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以某些基因为参照,对目的矩阵选择可以注释成功的基因。例如,拟通过valid集对train集限定基因进行差异性分析,而valid和train分别属于两个不同的annotation系统,此时co.matrix2()函数将十分快速、有效地找到valid与train的交集基因,并输出统一注释的基因矩阵。co.matrix2()将ENSEMBL作为唯一性标识进行基因的识别。推荐co.matrix2()而不是co.matrix()进行芯片数据的预处理。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 | co.matrix2(list.exprs.matrix,
list.annotation,
list.annotation.type,
list.co_colname,
control.co_colname,
control.genes,
control.genes.type,
control.annotation,
output.annotation.type)
|
list.exprs.matrix |
list(x1=gene.mt,x2=gene.mt) |
list.annotation |
list(x1=annotation,x2=annotation) |
list.annotation.type |
list("probeid","probeid").芯片矩阵的原标注类型。 |
list.co_colname |
list(x1 = c("Symbol","ENTREZID"),x2=c("Symbol","ENTREZID")) |
control.co_colname |
c("SYMBOL","ENTREZID").参考annotation对应的列 |
control.genes |
rownames(dds.valid).参考基因名称向量,保证输出的矩阵包含的基因在此限定内。 |
control.genes.type |
"ENSEMBL".参考基因对应的类型。 |
control.annotation |
db.anotation.总注释库。有最全的注释信息 |
output.annotation.type |
"ENSEMBL".通常为最唯一的注释类型。一般为ENSEMBL。 |
geneidfactor <- 0 |
保证并行不出错的假向量 |
Weibin Huang
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