inst/doc/FSim.R

In FSim: A package to search functionally similar genes

### R code from vignette source 'FSim.Rnw'

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### code chunk number 1: load
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library(FSim)


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### code chunk number 2: calSim1
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calSim(g1="9", g2="10", ontology="BP", an.go=an.Hs.egGO)
calSim(g1="9", g2="10", ontology="ALL", an.go=an.Hs.egGO)


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### code chunk number 3: calSim2
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terms <- names(get("10", org.Hs.egGO))
calSim(g1="9", tids=terms, an.go=an.Hs.egGO)


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### code chunk number 4: SearchGene
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SearchGene(symbol="NAT2", an.go=an.Hs.egGO, targets="ALL", n=10)


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### code chunk number 5: SearchGeneSet
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SearchGene(gene="9", targets=c("10", "100", "124"), 
           an.go=an.Hs.egGO)


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### code chunk number 6: SearchTerm
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t1 <- names(get("9", org.Hs.egGO))
t1
SearchGene(terms=t1, an.go=an.Hs.egGO, n=5)


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### code chunk number 7: SearchKeywords
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t2 <- SearchTerm(fun=c("chromatin remodeling", "histone binding"))
t2


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### code chunk number 8: SearchKeywords
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SearchGene(terms=t2$GOID[c(1,3,6)], an.go=an.Hs.egGO, n=5)


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### code chunk number 9: SearchGeneSet
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library(KEGG.db)
geneset <- get("hsa00232", KEGGPATHID2EXTID)
geneset


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### code chunk number 10: SearchGeneSet
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paths <- as.list(KEGGPATHID2EXTID)
paths <- paths[grep("^hsa", names(paths))]
allgenes <- unique(unlist(paths))
BPterms <- ovreGO(genes=geneset, allgenes=allgenes, 
                  ontology="BP", nterm=10)
BPterms


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### code chunk number 11: SearchGeneSet
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SearchGene(terms=BPterms$GO.ID, targets="ALL", 
           an.go=an.Hs.egGO, n=5)


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### code chunk number 12: evaluation
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MFterms <- ovreGO(genes=geneset, allgenes=allgenes, 
                  ontology="MF", nterm=10)
CCterms <- ovreGO(genes=geneset, allgenes=allgenes, 
                  ontology="CC", nterm=10)
allterms <- c(BPterms$GO.ID, MFterms$GO.ID, CCterms$GO.ID)


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### code chunk number 13: evaluation
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score1 <- SearchGene(terms=allterms, targets=geneset, 
                     an.go=an.Hs.egGO, ontology="ALL", 
                     term2ancestor=FALSE)
score1


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### code chunk number 14: evaluation
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set.seed(1)
ctlgene <- sample(setdiff(allgenes, geneset), 50)
score2 <- SearchGene(terms=allterms, targets=ctlgene, 
                     an.go=an.Hs.egGO, ontology="ALL", 
                     term2ancestor=FALSE)
head(score2)
pv <- suppressWarnings(ks.test(score1$z.value, score2$z.value))
pv


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### code chunk number 15: evaluation1
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boxplot(score1$z.value, score2$z.value, 
        names=c("score1", "score2"), 
        main=paste("KS test: ", format(pv$p.value, digits=4)))


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### code chunk number 16: heatmap
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res1 <- SearchGene(symbol="NAT2", an.go=an.Hs.egGO, 
                   targets="ALL", n=10, plot=TRUE)


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### code chunk number 17: wordcloud
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res2 <- ovreGO(genes=geneset, allgenes=allgenes, 
               ontology="BP", plot=TRUE, scale=c(1,0.5))


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### code chunk number 18: session
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sessionInfo()