inst/doc/r3Cseq.R

In r3Cseq: Analysis of Chromosome Conformation Capture and Next-generation Sequencing (3C-seq)

### R code from vignette source 'r3Cseq.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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options(width = 60)
olocale=Sys.setlocale(locale="C")


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### code chunk number 2: r3Cseq.Rnw:208-209
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library(r3Cseq)


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### code chunk number 3: r3Cseq.Rnw:212-214
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data(Myb_prom_FL)
data(Myb_prom_FB)


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### code chunk number 4: r3Cseq.Rnw:233-237
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my3Cseq.obj<-new("r3Cseq",organismName='mm9',isControlInvolved=TRUE,
viewpoint_chromosome='chr10',viewpoint_primer_forward='TCTTTGTTTGATGGCATCTGTT',
viewpoint_primer_reverse='AAAGGGGAGGAGAAGGAGGT',expLabel="Myb_prom_FL",
contrLabel="MYb_prom_FB",restrictionEnzyme='HindIII')


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### code chunk number 5: r3Cseq.Rnw:241-243
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expRawData(my3Cseq.obj)<-exp.GRanges
contrRawData(my3Cseq.obj)<-contr.GRanges	


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### code chunk number 6: r3Cseq.Rnw:246-247
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my3Cseq.obj	


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### code chunk number 7: r3Cseq.Rnw:252-253
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getReadCountPerRestrictionFragment(my3Cseq.obj)


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### code chunk number 8: r3Cseq.Rnw:261-262
###################################################
calculateRPM(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 9: r3Cseq.Rnw:266-267
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getInteractions(my3Cseq.obj,fdr=0.05)	


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### code chunk number 10: r3Cseq.Rnw:272-274
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fetal.liver.interactions<-expInteractionRegions(my3Cseq.obj)
fetal.liver.interactions


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### code chunk number 11: r3Cseq.Rnw:277-279
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fetal.brain.interactions<-contrInteractionRegions(my3Cseq.obj)
fetal.brain.interactions


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### code chunk number 12: r3Cseq.Rnw:284-286
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viewpoint<-getViewpoint(my3Cseq.obj)
viewpoint


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### code chunk number 13: plotOverviewInteractions
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plotOverviewInteractions(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 14: plotInteractionsNearViewpoint
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plotInteractionsNearViewpoint(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 15: plotInteractionsPerChromosome
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plotInteractionsPerChromosome(my3Cseq.obj,"chr10")	


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### code chunk number 16: r3Cseq.Rnw:335-336
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#plotDomainogramNearViewpoint(my3Cseq.obj)


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### code chunk number 17: r3Cseq.Rnw:341-343
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detected_genes<-getExpInteractionsInRefseq(my3Cseq.obj)
head(detected_genes)


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### code chunk number 18: r3Cseq.Rnw:349-350
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#export3Cseq2bedGraph(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 19: r3Cseq.Rnw:358-359
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#generate3CseqReport(my3Cseq.obj)	


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### code chunk number 20: r3Cseq.Rnw:376-377
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sessionInfo()