affy.R
In affy: Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays

### R code from vignette source 'affy.Rnw'

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### code chunk number 1: affy.Rnw:118-119
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library(affy)


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### code chunk number 2: affy.Rnw:324-325
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bgcorrect.methods()


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### code chunk number 3: affy.Rnw:331-334
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library(affydata)
data(Dilution) ##data included in the package for examples
normalize.methods(Dilution)


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### code chunk number 4: affy.Rnw:339-340
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pmcorrect.methods()


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### code chunk number 5: affy.Rnw:345-346
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express.summary.stat.methods()


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### code chunk number 6: affy.Rnw:381-382
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eset <- mas5(Dilution)


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### code chunk number 7: affy.Rnw:387-388
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Calls <- mas5calls(Dilution)


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### code chunk number 8: affy.Rnw:412-413
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eset <- rma(Dilution)


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### code chunk number 9: affy.Rnw:436-437
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Dilution


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### code chunk number 10: affy.Rnw:451-453
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phenoData(Dilution)
pData(Dilution)


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### code chunk number 11: affy.Rnw:473-475
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data(Dilution)
MAplot(Dilution,pairs=TRUE,plot.method="smoothScatter")


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### code chunk number 12: affy.Rnw:490-494
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Index <- c(1,2,3,100,1000,2000) ##6 arbitrary probe positions
pm(Dilution)[Index,]
mm(Dilution)[Index,]
probeNames(Dilution)[Index]


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### code chunk number 13: affy.Rnw:503-504
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sampleNames(Dilution)


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### code chunk number 14: affy.Rnw:509-510
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mean(mm(Dilution)>pm(Dilution))


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### code chunk number 15: affy.Rnw:515-517
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gn <- geneNames(Dilution)
pm(Dilution, gn[100])


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### code chunk number 16: affy.Rnw:531-532
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hist(Dilution[,1:2]) ##PM histogram of arrays 1 and 2


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### code chunk number 17: affy.Rnw:548-550 (eval = FALSE)
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## par(mfrow=c(2,2))
## image(Dilution)


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### code chunk number 18: affy.Rnw:566-568
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par(mfrow=c(1,1))
boxplot(Dilution, col=c(2,3,4))


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### code chunk number 19: affy.Rnw:591-593
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deg <- AffyRNAdeg(Dilution)
names(deg)


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### code chunk number 20: affy.Rnw:597-598
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summaryAffyRNAdeg(deg)


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### code chunk number 21: affy.Rnw:605-606
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plotAffyRNAdeg(deg)


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### code chunk number 22: affy.Rnw:620-621
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Dilution.normalized <- normalize(Dilution)


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### code chunk number 23: affy.Rnw:667-671
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gn <- featureNames(Dilution)
ps <- probeset(Dilution, gn[1:2])
#this is what i should be using: ps
show(ps[[1]])


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### code chunk number 24: affy.Rnw:687-689
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mylocation <- list("1000_at"=cbind(pm=c(1,2,3),mm=c(4,5,6)),
                   "1001_at"=cbind(pm=c(4,5,6),mm=c(1,2,3)))


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### code chunk number 25: affy.Rnw:696-698
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ps <- probeset(Dilution, genenames=c("1000_at","1001_at"),
                 locations=mylocation)


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### code chunk number 26: affy.Rnw:702-706
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pm(ps[[1]])
mm(ps[[1]])
pm(ps[[2]])
mm(ps[[2]])


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### code chunk number 27: affy.Rnw:725-737
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data(SpikeIn) ##SpikeIn is a ProbeSets
pms <- pm(SpikeIn)
mms <- mm(SpikeIn)

##pms follow concentration
par(mfrow=c(1,2))
concentrations <- matrix(as.numeric(sampleNames(SpikeIn)),20,12,byrow=TRUE)
matplot(concentrations,pms,log="xy",main="PM",ylim=c(30,20000))
lines(concentrations[1,],apply(pms,2,mean),lwd=3)
##so do mms
matplot(concentrations,mms,log="xy",main="MM",ylim=c(30,20000))
lines(concentrations[1,],apply(mms,2,mean),lwd=3)


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### code chunk number 28: affy.Rnw:771-773
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cat("HG_U95Av2 is",cleancdfname("HG_U95Av2"),"\n")
cat("HG-133A is",cleancdfname("HG-133A"),"\n")


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### code chunk number 29: affy.Rnw:777-778
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cat("HG_U95Av2 is",cleancdfname("HG_U95Av2",addcdf=FALSE),"\n")


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### code chunk number 30: affy.Rnw:785-788
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data(cdfenv.example)
ls(cdfenv.example)[1:5]
get(ls(cdfenv.example)[1],cdfenv.example)


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### code chunk number 31: affy.Rnw:799-802
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print(Dilution@cdfName)
myenv <- getCdfInfo(Dilution)
ls(myenv)[1:5]


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### code chunk number 32: affy.Rnw:810-813
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Index <- pmindex(Dilution)
names(Index)[1:2]
Index[1:2]


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### code chunk number 33: affy.Rnw:817-818
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pmindex(Dilution, genenames=c("1000_at","1001_at"))


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### code chunk number 34: affy.Rnw:822-823
###################################################
mmindex(Dilution, genenames=c("1000_at","1001_at"))


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### code chunk number 35: affy.Rnw:826-829
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indexProbes(Dilution, which="pm")[1]
indexProbes(Dilution, which="mm")[1]
indexProbes(Dilution, which="both")[1]


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### code chunk number 36: affy.Rnw:841-844
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opt <- getOption("BioC")
affy.opt <- opt$affy
print(names(affy.opt))


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### code chunk number 37: affy.Rnw:848-853
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opt <- getOption("BioC")
affy.opt <- opt$affy
affy.opt$normalize.method <- "constant"
opt$affy <- affy.opt
options(BioC=opt)


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### code chunk number 38: affy.Rnw:859-864
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opt <- getOption("BioC")
affy.opt <- opt$affy
affy.opt$compress.cel <- TRUE
opt$affy <- affy.opt
options(BioC=opt)