simpleAffy.R
In simpleaffy: Very simple high level analysis of Affymetrix data

### R code from vignette source 'simpleAffy.Rnw'

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### code chunk number 1: simpleAffy.Rnw:61-63
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library(simpleaffy) ##the affy package also gets loaded
library(affy)


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### code chunk number 2: simpleAffy.Rnw:121-123
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library(simpleaffy) ##load the simpleaffy package 
                    ##(which loads the affy package too)


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### code chunk number 3: simpleAffy.Rnw:227-228
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data(qcs)


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### code chunk number 4: simpleAffy.Rnw:234-245
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ratios(qcs)
avbg(qcs)
maxbg(qcs)
minbg(qcs)
spikeInProbes(qcs)
qcProbes(qcs)
percent.present(qcs)
plot(qcs)
sfs(qcs)
target(qcs)
ratios(qcs)


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### code chunk number 5: simpleAffy.Rnw:258-259
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 plot(qcs)


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### code chunk number 6: simpleAffy.Rnw:676-677
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cleancdfname("HGU_133_plus_2")