R/aa_zaehlen2_CDR3.R

In BCellMA: B Cell Receptor Somatic Hyper Mutation Analysis

aa_zaehlen2_CDR3<- function(data){

  # data      - CDR3_IMGT Spalte in der IMGT-Tabelle 7
  # Ergebnis  - Anzahl der Aminosaeureaustatusche in CDR3


  # Konvertierung von Buchstaben in Ascii Werte A=65 Z=90
  asc <- function(x) { strtoi(charToRaw(x),16L) }
  chr <- function(n) { rawToChar(as.raw(n)) }

  matrix_neu<-matrix(rep(0, 26*26), ncol=26, byrow=26)


  if (is.na(data)==FALSE){


    temp2<- strsplit(data," |,|[|]|[()]|/ " )
    temp3<-matrix(unlist(temp2), ncol=1, byrow=TRUE)


    for (i in 1:length(temp3)){


      if( nchar(temp3[i])>=3) {
        erste_buchstabe<-substr(temp3[i],1,1)
        #letzte Position herausfinden
        lastpos <- nchar(temp3[i])
        zweite_buchstabe<-substr(temp3[i],lastpos,lastpos)

        #Buchstaben in Zahlen konvertieren
        erste_wert = asc(erste_buchstabe)
        zweite_wert = asc(zweite_buchstabe)

        #Nur Gro?buchstaben akzeptieren
        if (erste_wert >=65 && erste_wert <=91 && zweite_wert>=65 && zweite_wert <=91){
          matrix_neu[erste_wert-64,zweite_wert-64] <- matrix_neu[erste_wert-64,
                                                                 zweite_wert-64] + 1
        }
      }
      else{
        # i eins hoeher z?hlen und nichts tun
      }

    }
    matrix_neu <- matrix_neu[ ,c(4,5,11,8,18,7,14,17,1,19,20,16,3,
                                 22,13,25,9,12,6,23)]
    matrix_neu <- matrix_neu[ c(23,6,12,9,25,13,22,3,16,20,19,1,17
                                ,14,7,18,8,11,5,4), ]
    colnames(matrix_neu)<-c("D", "E", "K", "H", "R", "G", "N", "Q",
                            "A", "S","T", "P", "C", "V", "M", "Y",
                            "I", "L", "F", "W")
    rownames(matrix_neu)<-c("W", "F", "L", "I", "Y", "M", "V", "C",
                            "P", "T", "S", "A", "Q", "N", "G", "R",
                            "H", "K", "E", "D")

  }
  else{
    matrix_neu<-matrix(rep(0, 20*20), ncol=20, byrow=2)
  }
  return(matrix_neu)
}