
sigLASSO/man/tei.Rd
sigLASSO/man/tem.Rd
sigLASSO/man/temp.Rd
sigLASSO/man/theta.Rd
sigLASSO/man/total_col.Rd
sigLASSO/man/total_stat.Rd
sigLASSO/man/type.Rd
sigLASSO/man/uni_pvalues.Rd
sigLASSO/man/v.Rd
