inst/doc/howtogenefinder.R

In genefilter: genefilter: methods for filtering genes from high-throughput experiments

### R code from vignette source 'howtogenefinder.Rnw'

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### code chunk number 1: howtogenefinder.Rnw:45-52
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 library("Biobase")
 library("genefilter")
 data(sample.ExpressionSet)
 igenes<- c(300,333,355,419) ##the interesting genes
 closeg <- genefinder(sample.ExpressionSet, igenes, 10, 
       method="euc", scale="none")
 names(closeg)


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### code chunk number 2: howtogenefinder.Rnw:61-64
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closeg$"31539_r_at"
Nms1 <- featureNames(sample.ExpressionSet)[closeg$"31539_r_at"$indices]
Nms1


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### code chunk number 3: howtogenefinder.Rnw:106-107
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toLatex(sessionInfo())