BI_co.matrix2: co.matrix2

In shijianasdf/BasicBioinformaticsAnalysisFromZhongShan: Launch Usual Clinical tool for Kind Yield

Description

以某些基因为参照，对目的矩阵选择可以注释成功的基因。例如，拟通过valid集对train集限定基因进行差异性分析，而valid和train分别属于两个不同的annotation系统，此时co.matrix2()函数将十分快速、有效地找到valid与train的交集基因，并输出统一注释的基因矩阵。co.matrix2()将ENSEMBL作为唯一性标识进行基因的识别。推荐co.matrix2()而不是co.matrix()进行芯片数据的预处理。

Usage

  co.matrix2(list.exprs.matrix,
             list.annotation,
             list.annotation.type,
             list.co_colname,
             control.co_colname,
             control.genes,
             control.genes.type,
             control.annotation,
             output.annotation.type)

Arguments

list.exprs.matrix	list(x1=gene.mt,x2=gene.mt)
list.annotation	list(x1=annotation,x2=annotation)
list.annotation.type	list("probeid","probeid").芯片矩阵的原标注类型。
list.co_colname	list(x1 = c("Symbol","ENTREZID"),x2=c("Symbol","ENTREZID"))
control.co_colname	c("SYMBOL","ENTREZID").参考annotation对应的列
control.genes	rownames(dds.valid).参考基因名称向量，保证输出的矩阵包含的基因在此限定内。
control.genes.type	"ENSEMBL".参考基因对应的类型。
control.annotation	db.anotation.总注释库。有最全的注释信息
output.annotation.type	"ENSEMBL".通常为最唯一的注释类型。一般为ENSEMBL。
geneidfactor <- 0	保证并行不出错的假向量

Author(s)

Weibin Huang

shijianasdf/BasicBioinformaticsAnalysisFromZhongShan documentation built on Jan. 3, 2020, 10:08 p.m.