hlaConvSequence: Conversion From HLA Alleles to Amino Acid Sequences
In HIBAG: HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging
Description
Usage
Arguments
Details
Value
Author(s)
References
See Also
Examples
Description
Convert (P-coded or G-coded) HLA alleles to amino acid sequences.
Usage
1
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3
4
5
Arguments
hla
characters, or an object of hlaAlleleClass,
at least 4-digit or 2-field (P-coded) HLA alleles
locus
"A", "B", "C", "DRB1", "DQA1", "DQB1", "DPB1" or "DPA1"
method
"protein": returns protein sequence alignments,
"protein_reference": returns the protein sequence alignment reference
code
"exact": requires full resolution; "P.code": allows ambiguous
alleles according to P code; "G.code": allows ambiguous alleles
according to G code; "P.code.merge" and "G.code.merge" merge multiple
ambiguous allele sequences by masking unknown or ambiguous amino acid
an asterisk
region
"all": returns all amino acid or nucleotide sequences;
"P.code", "G.code": returns the exon 2 and 3 for HLA class I, and
the exon 2 for HLA class II alleles; "auto": region="all" if
code=="exact", region="P.code" if code=="P.code"|"P.code.merge",
region="G.code" if code=="G.code"|"G.code.merge"
release
"v3.22.0" – IPD-IMGT/HLA 3.22.0 database (2015-10-07)
replace
NULL, or a character vector, e.g., c("09:02"="107:01"),
any "09:02" will be replaced by "107:01". Due to the change of HLA
nomenclature from 2010, HLA-DPB1*09:02 is replaced by DPB1*107:01
Details
The P or G codes for reporting of ambiguous allele typings can be found:
http://hla.alleles.org/alleles/p_groups.html or
http://hla.alleles.org/alleles/g_groups.html. The protein sequences for
each HLA alleles could be found:
http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html.
Due to allelic ambiguity, multiple alleles are assigned to a 2-field
P-coded allele or 3-field G-coded allele. For HLA Class I alleles, identity
in the 'antigen binding domains' is based on identical protein sequences as
encoded by exons 2 and 3. For HLA Class II alleles this is based on identical
protein sequences as encoded by exon 2. P codes and G codes encode the same
protein sequence for the peptide binding domains (exon 2 and 3 for HLA class
I and exon 2 only for HLA class II alleles).
1. the sequence is displayed as a hyphen "-" where it is identical to the
reference.
2. an insertion or deletion is represented by a period ".".
3. an unknown or ambiguous position in the alignment is represented by
an asterisk "*".
4. a capital X is used for the 'stop' codons in protein alignments.
http://hla.alleles.org/alleles/formats.html
HLA class I and II sequence alignments (Text Index):
http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
WARNING: if you are not familiar with HLA nomenclature, you might consult
with the package author or anyone who is familiar with HLA sequence alignments.
Value
Return an object of hlaAASeqClass or a list of characters.
NULL or NA in the list indicates no matching.
Author(s)
Xiuwen Zheng
References
The licence and disclaimer of distributed HLA data: Creative Commons
Attribution-NoDerivs Licence (http://hla.alleles.org/terms.html).
Robinson J, Halliwell JA, Hayhurst JH, Flicek P, Parham P, Marsh SGE:
The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases.
Nucleic Acids Research. 2015 43:D423-431
Robinson J, Malik A, Parham P, Bodmer JG, Marsh SGE:
IMGT/HLA - a sequence database for the human major histocompatibility complex.
Tissue Antigens. 2000 55:280-7
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Examples
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hlaConvSequence(locus="A", method="protein_reference")
# exact match
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A")
# allow ambiguity
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A", code="P.code")
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A", code="P.code.merge")
hlaConvSequence(locus="DPB1", method="protein_reference")
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", code="P.code",
replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", code="P.code.merge",
replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(locus="DQB1", method="protein_reference")
hlaConvSequence(c("05:01:01:01", "06:01:01"), locus="DQB1")
hlaConvSequence(c("05:01", "06:01"), locus="DQB1", code="P.code")
hlaConvSequence(c("05:01", "06:01"), locus="DQB1", code="P.code.merge")
hla.id <- "A"
hla <- hlaAllele(HLA_Type_Table$sample.id,
H1 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".1", sep="")],
H2 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".2", sep="")],
locus=hla.id, assembly="hg19")
(v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge"))
summary(v)
v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge", region="all")
summary(v)
hla.id <- "DQB1"
hla <- hlaAllele(HLA_Type_Table$sample.id,
H1 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".1", sep="")],
H2 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".2", sep="")],
locus=hla.id, assembly="hg19")
(v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge"))
summary(v)
v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge", region="all")
summary(v)
Example output
HIBAG (HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging)
Kernel Version: v1.3
Supported by Streaming SIMD Extensions (SSE2) [64-bit]
$reference
[1] "MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACKV"
$start.position
[1] 25
$feature
id start end
1 Exon 1 1 25
2 Exon 2 25 115
3 Exon 3 115 207
4 Exon 4 207 299
5 Exon 5 299 338
6 Exon 6 338 349
7 Exon 7 349 365
8 Exon 8 365 366
sequence
1 MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAG
2 GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDG
3 GSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTD
4 DPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE
5 ELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSD
6 DRKGGSYTQAAS
7 SSDSAQGSDVSLTACKV
8 V
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01, 02:02, 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] NA
[2] NA
[3] NA
[4] "-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[5] NA
Allelic ambiguity: 01:01, 02:02
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
$`01:01`
01:01:01:01
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:02
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:03
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:04
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:05
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:06
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:07
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:08
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:09
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:10
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:11
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:12
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:13
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:14
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:15
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:16
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:17
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:18
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:19
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:20
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:21
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:22
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:23
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:24
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:25
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:26
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:27
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:28
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:29
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:30
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:31
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:32
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:33
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:34
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:35
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:36
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:37
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:38L
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:39
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:40
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:41
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:42
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:43
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:44
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:45
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:46
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:47
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:48
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:49
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:50
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:51
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:52
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:53
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:54
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:55
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:56
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:57
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:58
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:59
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:60
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:61
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:62
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:63
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:64
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:65
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:66
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:67
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:68
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:69
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:70
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:71
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:72
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:73
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:32
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:37
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:45
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:81
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:103
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:107
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:109
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:132
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:141
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:142
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:155
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:177
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
$`02:02`
02:02:01:01
"------------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW----------------"
02:02:01:02
"------------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW----------------"
02:02:02
"*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
02:02:03
"*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
$`01:01:01G`
NULL
$`01:01:01:01`
[1] "---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
$`07`
NULL
Allelic ambiguity: 01:01, 02:02
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] "*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
[2] "*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
[3] NA
[4] "---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[5] NA
$reference
[1] "MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYVYQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEYARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRVCRHNYELDEAVTLQRRVQPKVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYICQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSAQSKTLTGAGGFVLGLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA"
$start.position
[1] 30
$feature
id start end
1 Exon 1 1 34
2 Exon 2 34 122
3 Exon 3 122 216
4 Exon 4 216 253
5 Exon 5 253 259
sequence
1 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPE
2 ENYVYQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEYARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRVCRHNYELDEAVTLQRRV
3 VQPKVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYICQVEHTSLDSPVTVEWK
4 KAQSDSAQSKTLTGAGGFVLGLIICGVGIFMHRRSKKV
5 VQRGSA
Warning in hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus = "DPB1", replace = c(`09:02` = "107:01")) :
No matching: 09:01
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] NA
[2] "---------------M-----------------------L---------------------------------------------------------E------I---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R-----------------------------------"
Allelic ambiguity: 09:01
$`09:01`
09:01:01
"----H-L-----------------------FV------------------DED-----------E------------------------"
09:01:02
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
09:01:03
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
09:01:04
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
$`107:01`
[1] "------L---------------------------------------------------------E------I-----------------"
Allelic ambiguity: 09:01
[1] "*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
[2] "------L---------------------------------------------------------E------I-----------------"
$reference
[1] "MSWKKSLRIPGDLRVATVTLMLAILSSSLAEGRDSPEDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLICSVTDFYPSQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLIFLGLGLIIRQRSRKG........LLH"
$start.position
[1] 33
$feature
id start end
1 Exon 1 1 37
2 Exon 2 37 127
3 Exon 3 127 221
4 Exon 4 221 258
5 Exon 5 258 266
6 Exon 6 266 270
sequence
1 MSWKKSLRIPGDLRVATVTLMLAILSSSLAEGRDSPE
2 EDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRV
3 VEPTVTISPSRTEALNHHNLLICSVTDFYPSQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWR
4 RAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLIFLGLGLIIRQRSRKG
5 G........
6 .LLH
[1] "-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[2] "-----A-----G--AP-------M--TPV-----P-----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F----------------------------V--------G-----------------------------------------H-----------------------------N-----I--------------------Q--PQGPPPAG---"
Allelic ambiguity: 05:01, 06:01
$`05:01`
05:01:01:01
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:01:02
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:01:03
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:02
"*----------------------------------------------------------------------------------------**"
05:01:03
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:04
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:05
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:06
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:07
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:08
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:09
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:10
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:11
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:12
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:13
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:14
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:15
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:16
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:17
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:18
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:19
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:20
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:21
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:22
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:18
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:27
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:31
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:32
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:45
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:84
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:103
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:104
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:107
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
$`06:01`
06:01:01
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:02
"********AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---***************"
06:01:03
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:04
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:05
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:06
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:07
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:08
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:09
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
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[1] "hlaAASeqClass"
Pos Num * - A D E F G H I K L M N Q R S T V W Y
1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9 120 . 81 . . . . . . . . . . . . . 15 7 . . 17
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63 120 . 105 . . . . . . . . . . 11 4 . . . . . .
65 120 . 105 . . . . 15 . . . . . . . . . . . . .
66 120 . 61 . . . . . . . 59 . . . . . . . . . .
67 120 . 25 . . . . . . . . . . . . . . . 95 . .
70 120 . 99 . . . . . . . . . . . 21 . . . . . .
73 120 . 117 . . . . . . 3 . . . . . . . . . . .
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77 120 . 47 . 64 . . . . . . . . . . . 9 . . . .
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97 120 . 39 . . . . . . . . . 29 . . 52 . . . . .
99 120 . 105 . . . 15 . . . . . . . . . . . . . .
105 120 . 42 . . . . . . . . . . . . . 78 . . . .
107 120 . 76 . . . . . . . . . . . . . . . . 44 .
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144 120 . 98 . . . . . . . . . . . 22 . . . . . .
145 120 . 73 . . . . . 47 . . . . . . . . . . . .
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166 120 . 39 . . 81 . . . . . . . . . . . . . . .
167 120 . 39 . . . . . . . . . . . . . . . . 81 .
183 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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Pos Num * - A D E F G H I K L M N Q R S T V W Y
-23 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-22 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-21 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-20 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-19 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-18 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-17 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-16 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-15 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-14 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-13 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-12 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-11 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-10 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-9 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-8 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-7 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-6 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-5 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-4 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-3 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-2 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9 120 . 81 . . . . . . . . . . . . . 15 7 . . 17
44 120 . 25 . . . . . . . . . . . . 95 . . . . .
56 120 . 117 . . . . . . . . . . . . 3 . . . . .
62 120 . 46 . . 15 . 44 . . . 4 . . . 11 . . . . .
63 120 . 105 . . . . . . . . . . 11 4 . . . . . .
65 120 . 105 . . . . 15 . . . . . . . . . . . . .
66 120 . 61 . . . . . . . 59 . . . . . . . . . .
67 120 . 25 . . . . . . . . . . . . . . . 95 . .
70 120 . 99 . . . . . . . . . . . 21 . . . . . .
73 120 . 117 . . . . . . 3 . . . . . . . . . . .
74 120 . 76 . . . . . 44 . . . . . . . . . . . .
76 120 . 32 . . 24 . . . . . . . . . . . . 64 . .
77 120 . 47 . 64 . . . . . . . . . . . 9 . . . .
79 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
80 120 . 96 . . . . . . 24 . . . . . . . . . . .
81 120 . 96 24 . . . . . . . . . . . . . . . . .
82 120 . 96 . . . . . . . . 24 . . . . . . . . .
83 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
90 120 . 38 82 . . . . . . . . . . . . . . . . .
95 120 . 61 . . . . . . . . 15 . . . . . . 44 . .
97 120 . 39 . . . . . . . . . 29 . . 52 . . . . .
99 120 . 105 . . . 15 . . . . . . . . . . . . . .
105 120 . 42 . . . . . . . . . . . . . 78 . . . .
107 120 . 76 . . . . . . . . . . . . . . . . 44 .
109 120 . 116 . . . . . . . . 4 . . . . . . . . .
114 120 . 46 . . . . . 59 . . . . . 15 . . . . . .
116 120 . 61 . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
127 120 . 58 . . . . . . . 62 . . . . . . . . . .
142 120 . 73 . . . . . . . . . . . . . . 47 . . .
144 120 . 98 . . . . . . . . . . . 22 . . . . . .
145 120 . 73 . . . . . 47 . . . . . . . . . . . .
149 120 . 112 . . . . . . . . . . . . . . 8 . . .
150 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
151 120 . 106 . . . . . . . . . . . . 14 . . . . .
152 120 . 30 . . 17 . . . . . . . . . . . . 73 . .
156 120 . 25 . . . . . . . . 67 . . 17 . . . . 11 .
158 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
161 120 . 111 . 9 . . . . . . . . . . . . . . . .
163 120 . 38 . . . . . . . . . . . . . . 82 . . .
166 120 . 39 . . 81 . . . . . . . . . . . . . . .
167 120 . 39 . . . . . . . . . . . . . . . . 81 .
183 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
184 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
185 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
186 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
187 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
188 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
189 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
190 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
191 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
192 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
193 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
194 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
195 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
196 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
197 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
198 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
199 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
200 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
201 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
202 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
203 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
204 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
205 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
206 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
207 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
208 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
209 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
210 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
211 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
212 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
213 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
214 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
215 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
216 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
217 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
218 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
219 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
220 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
221 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
222 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
223 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
224 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
225 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
226 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
227 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
228 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
229 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
230 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
231 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
232 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
233 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
234 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
235 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
236 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
237 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
238 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
239 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
240 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
241 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
242 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
243 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
244 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
245 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
246 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
247 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
248 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
249 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
250 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
251 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
252 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
253 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
254 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
255 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
256 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
257 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
258 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
259 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
260 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
261 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
262 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
263 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
264 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
265 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
266 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
267 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
268 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
269 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
270 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
271 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
272 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
273 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
274 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
275 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
276 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
277 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
278 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
279 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
280 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
281 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
282 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
283 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
284 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
285 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
286 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
287 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
288 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
289 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
290 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
291 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
292 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
293 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
294 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
295 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
296 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
297 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
298 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
299 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
300 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
302 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
303 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
304 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
305 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
306 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
307 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
308 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
309 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
310 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
311 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
312 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
313 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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317 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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319 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
320 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
321 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
322 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
323 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
324 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
325 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
326 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
327 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
328 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
329 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
330 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
331 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
332 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
333 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
334 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
335 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
336 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
337 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
338 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
339 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
340 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
341 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allelic ambiguity: 03:02, 06:02, 05:01, 02:01, 05:03, 03:03, 03:01, 04:02, 06:03, 06:04, 05:02
Warning in hlaConvSequence(c(hla$value$allele1, hla$value$allele2), locus = hla$locus, :
No matching: 02:02
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
$locus
[1] "DQB1"
$pos.start
NULL
$pos.end
NULL
$value
sample.id
1 NA11882
2 NA11881
3 NA11993
4 NA11992
5 NA11995
6 NA11994
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8 NA12248
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10 NA07034
11 NA06985
12 NA06993
13 NA12057
14 NA12056
15 NA12044
16 NA12043
17 NA11840
18 NA11839
19 NA12154
20 NA12156
21 NA12155
22 NA12004
23 NA12003
24 NA12006
25 NA12005
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27 NA12144
28 NA12239
29 NA12146
30 NA07000
31 NA06994
32 NA07056
33 NA07022
34 NA12234
35 NA12264
36 NA07345
37 NA07357
38 NA11830
39 NA11829
40 NA11832
41 NA11831
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43 NA12717
44 NA12716
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46 NA12750
47 NA12761
48 NA12760
49 NA12763
50 NA12762
51 NA12813
52 NA12812
53 NA12815
54 NA12814
55 NA12873
56 NA12872
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60 NA12891
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$assembly
[1] "hg19"
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[1] -3
$reference
[1] "EDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRV"
attr(,"class")
[1] "hlaAASeqClass"
Pos Num * - A D E F G I K L M N P Q R S T Y
5 120 112 . . . . . . . . . . 8 . . . . . .
6 120 20 92 8 . . . . . . . . . . . . . . .
7 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
8 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
9 112 3 76 . . . 33 . . . . . . . . . . . .
10 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
11 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
12 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
13 112 3 93 16 . . . . . . . . . . . . . . .
14 112 3 14 . . . . . . . . 95 . . . . . . .
15 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
16 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
17 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
18 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
19 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
20 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
26 112 . 20 . . . . . . . 76 . . . . . . . 16
28 112 . 100 . . . . . . . . . . . . . 12 . .
30 112 . 24 . . . . . . . . . . . . . 12 . 76
37 112 . 100 . . . . . 12 . . . . . . . . . .
38 112 . 29 83 . . . . . . . . . . . . . . .
45 112 . 96 . . 16 . . . . . . . . . . . . .
46 112 . 100 . . 12 . . . . . . . . . . . . .
47 112 . 100 . . . 12 . . . . . . . . . . . .
52 112 . 100 . . . . . . . 12 . . . . . . . .
53 112 . 54 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
55 112 . 57 . . . . . . . 12 . . 43 . . . . .
56 112 . 109 . . . . . . . 3 . . . . . . . .
57 112 . 14 33 64 . . . . . . . . . . . 1 . .
66 112 . 97 . 15 . . . . . . . . . . . . . .
67 112 . 97 . . . . . 15 . . . . . . . . . .
70 112 3 50 . . 3 . . . . . . . . . 56 . . .
71 112 3 14 . 3 . . . . 12 . . . . . . . 80 .
72 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
73 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
74 112 3 17 12 . 80 . . . . . . . . . . . . .
75 112 3 29 . . . . . . . 80 . . . . . . . .
76 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
77 112 3 26 . . . . . . . . . . . . . . 83 .
78 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
79 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
80 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
81 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
82 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
83 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
84 112 3 51 . . . . . . . . . . . 58 . . . .
85 112 3 51 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
86 112 3 50 . . 58 . 1 . . . . . . . . . . .
87 112 3 15 . . . 36 . . . 58 . . . . . . . .
88 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
89 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
90 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
91 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
92 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
93 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
94 112 17 95 . . . . . . . . . . . . . . . .
95 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allelic ambiguity: 03:02, 06:02, 05:01, 02:01, 05:03, 03:03, 03:01, 04:02, 06:03, 06:04, 05:02
Warning in hlaConvSequence(c(hla$value$allele1, hla$value$allele2), locus = hla$locus, :
No matching: 02:02
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
Pos Num * - A D E F G I K L M N P Q R S T Y
-31 120 112 . . . . . . . . . . 8 . . . . . .
-30 120 112 . 8 . . . . . . . . . . . . . . .
-29 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-28 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-27 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-26 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-25 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-24 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-23 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-22 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-21 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-20 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-19 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-18 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-17 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-16 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-15 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-14 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-13 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-12 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-11 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-10 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-9 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-8 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-7 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-6 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-5 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-4 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-3 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-2 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-1 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
. 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
1 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
4 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
6 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
7 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
8 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
9 112 3 76 . . . 33 . . . . . . . . . . . .
10 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
11 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
12 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
13 112 3 93 16 . . . . . . . . . . . . . . .
14 112 3 14 . . . . . . . . 95 . . . . . . .
15 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
16 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
17 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
18 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
19 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
20 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
26 112 . 20 . . . . . . . 76 . . . . . . . 16
28 112 . 100 . . . . . . . . . . . . . 12 . .
30 112 . 24 . . . . . . . . . . . . . 12 . 76
37 112 . 100 . . . . . 12 . . . . . . . . . .
38 112 . 29 83 . . . . . . . . . . . . . . .
45 112 . 96 . . 16 . . . . . . . . . . . . .
46 112 . 100 . . 12 . . . . . . . . . . . . .
47 112 . 100 . . . 12 . . . . . . . . . . . .
52 112 . 100 . . . . . . . 12 . . . . . . . .
53 112 . 54 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
55 112 . 57 . . . . . . . 12 . . 43 . . . . .
56 112 . 109 . . . . . . . 3 . . . . . . . .
57 112 . 14 33 64 . . . . . . . . . . . 1 . .
66 112 . 97 . 15 . . . . . . . . . . . . . .
67 112 . 97 . . . . . 15 . . . . . . . . . .
70 112 3 50 . . 3 . . . . . . . . . 56 . . .
71 112 3 14 . 3 . . . . 12 . . . . . . . 80 .
72 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
73 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
74 112 3 17 12 . 80 . . . . . . . . . . . . .
75 112 3 29 . . . . . . . 80 . . . . . . . .
76 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
77 112 3 26 . . . . . . . . . . . . . . 83 .
78 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
79 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
80 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
81 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
82 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
83 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
84 112 3 51 . . . . . . . . . . . 58 . . . .
85 112 3 51 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
86 112 3 50 . . 58 . 1 . . . . . . . . . . .
87 112 3 15 . . . 36 . . . 58 . . . . . . . .
88 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
89 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
90 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
91 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
92 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
93 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
94 112 17 95 . . . . . . . . . . . . . . . .
95 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
96 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
97 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
98 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
99 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
100 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
101 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
102 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
103 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
104 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
105 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
106 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
107 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
108 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
109 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
110 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
111 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
112 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
113 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
114 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
115 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
116 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
117 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
118 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
119 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
120 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
121 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
122 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
123 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
124 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
125 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
126 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
127 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
128 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
129 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
130 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
131 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
132 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
133 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
134 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
135 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
136 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
137 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
138 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
139 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
140 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
141 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
142 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
143 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
144 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
145 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
146 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
147 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
148 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
149 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
150 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
151 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
152 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
153 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
154 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
155 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
156 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
157 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
158 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
159 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
160 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
161 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
162 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
163 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
164 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
165 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
166 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
167 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
168 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
169 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
170 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
171 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
172 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
173 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
174 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
175 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
176 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
177 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
178 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
179 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
180 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
181 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
182 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
183 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
184 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
185 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
186 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
187 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
188 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
189 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
190 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
191 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
192 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
193 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
194 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
195 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
196 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
197 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
198 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
199 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
200 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
201 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
202 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
203 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
204 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
205 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
206 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
207 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
208 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
209 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
210 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
211 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
212 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
213 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
214 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
215 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
216 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
217 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
218 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
219 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
220 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
221 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
222 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
223 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
224 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
225 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
226 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
227 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
228 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
229 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
230 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
231 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
232 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
233 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
234 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
235 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
236 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
237 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
HIBAG documentation built on March 24, 2021, 6 p.m.
R Package Documentation
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Description Usage Arguments Details Value Author(s) References See Also Examples
Description
Convert (P-coded or G-coded) HLA alleles to amino acid sequences.
Usage
1 2 3 4 5 |
Arguments
hla |
characters, or an object of |
locus |
"A", "B", "C", "DRB1", "DQA1", "DQB1", "DPB1" or "DPA1" |
method |
"protein": returns protein sequence alignments, "protein_reference": returns the protein sequence alignment reference |
code |
"exact": requires full resolution; "P.code": allows ambiguous alleles according to P code; "G.code": allows ambiguous alleles according to G code; "P.code.merge" and "G.code.merge" merge multiple ambiguous allele sequences by masking unknown or ambiguous amino acid an asterisk |
region |
"all": returns all amino acid or nucleotide sequences; "P.code", "G.code": returns the exon 2 and 3 for HLA class I, and the exon 2 for HLA class II alleles; "auto": region="all" if code=="exact", region="P.code" if code=="P.code"|"P.code.merge", region="G.code" if code=="G.code"|"G.code.merge" |
release |
"v3.22.0" – IPD-IMGT/HLA 3.22.0 database (2015-10-07) |
replace |
NULL, or a character vector, e.g., |
Details
The P or G codes for reporting of ambiguous allele typings can be found: http://hla.alleles.org/alleles/p_groups.html or http://hla.alleles.org/alleles/g_groups.html. The protein sequences for each HLA alleles could be found: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html.
Due to allelic ambiguity, multiple alleles are assigned to a 2-field P-coded allele or 3-field G-coded allele. For HLA Class I alleles, identity in the 'antigen binding domains' is based on identical protein sequences as encoded by exons 2 and 3. For HLA Class II alleles this is based on identical protein sequences as encoded by exon 2. P codes and G codes encode the same protein sequence for the peptide binding domains (exon 2 and 3 for HLA class I and exon 2 only for HLA class II alleles).
1. the sequence is displayed as a hyphen "-" where it is identical to the reference.
2. an insertion or deletion is represented by a period ".".
3. an unknown or ambiguous position in the alignment is represented by an asterisk "*".
4. a capital X is used for the 'stop' codons in protein alignments.
http://hla.alleles.org/alleles/formats.html
HLA class I and II sequence alignments (Text Index): http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
WARNING: if you are not familiar with HLA nomenclature, you might consult with the package author or anyone who is familiar with HLA sequence alignments.
Value
Return an object of hlaAASeqClass or a list of characters.
NULL or NA in the list indicates no matching.
Author(s)
Xiuwen Zheng
References
The licence and disclaimer of distributed HLA data: Creative Commons Attribution-NoDerivs Licence (http://hla.alleles.org/terms.html).
Robinson J, Halliwell JA, Hayhurst JH, Flicek P, Parham P, Marsh SGE: The IPD and IMGT/HLA database: allele variant databases. Nucleic Acids Research. 2015 43:D423-431
Robinson J, Malik A, Parham P, Bodmer JG, Marsh SGE: IMGT/HLA - a sequence database for the human major histocompatibility complex. Tissue Antigens. 2000 55:280-7
See Also
Examples
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 | hlaConvSequence(locus="A", method="protein_reference")
# exact match
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A")
# allow ambiguity
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A", code="P.code")
hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", "07"),
locus="A", code="P.code.merge")
hlaConvSequence(locus="DPB1", method="protein_reference")
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", code="P.code",
replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus="DPB1", code="P.code.merge",
replace=c("09:02"="107:01"))
hlaConvSequence(locus="DQB1", method="protein_reference")
hlaConvSequence(c("05:01:01:01", "06:01:01"), locus="DQB1")
hlaConvSequence(c("05:01", "06:01"), locus="DQB1", code="P.code")
hlaConvSequence(c("05:01", "06:01"), locus="DQB1", code="P.code.merge")
hla.id <- "A"
hla <- hlaAllele(HLA_Type_Table$sample.id,
H1 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".1", sep="")],
H2 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".2", sep="")],
locus=hla.id, assembly="hg19")
(v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge"))
summary(v)
v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge", region="all")
summary(v)
hla.id <- "DQB1"
hla <- hlaAllele(HLA_Type_Table$sample.id,
H1 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".1", sep="")],
H2 = HLA_Type_Table[, paste(hla.id, ".2", sep="")],
locus=hla.id, assembly="hg19")
(v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge"))
summary(v)
v <- hlaConvSequence(hla, code="P.code.merge", region="all")
summary(v)
|
Example output
HIBAG (HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging)
Kernel Version: v1.3
Supported by Streaming SIMD Extensions (SSE2) [64-bit]
$reference
[1] "MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDGSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTDPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACKV"
$start.position
[1] 25
$feature
id start end
1 Exon 1 1 25
2 Exon 2 25 115
3 Exon 3 115 207
4 Exon 4 207 299
5 Exon 5 299 338
6 Exon 6 338 349
7 Exon 7 349 365
8 Exon 8 365 366
sequence
1 MAVMAPRTLLLLLSGALALTQTWAG
2 GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQKMEPRAPWIEQEGPEYWDQETRNMKAHSQTDRANLGTLRGYYNQSEDG
3 GSHTIQIMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGKDYIALNEDLRSWTAADMAAQITKRKWEAVHAAEQRRVYLEGRCVDGLRRYLENGKETLQRTD
4 DPPKTHMTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE
5 ELSSQPTIPIVGIIAGLVLLGAVITGAVVAAVMWRRKSSD
6 DRKGGSYTQAAS
7 SSDSAQGSDVSLTACKV
8 V
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01, 02:02, 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] NA
[2] NA
[3] NA
[4] "-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[5] NA
Allelic ambiguity: 01:01, 02:02
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
$`01:01`
01:01:01:01
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:02
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:03
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:04
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:05
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:06
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:07
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:08
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:09
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:10
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:11
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:12
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:13
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:14
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:15
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:16
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:17
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:18
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:19
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:20
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:21
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:22
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:23
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:24
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:25
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:26
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:27
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:28
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:29
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:30
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:31
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:32
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:33
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:34
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:36
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:37
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:38L
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:39
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:40
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:41
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:50
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
01:01:51
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:52
"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
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"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:71
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:72
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:01:73
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:109
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:132
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
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"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:142
"---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:155
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
01:177
"*--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
$`02:02`
02:02:01:01
"------------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW----------------"
02:02:01:02
"------------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW----------------"
02:02:02
"*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
02:02:03
"*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
$`01:01:01G`
NULL
$`01:01:01:01`
[1] "---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
$`07`
NULL
Allelic ambiguity: 01:01, 02:02
Warning in hlaConvSequence(c("01:01", "02:02", "01:01:01G", "01:01:01:01", :
No matching: 01:01:01G, 07
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] "*-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*"
[2] "*-----------------------------------------RR-----------------G---KV------H-VD------------A----L-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---W-A----T--EW---------------*"
[3] NA
[4] "---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[5] NA
$reference
[1] "MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPENYVYQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEYARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRVCRHNYELDEAVTLQRRVQPKVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYICQVEHTSLDSPVTVEWKAQSDSAQSKTLTGAGGFVLGLIICGVGIFMHRRSKKVQRGSA"
$start.position
[1] 30
$feature
id start end
1 Exon 1 1 34
2 Exon 2 34 122
3 Exon 3 122 216
4 Exon 4 216 253
5 Exon 5 253 259
sequence
1 MMVLQVSAAPRTVALTALLMVLLTSVVQGRATPE
2 ENYVYQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEYARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRVCRHNYELDEAVTLQRRV
3 VQPKVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYICQVEHTSLDSPVTVEWK
4 KAQSDSAQSKTLTGAGGFVLGLIICGVGIFMHRRSKKV
5 VQRGSA
Warning in hlaConvSequence(c("09:01", "09:02"), locus = "DPB1", replace = c(`09:02` = "107:01")) :
No matching: 09:01
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
[1] NA
[2] "---------------M-----------------------L---------------------------------------------------------E------I---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R-----------------------------------"
Allelic ambiguity: 09:01
$`09:01`
09:01:01
"----H-L-----------------------FV------------------DED-----------E------------------------"
09:01:02
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
09:01:03
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
09:01:04
"*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
$`107:01`
[1] "------L---------------------------------------------------------E------I-----------------"
Allelic ambiguity: 09:01
[1] "*---H-L-----------------------FV------------------DED-----------E-----------------------*"
[2] "------L---------------------------------------------------------E------I-----------------"
$reference
[1] "MSWKKSLRIPGDLRVATVTLMLAILSSSLAEGRDSPEDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRVEPTVTISPSRTEALNHHNLLICSVTDFYPSQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWRAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLIFLGLGLIIRQRSRKG........LLH"
$start.position
[1] 33
$feature
id start end
1 Exon 1 1 37
2 Exon 2 37 127
3 Exon 3 127 221
4 Exon 4 221 258
5 Exon 5 258 266
6 Exon 6 266 270
sequence
1 MSWKKSLRIPGDLRVATVTLMLAILSSSLAEGRDSPE
2 EDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRV
3 VEPTVTISPSRTEALNHHNLLICSVTDFYPSQIKVRWFRNDQEETAGVVSTPLIRNGDWTFQILVMLEMTPQRGDVYTCHVEHPSLQSPITVEWR
4 RAQSESAQSKMLSGVGGFVLGLIFLGLGLIIRQRSRKG
5 G........
6 .LLH
[1] "-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------"
[2] "-----A-----G--AP-------M--TPV-----P-----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F----------------------------V--------G-----------------------------------------H-----------------------------N-----I--------------------Q--PQGPPPAG---"
Allelic ambiguity: 05:01, 06:01
$`05:01`
05:01:01:01
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:01:02
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:01:03
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:02
"*----------------------------------------------------------------------------------------**"
05:01:03
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:04
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:05
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:06
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:07
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"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:09
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
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"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
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"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:19
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:20
"*-----------------------------------------------------------------------------------------*"
05:01:21
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:01:22
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:18
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:27
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:31
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:32
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:45
"-------------------------------------------------------------------------------------------"
05:84
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:103
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:104
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
05:107
"*------------------------------------------------------------------------------------------"
$`06:01`
06:01:01
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:02
"********AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---***************"
06:01:03
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:04
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:05
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:06
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:07
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:08
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:09
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:10
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:11
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:01:12
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:13
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:14
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F-------*"
06:01:15
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:103
"----L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:104
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:105
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
06:108
"*---L---AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---------F--------"
Allelic ambiguity: 05:01, 06:01
[1] "*----------------------------------------------------------------------------------------**"
[2] "********AM-----------Y---Y------D-------------------D--------DI--RT--EL-T---***************"
Allelic ambiguity: 01:01, 03:01, 26:01, 02:01, 23:01, 02:06, 11:01, 25:01, 31:01, 24:02, 29:02, 68:01, 24:03, 32:01
$locus
[1] "A"
$pos.start
NULL
$pos.end
NULL
$value
sample.id
1 NA11882
2 NA11881
3 NA11993
4 NA11992
5 NA11995
6 NA11994
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8 NA12248
9 NA07055
10 NA07034
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15 NA12044
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22 NA12004
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39 NA11829
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43 NA12717
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allele1
1 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
2 *------------------------------------------R----------------------V--Q-----VD------------A--------------S--------------------------------------------A-E---L-A--D-T--EW---------------*
3 *-------Y----------------------------------R-----------------RN---V-----------------------------R----------------Q-----------------------------Q----TA-E---W-A-------EW---------------*
4 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
5 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
6 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
7 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
8 *-------S----------------------------------R-----------------E--GKV--------E--RIALR------A----L-M-F-----S--------H-Y----------K----------------Q-----ARV---L-A----T-------------------*
9 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
10 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
11 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
12 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
13 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
14 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
15 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
16 *-------Y----------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
17 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
18 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
19 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
20 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
21 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
22 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
23 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
24 *-------Y----------------------------------R----------------------V--Q-----VD------------------------------------------------------------------------A-----Q-A-------EW---------------*
25 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
26 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
27 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
28 *-------Y----------------------------------R-----------------RN---V--------ES-RIALR-------------R----------------Q-----------------------------Q----TA-E---W-A-------EW---------------*
29 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
30 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
31 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
32 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
33 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
34 *-------Y----------------------------------R----------------------V--Q-----VD------------------------------------------------------------------------A-----Q-A-------EW---------------*
35 *-------T----------------------------------R-----------R----------V-----I--VD------------A------M-------S--------Q-----------------------------Q-----ARV---L-A----T--EW---------------*
36 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
37 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
38 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
39 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
40 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
41 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
42 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
43 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
44 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
45 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
46 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
47 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
48 *-------S----------------------------------R-----------------E--GKV--------E--RIALR------A----L-M-F-----S--------H-Y----------K----------------Q-----ARV---L-A----T-------------------*
49 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
50 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
51 *-------S----------------------------------R-----------------E--GKV--------E--RIALR------A----L-M-F-----S--------H-Y----------K----------------------A-V---Q-A----T-------------------*
52 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
53 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
54 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
55 *------------------------------------------R----------------------V--Q-----VD------------A--------------S--------------------------------------------A-E---L-A--D-T--EW---------------*
56 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
57 *-------S----------------------------------R-----------------E--GKV--------E--RIALR------A----L-M-F-----S--------H-Y----------K----------------------A-V---Q-A----T-------------------*
58 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
59 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
60 *-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------*
allele2
1 *-------T----------------------------------R-----------------LQ---V--Q-------------------A------M-------S--------------------------------------Q-----ARV---L-A----T--EW---------------*
2 *-------Y----------------------------------R-----------------RN---V-----------------------------R----------------Q-----------------------------Q----TA-E---W-A-------EW---------------*
3 *-------T----------------------------------R-----------------LQ---V--Q-------------------A------M-------S--------------------------------------Q-----ARV---L-A----T--EW---------------*
4 *------------------------------------------R-----------------G---KV------H-VD------------A----V-R-------S-W------H-Y----------K--------------T--H----A-V---L-A----T--EW---------------*
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[1] "hg19"
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[1] 1
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attr(,"class")
[1] "hlaAASeqClass"
Pos Num * - A D E F G H I K L M N Q R S T V W Y
1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9 120 . 81 . . . . . . . . . . . . . 15 7 . . 17
44 120 . 25 . . . . . . . . . . . . 95 . . . . .
56 120 . 117 . . . . . . . . . . . . 3 . . . . .
62 120 . 46 . . 15 . 44 . . . 4 . . . 11 . . . . .
63 120 . 105 . . . . . . . . . . 11 4 . . . . . .
65 120 . 105 . . . . 15 . . . . . . . . . . . . .
66 120 . 61 . . . . . . . 59 . . . . . . . . . .
67 120 . 25 . . . . . . . . . . . . . . . 95 . .
70 120 . 99 . . . . . . . . . . . 21 . . . . . .
73 120 . 117 . . . . . . 3 . . . . . . . . . . .
74 120 . 76 . . . . . 44 . . . . . . . . . . . .
76 120 . 32 . . 24 . . . . . . . . . . . . 64 . .
77 120 . 47 . 64 . . . . . . . . . . . 9 . . . .
79 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
80 120 . 96 . . . . . . 24 . . . . . . . . . . .
81 120 . 96 24 . . . . . . . . . . . . . . . . .
82 120 . 96 . . . . . . . . 24 . . . . . . . . .
83 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
90 120 . 38 82 . . . . . . . . . . . . . . . . .
95 120 . 61 . . . . . . . . 15 . . . . . . 44 . .
97 120 . 39 . . . . . . . . . 29 . . 52 . . . . .
99 120 . 105 . . . 15 . . . . . . . . . . . . . .
105 120 . 42 . . . . . . . . . . . . . 78 . . . .
107 120 . 76 . . . . . . . . . . . . . . . . 44 .
109 120 . 116 . . . . . . . . 4 . . . . . . . . .
114 120 . 46 . . . . . 59 . . . . . 15 . . . . . .
116 120 . 61 . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
127 120 . 58 . . . . . . . 62 . . . . . . . . . .
142 120 . 73 . . . . . . . . . . . . . . 47 . . .
144 120 . 98 . . . . . . . . . . . 22 . . . . . .
145 120 . 73 . . . . . 47 . . . . . . . . . . . .
149 120 . 112 . . . . . . . . . . . . . . 8 . . .
150 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
151 120 . 106 . . . . . . . . . . . . 14 . . . . .
152 120 . 30 . . 17 . . . . . . . . . . . . 73 . .
156 120 . 25 . . . . . . . . 67 . . 17 . . . . 11 .
158 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
161 120 . 111 . 9 . . . . . . . . . . . . . . . .
163 120 . 38 . . . . . . . . . . . . . . 82 . . .
166 120 . 39 . . 81 . . . . . . . . . . . . . . .
167 120 . 39 . . . . . . . . . . . . . . . . 81 .
183 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allelic ambiguity: 01:01, 03:01, 26:01, 02:01, 23:01, 02:06, 11:01, 25:01, 31:01, 24:02, 29:02, 68:01, 24:03, 32:01
Pos Num * - A D E F G H I K L M N Q R S T V W Y
-23 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-22 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-21 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-20 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-19 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-18 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-17 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-16 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-15 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-14 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-13 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-12 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-11 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-10 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-9 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-8 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-7 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-6 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-5 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-4 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-3 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-2 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
-1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9 120 . 81 . . . . . . . . . . . . . 15 7 . . 17
44 120 . 25 . . . . . . . . . . . . 95 . . . . .
56 120 . 117 . . . . . . . . . . . . 3 . . . . .
62 120 . 46 . . 15 . 44 . . . 4 . . . 11 . . . . .
63 120 . 105 . . . . . . . . . . 11 4 . . . . . .
65 120 . 105 . . . . 15 . . . . . . . . . . . . .
66 120 . 61 . . . . . . . 59 . . . . . . . . . .
67 120 . 25 . . . . . . . . . . . . . . . 95 . .
70 120 . 99 . . . . . . . . . . . 21 . . . . . .
73 120 . 117 . . . . . . 3 . . . . . . . . . . .
74 120 . 76 . . . . . 44 . . . . . . . . . . . .
76 120 . 32 . . 24 . . . . . . . . . . . . 64 . .
77 120 . 47 . 64 . . . . . . . . . . . 9 . . . .
79 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
80 120 . 96 . . . . . . 24 . . . . . . . . . . .
81 120 . 96 24 . . . . . . . . . . . . . . . . .
82 120 . 96 . . . . . . . . 24 . . . . . . . . .
83 120 . 96 . . . . . . . . . . . . 24 . . . . .
90 120 . 38 82 . . . . . . . . . . . . . . . . .
95 120 . 61 . . . . . . . . 15 . . . . . . 44 . .
97 120 . 39 . . . . . . . . . 29 . . 52 . . . . .
99 120 . 105 . . . 15 . . . . . . . . . . . . . .
105 120 . 42 . . . . . . . . . . . . . 78 . . . .
107 120 . 76 . . . . . . . . . . . . . . . . 44 .
109 120 . 116 . . . . . . . . 4 . . . . . . . . .
114 120 . 46 . . . . . 59 . . . . . 15 . . . . . .
116 120 . 61 . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
127 120 . 58 . . . . . . . 62 . . . . . . . . . .
142 120 . 73 . . . . . . . . . . . . . . 47 . . .
144 120 . 98 . . . . . . . . . . . 22 . . . . . .
145 120 . 73 . . . . . 47 . . . . . . . . . . . .
149 120 . 112 . . . . . . . . . . . . . . 8 . . .
150 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
151 120 . 106 . . . . . . . . . . . . 14 . . . . .
152 120 . 30 . . 17 . . . . . . . . . . . . 73 . .
156 120 . 25 . . . . . . . . 67 . . 17 . . . . 11 .
158 120 . 25 95 . . . . . . . . . . . . . . . . .
161 120 . 111 . 9 . . . . . . . . . . . . . . . .
163 120 . 38 . . . . . . . . . . . . . . 82 . . .
166 120 . 39 . . 81 . . . . . . . . . . . . . . .
167 120 . 39 . . . . . . . . . . . . . . . . 81 .
183 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
184 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
185 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
186 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
187 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
188 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
189 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
190 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
191 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
192 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
193 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
194 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
195 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
196 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
197 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
198 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
199 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
200 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
201 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
202 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
203 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
204 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
205 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
206 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
207 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
208 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
209 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
210 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
211 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
212 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
213 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
214 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
215 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
216 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
217 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
218 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
219 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
220 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
221 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
222 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
223 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
224 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
225 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
226 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
227 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
228 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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231 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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233 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
234 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
235 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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239 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
240 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
241 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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243 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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250 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
251 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
252 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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257 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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261 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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300 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
301 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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330 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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334 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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338 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
339 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
340 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
341 120 120 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allelic ambiguity: 03:02, 06:02, 05:01, 02:01, 05:03, 03:03, 03:01, 04:02, 06:03, 06:04, 05:02
Warning in hlaConvSequence(c(hla$value$allele1, hla$value$allele2), locus = hla$locus, :
No matching: 02:02
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
$locus
[1] "DQB1"
$pos.start
NULL
$pos.end
NULL
$value
sample.id
1 NA11882
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allele1
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10 <NA>
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12 <NA>
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20 <NA>
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22 *----------------------------------------------------------------------------------------**
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28 ****----AM-----------Y---Y-------A------E-------L-P-D------------RT--EL-T------QLEL-TT----*
29 *----------------------------------------------------------------------------------------**
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33 <NA>
34 <NA>
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38 <NA>
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48 <NA>
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51 <NA>
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4 *----------------------------------------------------------------------------------------**
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44 *----------------------------------------------------------------------------------------**
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55 *---F----M-----------L---Y-------A------------------D-------------T--EL-T---------F-------*
56 *--------M-----------L---Y-------A--------------L-P-A------------RT--EL-T------QLEL-TT----*
57 *---F----M-----------L---Y-------A------------------D-------------T--EL-T---------F-------*
58 ****------------------------------------------------S------------------------------------**
59 *----------------------------------------------------------------------------------------**
60 *---F----M-----------L---Y-------A------------------D-------------T--EL-T---------F-------*
$assembly
[1] "hg19"
$start.position
[1] -3
$reference
[1] "EDFVYQFKGLCYFTNGTERVRGVTRHIYNREEYVRFDSDVGVYRAVTPQGRPVAEYWNSQKEVLEGARASVDRVCRHNYEVAYRGILQRRV"
attr(,"class")
[1] "hlaAASeqClass"
Pos Num * - A D E F G I K L M N P Q R S T Y
5 120 112 . . . . . . . . . . 8 . . . . . .
6 120 20 92 8 . . . . . . . . . . . . . . .
7 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
8 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
9 112 3 76 . . . 33 . . . . . . . . . . . .
10 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
11 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
12 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
13 112 3 93 16 . . . . . . . . . . . . . . .
14 112 3 14 . . . . . . . . 95 . . . . . . .
15 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
16 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
17 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
18 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
19 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
20 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
26 112 . 20 . . . . . . . 76 . . . . . . . 16
28 112 . 100 . . . . . . . . . . . . . 12 . .
30 112 . 24 . . . . . . . . . . . . . 12 . 76
37 112 . 100 . . . . . 12 . . . . . . . . . .
38 112 . 29 83 . . . . . . . . . . . . . . .
45 112 . 96 . . 16 . . . . . . . . . . . . .
46 112 . 100 . . 12 . . . . . . . . . . . . .
47 112 . 100 . . . 12 . . . . . . . . . . . .
52 112 . 100 . . . . . . . 12 . . . . . . . .
53 112 . 54 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
55 112 . 57 . . . . . . . 12 . . 43 . . . . .
56 112 . 109 . . . . . . . 3 . . . . . . . .
57 112 . 14 33 64 . . . . . . . . . . . 1 . .
66 112 . 97 . 15 . . . . . . . . . . . . . .
67 112 . 97 . . . . . 15 . . . . . . . . . .
70 112 3 50 . . 3 . . . . . . . . . 56 . . .
71 112 3 14 . 3 . . . . 12 . . . . . . . 80 .
72 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
73 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
74 112 3 17 12 . 80 . . . . . . . . . . . . .
75 112 3 29 . . . . . . . 80 . . . . . . . .
76 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
77 112 3 26 . . . . . . . . . . . . . . 83 .
78 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
79 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
80 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
81 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
82 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
83 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
84 112 3 51 . . . . . . . . . . . 58 . . . .
85 112 3 51 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
86 112 3 50 . . 58 . 1 . . . . . . . . . . .
87 112 3 15 . . . 36 . . . 58 . . . . . . . .
88 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
89 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
90 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
91 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
92 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
93 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
94 112 17 95 . . . . . . . . . . . . . . . .
95 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
Allelic ambiguity: 03:02, 06:02, 05:01, 02:01, 05:03, 03:03, 03:01, 04:02, 06:03, 06:04, 05:02
Warning in hlaConvSequence(c(hla$value$allele1, hla$value$allele2), locus = hla$locus, :
No matching: 02:02
See: http://hla.alleles.org/alleles/text_index.html
Pos Num * - A D E F G I K L M N P Q R S T Y
-31 120 112 . . . . . . . . . . 8 . . . . . .
-30 120 112 . 8 . . . . . . . . . . . . . . .
-29 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-28 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-27 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-26 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-25 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-24 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-23 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-22 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-21 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-20 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-19 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-18 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-17 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-16 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-15 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-14 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-13 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-12 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-11 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-10 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-9 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-8 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-7 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-6 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-5 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-4 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-3 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-2 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
-1 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
. 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
1 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
4 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
5 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
6 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
7 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
8 112 20 92 . . . . . . . . . . . . . . . .
9 112 3 76 . . . 33 . . . . . . . . . . . .
10 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
11 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
12 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
13 112 3 93 16 . . . . . . . . . . . . . . .
14 112 3 14 . . . . . . . . 95 . . . . . . .
15 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
16 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
17 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
18 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
19 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
20 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
26 112 . 20 . . . . . . . 76 . . . . . . . 16
28 112 . 100 . . . . . . . . . . . . . 12 . .
30 112 . 24 . . . . . . . . . . . . . 12 . 76
37 112 . 100 . . . . . 12 . . . . . . . . . .
38 112 . 29 83 . . . . . . . . . . . . . . .
45 112 . 96 . . 16 . . . . . . . . . . . . .
46 112 . 100 . . 12 . . . . . . . . . . . . .
47 112 . 100 . . . 12 . . . . . . . . . . . .
52 112 . 100 . . . . . . . 12 . . . . . . . .
53 112 . 54 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
55 112 . 57 . . . . . . . 12 . . 43 . . . . .
56 112 . 109 . . . . . . . 3 . . . . . . . .
57 112 . 14 33 64 . . . . . . . . . . . 1 . .
66 112 . 97 . 15 . . . . . . . . . . . . . .
67 112 . 97 . . . . . 15 . . . . . . . . . .
70 112 3 50 . . 3 . . . . . . . . . 56 . . .
71 112 3 14 . 3 . . . . 12 . . . . . . . 80 .
72 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
73 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
74 112 3 17 12 . 80 . . . . . . . . . . . . .
75 112 3 29 . . . . . . . 80 . . . . . . . .
76 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
77 112 3 26 . . . . . . . . . . . . . . 83 .
78 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
79 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
80 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
81 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
82 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
83 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
84 112 3 51 . . . . . . . . . . . 58 . . . .
85 112 3 51 . . . . . . . 58 . . . . . . . .
86 112 3 50 . . 58 . 1 . . . . . . . . . . .
87 112 3 15 . . . 36 . . . 58 . . . . . . . .
88 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
89 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
90 112 3 51 . . . . . . . . . . . . . . 58 .
91 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
92 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
93 112 3 109 . . . . . . . . . . . . . . . .
94 112 17 95 . . . . . . . . . . . . . . . .
95 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
96 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
97 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
98 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
99 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
100 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
101 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
102 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
103 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
104 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
105 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
106 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
107 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
108 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
109 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
110 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
111 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
112 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
113 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
114 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
115 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
116 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
117 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
118 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
119 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
120 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
121 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
122 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
123 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
124 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
125 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
126 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
127 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
128 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
129 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
130 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
131 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
132 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
133 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
134 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
135 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
136 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
137 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
138 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
139 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
140 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
141 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
142 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
143 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
144 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
145 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
146 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
147 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
148 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
149 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
150 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
151 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
152 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
153 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
154 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
155 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
156 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
157 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
158 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
159 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
160 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
161 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
162 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
163 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
164 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
165 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
166 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
167 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
168 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
169 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
170 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
171 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
172 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
173 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
174 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
175 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
176 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
177 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
178 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
179 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
180 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
181 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
182 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
183 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
184 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
185 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
186 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
187 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
188 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
189 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
190 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
191 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
192 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
193 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
194 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
195 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
196 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
197 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
198 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
199 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
200 112 112 . . . . . . . . . . . . . . . . .
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