MotIV.R
In MotIV: Motif Identification and Validation

### R code from vignette source 'MotIV.Rnw'

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### code chunk number 1: options
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options(prompt = " ", continue = " ", width = 85)


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### code chunk number 2: loading MotIV
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library(MotIV)
path <- system.file(package="MotIV")


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### code chunk number 3: Load the database
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jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))


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### code chunk number 4: Load database scores
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jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))


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### code chunk number 5: Read input PWM
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example.motifs <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep=""))


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### code chunk number 6: start the analysis
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example.jaspar <- motifMatch(inputPWM=example.motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)


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### code chunk number 7: Viewresults
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summary(example.jaspar)
viewAlignments(example.jaspar)[[1]]
plot(example.jaspar[1:4],ncol=2,top=5, cex=0.8)


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### code chunk number 8: Viewresults
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foxa1.filter <- setFilter(tfname="FOXA")
ap1.filter <- setFilter(tfname="AP1")
foxa1.ap1.filter <- foxa1.filter | ap1.filter
example.filter <- filter(example.jaspar,foxa1.ap1.filter, exact=F)
summary(example.filter)
plot(example.filter,ncol=2,top=5)


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### code chunk number 9: loading MotIV package (eval = FALSE)
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## library(MotIV) 


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### code chunk number 10: load DB
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 jaspar <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/jaspar2010.txt",sep=""))


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### code chunk number 11: generate scores (eval = FALSE)
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## jaspar.scores <- generateDBScores(inputDB=jaspar,cc="PCC",align="SWU",nRand=1000)


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### code chunk number 12: write scores (eval = FALSE)
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## writeDBScores(jaspar.scores,paste(path,"/extdata/jaspar_PCC_SWU.scores",sep=""))


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### code chunk number 13: read scores
###################################################
jaspar.scores <- readDBScores(paste(path,"/extdata/jaspar2010_PCC_SWU.scores",sep=""))


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### code chunk number 14: load gadem object
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load(paste(path, "/data/FOXA1_rGADEM.rda", sep = ""))
motifs <- getPWM(gadem)


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### code chunk number 15: load gadem file
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motifs.gadem <- readGademPWMFile(paste(path,"/extdata/observedPWMs.txt",sep=""))


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### code chunk number 16: load transfac file
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motifs.example <- readPWMfile(paste(path,"/extdata/example_motifs.txt",sep=""))


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### code chunk number 17: trim input
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motifs.trimed <- lapply(motifs,trimPWMedge, threshold=1)


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### code chunk number 18: motiv analysis
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foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(inputPWM=motifs,align="SWU",cc="PCC",database=jaspar,DBscores=jaspar.scores,top=5)


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### code chunk number 19: motiv analysis shot
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foxa1.analysis.jaspar <- motifMatch(motifs)


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### code chunk number 20: motiv summary
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summary(foxa1.analysis.jaspar )


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### code chunk number 21: setFilter
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f.foxa1<- setFilter( tfname="FOXA1", top=3, evalueMax=10^-5)
f.ap1 <- setFilter (tfname="AP1", top=3)


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### code chunk number 22: operators
###################################################
f.foxa1.ap1 <- f.foxa1 | f.ap1 


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### code chunk number 23: filter
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foxa1.filter <- filter(foxa1.analysis.jaspar, f.foxa1.ap1, exact=FALSE, verbose=TRUE)


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### code chunk number 24: split
###################################################
foxa1.split <- split(foxa1.analysis.jaspar, c(f.foxa1, f.ap1) , drop=FALSE, exact=FALSE, verbose=TRUE)


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### code chunk number 25: combine
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foxa1.filter.combine <- combineMotifs(foxa1.filter, c(f.foxa1, f.ap1), exact=FALSE, name=c("FOXA1", "AP1"), verbose=TRUE)


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### code chunk number 26: motiv_plotMotiv
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plot(foxa1.filter.combine ,ncol=2,top=5, rev=FALSE, main="Logo", bysim=TRUE)


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### code chunk number 27: motiv alignment
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foxa1.alignment <- viewAlignments(foxa1.filter.combine )
print(foxa1.alignment[[1]] )


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### code chunk number 28: motiv_plotDistribution
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plot(foxa1.filter.combine ,gadem,ncol=2, type="distribution", correction=TRUE, group=FALSE, bysim=TRUE, strand=FALSE, sort=TRUE, main="Distribution of FOXA")


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### code chunk number 29: motiv_plotDistance
###################################################
plot(foxa1.filter.combine ,gadem,type="distance", correction=TRUE, group=TRUE, bysim=TRUE, main="Distance between FOXA and AP-1", strand=FALSE, xlim=c(-100,100), bw=8)


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### code chunk number 30: rangedData
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foxa1.gr <- exportAsGRanges(foxa1.filter.combine["FOXA1"], gadem)
ap1.gr <- exportAsGRanges(foxa1.filter.combine["AP1"], gadem)


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### code chunk number 31: motiv save
###################################################
save(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis.rda")


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### code chunk number 32: motiv exportAsTransfacFile (eval = FALSE)
###################################################
## exportAsTransfacFile(foxa1.filter.combine, file="foxa1_analysis")


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### code chunk number 33: bedfile (eval = FALSE)
###################################################
## library(rtracklayer)
## export(foxa1.gr, file="FOXA.bed")


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### code chunk number 34: viewMotifs
###################################################
viewMotifs(foxa1.filter.combine, n=5)


###################################################
### code chunk number 35: names
###################################################
names(foxa1.filter.combine)


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### code chunk number 36: similar
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similarity(foxa1.filter.combine)


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### code chunk number 37: select
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foxa1.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1"]
other.selected <- foxa1.filter.combine["FOXA1", drop=T]


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### code chunk number 38: select number
###################################################
foxa1.names <- names(foxa1.filter.combine["FOXA1"])
sum(length(gadem[foxa1.names]))


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### code chunk number 39: as_data_frame
###################################################
head(as.data.frame(foxa1.analysis.jaspar))