rbeauti: XML Input Files for BEAST

Description Usage Arguments Details Author(s) References See Also Examples

Description

This function is intended to prepare XML files for BEAST with R. BEAST uses an MCMC approach to estimate rooted phylogenies from molecular data (Drummond & Rambaut, 2007).

Usage

1
rbeauti(..., file, template = "standard", taxonset)

Arguments

...

one or more object(s) of class DNAbin.

file

A connection, or a character string naming the file to write to. If left empty the XML tree will be printed to the screen (see Examples).

template

Currently unused.

taxonset

A list containing one or more taxon sets.

Details

rbeauti has been completely rewritten to work with BEAST 2. Currently rbeauti offers few options, because the idea is not to create ready-to-use XML file. That can be done conveniently with BEAUti (the BEAST package's genuine XML generator). Instead, rbeauti is intended to make the definition of large numbers of taxon sets easy. The creation of taxon sets can be done via R scripts and the resulting XML files can be further modified with BEAUti.

Author(s)

Christoph Heibl

References

The BEAST 2 website: http://beast.bio.ed.ac.uk/BEAST_v1.5.x_XML_Reference

Drummond, A.J. & A. Rambaut. 2007. BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees. BMC Evolutionary Biology 7: 240.

See Also

read.beast, read.beast.table

Examples

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
data(ips.16S)

## define taxon sets
spec <- rownames(ips.16S)
ingroup <- spec[grep("Ips|Orthomotomicus", spec)]
outgroup <- spec[grep("Pityogenes", spec)]
ts <- list(list(id = "ingroup", taxon = ingroup),
           list(id = "outgroup", taxon = outgroup))

## print XML file to screen
rbeauti(ips.16S, taxonset = ts)

Example output

Loading required package: ape
Loading required package: colorspace
Loading required package: XML
<beast beautitemplate="Standard" beautistatus="" namespace="beast.core:beast.evolution.alignment:beast.evolution.tree.coalescent:beast.core.util:beast.evolution.nuc:beast.evolution.operators:beast.evolution.sitemodel:beast.evolution.substitutionmodel:beast.evolution.likelihood" version="2.0">
 <data id="ips" name="alignment">
  <sequence id="seq_Ips_avulsus" taxon="Ips_avulsus" value="f0f0f088882848482828482888480488181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888481818188888881888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804181888181818188888884818188888888888184818484888888888188888881888188818188818188804888888881818181888281818188818888888288848884818881818181818188888181888882818181818181818881804041818888818181818288818888888188888481848881818188888181848881828280404040418180418181818188888488818188888888804040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_apache" taxon="Ips_apache" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182848481818181888888818181818184888881818181888181818181888884818188848888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881818881804481818181888188888888888181818888818888888484888881818181848181888181818888818888818888818881888181818488818184848484818488818188888888888881818188818181888882818181818181818881804041818181888181818288818888888188888481848888818181888881848881828280404040418180418181888040404040404040404888848881818888888881888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_emarginatus" taxon="Ips_emarginatus" value="18181888882848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881818882818481828182888881818188888888848181818184888888818181888181818181888884818188888888888482818188888881888181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804188888181818188888888888188888888818181848484888880488881828181888181818181848888888188888481888181818488818184848484818488818288888888888881818188888481888882818181818181818888804181818888888881818288818884888188888481848881818181818181848881828280404040418180418181818040404040404040404888888481888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_borealis" taxon="Ips_borealis" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881828188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188888181818181888888848181888888804041848488888881888188818181818281818188818188888188888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818481804041818888818181818288818888888188888881848881818188888881848881828280404040418180418181818888888488818188888880404040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_hoppingi" taxon="Ips_hoppingi" value="18188888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881888882818481828182888881818181888881818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181848881888181804188818181818188888888818188888888888480488484888881818481888181888181818188888888888188888881888181818888818184848484818488818188888888888881818188818181888882818181818181818180404041888181818181888288818888888188888481848181888881818881848881828280404040418180418888818888888488818180404040404040404048888881888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_bonanseai" taxon="Ips_bonanseai" value="181818888828484828284828884818881818181848882818481848281888884848188848288818888818288818188848181818181818880404184888888848281848481888184888884848481818184888180404040488888818488828184818281828888818181848888818881888181848888818181818881818181818888848188888888888884828181888888818181818188818888888884888284888488888488828282818881888488848181818888818884818041818188818181818888888481818888888188818884888888818188888881818882818181888288888888888884818881818188848181848484848184888181848888888888818181888881818888828181818181818188818040488288888181818282888881888881888888818488818888888181818488818282804040404181804184818180404040404040404048888884888888888881818882828181888484848881888882888482848188888181818181818281818884888481818f0"/>
  <sequence id="seq_Ips_cembrae" taxon="Ips_cembrae" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888481818188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188888888828188888888818881848484888881888188818188818181818888818188888888888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818880404041818881818181818288828188888188848481848888888888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848048888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_calligraphus" taxon="Ips_calligraphus" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888481818181888881818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881818881804881818181888181888888818181818888888188888884848888818181888181888181818888818888818888818881888181818488818184848484818488818184888888888881818188818181888882818181818181818881804041818181888181818288818884888188888481848888818181888881848881828280404040418180418881888040404040404040404888848881818888888881888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_cribricollis" taxon="Ips_cribricollis" value="f0f0f0f0f0f0f0f0f0f0f0f0f0481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888881818181888888818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888482804281888181828181888888888881818181888881888888888484888888888188818181818888848481888884848881888181818488818184848484818488818184888888888881818040404040404040418181818181818188804041818888888181818288818888888188888481848888818881818881848881828280404040418180418181818888888488818188888888848048888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_confusus" taxon="Ips_confusus" value="18188888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881888882818481828182888881818181888881818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181848881888181804188818181818188888888818888888888888488888484888881818481888181888181818188888888818188888881888181818888818184848484818488818188888888888881818188818181888882818181818181818180404041888181888181888288818888888188888481848881818181888881848881828280404040418180418888818188888488818040404888888488888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_duplicatus" taxon="Ips_duplicatus" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888882818188888881888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804181888181818881888884888181888888888881848484888881818188818181888181818188818188818888888881888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818888804041818888888881818288818884888188888481848484818881828181848881828280404040418180418181818188888488818188888888848f08888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_grandicollis" taxon="Ips_grandicollis" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888040418488888884828184848888818488888884848181828488818488888888888881888882818481828182888481818181888888888181818184888881818181888181818181888884818888888888888482818188888881818188888881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804180418181888888888188888188888888818888888484888881818881818181888181888181818888888888888881888181818484818184848484818488818181888888888881818188818181888882818181818181888180404041888181818181818288818884888188888481848181818188888881848881828280404040418180418881818188888488818040404040404040404488888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_hunteri" taxon="Ips_hunteri" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881818188888888848181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188888884818188888888818881848488888881888488818181828181818881818188888881888888818881818888818184848484818488818184888888888881818888818188888281818181818184804040404041888184848181818288818888888188888881848881818888888881848881828280404040418180418181818188888488818040404040488488888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_nitidus" taxon="Ips_nitidus" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881828188888488888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828282888188848884818181888881888181804188818181888188888888804188888888818881848488888881888188818181888181818188848188888888888481888181818488818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818881804181828188888181818288818188888188888481848888888888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848f08888888888181888282818184848484888188888288848284818888818181818181828181888488848182828"/>
  <sequence id="seq_Ips_integer" taxon="Ips_integer" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888881818188888881888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888180404040418181888881888281804181818181818888888881818188888484818881888488888488888188888181888181818881888888818488888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818881804041848488888881818288818884888188888481848881818888818181848881828280404040418180418181818188888488818188888888804040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_pini" taxon="Ips_pini" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888881818188888881888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804181888181818188888888848181888888888881888188888881888188888188888881818181888288818888888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818188818181818488888181818288818884888188888881848881818888818181848881828280404040418180418040404040404040404040404888888488888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_knausi" taxon="Ips_knausi" value="18181888882848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881818882818481828182888881818188888888848181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881848181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888281804188888181818188888888888188888888818181848484848481888281828181888181818181888888818188888481888181818488818184848484818488818288888888888881818188888481888882818181818181818188888181818888888881818288818884888188888881848048818181818181848881828280404040418180418181818040404040404040404040488881888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_lecontei" taxon="Ips_lecontei" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828188848888818488888884848181818488818488888888888881848882818481828182888881818181888488818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818888888888848481818888888881888484888881818180448181818181818881888888888188888881888181818888818184848484818488818188888888888881818040404040488882818181818181818880404041888888818181818288818884888188888481848181818881888881848881828280404040418180418181818888888488818188818888848888818888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_longifolia" taxon="Ips_longifolia" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888481818888888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804488818181818188888888818188888888828481848484888881888188818181888181818188888888888888888481888181818488818184848484818488818184888888888881818188888188888882818181818181818481804041818888888181818280404040404040488481818188888888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848884888888888181888282818188848484888188888288848284818888818881818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_montanus" taxon="Ips_montanus" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888881818181888888818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818481888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188888884848181818888848484848888888880404040404881818181818188888888888188888881888181818488818184848480404488818188888888888881818188818181888882818181818181818180404041888181888881888288818884888188888184848188818181888881848881828280404040418180418188828188888884888181888888888488888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_shangrila" taxon="Ips_shangrila" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888482818188888888848181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888182804188818181818188888888804188888888818881848488888881818188818181848181818888888884888484848481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818880404041818181888181818288818888888188888481848488888888888881848881828280404040418180418181888888888488818188888888848f08888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_nobilis" taxon="Ips_nobilis" value="18181888882848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828888818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888848281888882818481828182888481818180488888848188818884888888818181888181818181888884818888888888888482818188888881888181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888488804188818181818181888488888181818888818188818884888881818181818181818181818881818888888188818181888181818484818184848484818488818184888888888881818888888181888882818181818181818481804041818184888882888188804040404040404040404040488888888881848881828280404040418180418488818188888488818188888888848884888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828184888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_paraconfusus" taxon="Ips_paraconfusus" value="18188888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881888882818481828182888881818181888888818181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818184888488818188888881818480488484888484818481888181818181818188888888888188888881888181818888818184848484818488818188888888888881818188818181888882818181818181818180404041888181818181888288818184888188888481848188818181888881848881828280404040418180418881804040404040404040404888888488888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848281828"/>
  <sequence id="seq_Ips_perroti" taxon="Ips_perroti" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881818188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818188818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804181888181818181888888888181818888818181888484888881818181818181888181818188818188888888888481888181818488818184848484818488818184888888888881818188888188888882818181818181818180404041818888818181818280404040404040488881848888888888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848048888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_perturbatus" taxon="Ips_perturbatus" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881818188888888848181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188888884818188888888818881848488888880448888818182818181888181818888888188888881888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818184804041888184848181818288818888888188888881848881818888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848048888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_pilifrons" taxon="Ips_pilifrons" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881828188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188888181818181888888848181888888804041848488888881888188818181818281818188818188888188888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818881804041818888818181818288818888888188888881848881818188888881848881828280404040418180418181818888888488818188888880404040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_plastographus" taxon="Ips_plastographus" value="18181888882848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888882818481828182888881818188888881888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848881818888818881818180404040404040404040404181804188818181818888888884818188848884818881888488888488888188818181888181818881888888888488888481888181818888818184848484818488818180404888888881818188888181888882818181818181818188804181848484888881818288818884888188888481848881818888818181848881828280404040418180418181818188888488818188888888804040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_schmutzenhoferi" taxon="Ips_schmutzenhoferi" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888482818888888888848181818184888881818181888181818181888884818288888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188818888818188888888818881848488888881888288818181888181818188888888888888888481888181818488818184848484818480418184888888888881818188888181888882818181818181818881804041818888888181818288818884888188888881848884888888888881848881828280404040418180418181818888888488818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_sexdentatus" taxon="Ips_sexdentatus" value="18181888882848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488848888888881888882818481828182888488818188888888848181818184888881818181888181818181888884818888888888888482818188888881888181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804188818181818181888884888188888888818881848484848880488181818181888181818188888888888188888481888181818488818184848484818488818288888888888881818188888184888882818181818181818188804041818188848881818288818884888188888481848881818188818881848881828280404040418180418181818188888488818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181818181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_amitinus" taxon="Ips_amitinus" value="1818188888284848282848284848188818181818488828184818482818888848481888482888188888182888181888481818181818188888181848888888482818484888881848888888484818181848881848888888888888188848281848182818288888282818888888888818181818488888181818188818181818188888481818888888888848281818888888181818181888188888888848882848884888884888282828188818884888481818181888188818180418881818181818888888481818888888881848184848888888184848181818188818181818888888884888888848188818181848881818484848481848881818888888888888181818888818188888281818181818181848040404181818281818181828881818888818888888184888888888888888184888182828040404041818f018181818888888488818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_spinifer" taxon="Ips_spinifer" value="18188888881848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888888882888882818481828182888881818188888181818181818184888881818181888181818181888884818888888888888482818188888881888188818881848888888488828488848888848882828281888188848884818181818881818181804181848281818181818488848181818881888181818884888881818881888188818281828888888484818888888888888181888484818184848484818488828184888888888881818188888181888882818181818181818180404048818881888888888288818181818188888881848482818188818181848881828280404040418880488188818188818884818184888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828188888488848281828"/>
  <sequence id="seq_Ips_stebbingi" taxon="Ips_stebbingi" value="1818188888284848282848284848188818181818488828184818482818888848481888482888188888182888181888481818181818188888181848888888482818484888881848888888484818181848881848888888888888188848281848182818288848281888888888884818181818488888181818188818181818188888481818888888888848281818888888181818181888188888888848882848884888884888282828188818884888481818188888188818180418881818181818881888881818888888881888184848888888188818881818188818181818888888888888888848188818181848881818484848481848041818488888888888181818888818188888281818181818181888180404181888888818181828881888488818888848184888888888888888184888182828040404041818041818181818888848881818888888884888888888888818188828281818884848488818888828884828481888881818181818182818188848884818f0f0"/>
  <sequence id="seq_Ips_tridens" taxon="Ips_tridens" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881828188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188888181818181888888848181888888818881848488888881888288818181818281818188888880488188888481888181818888818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818481804041818888818181818288818888888188888881848881818188888881848881828280404040418180418181818888888488818188888880404040404040404041888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Ips_typographus" taxon="Ips_typographus" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881888482818481828182888881828188888488888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828282888188848884818181888881888181804188818181888188888888888188888888818881848488888881888188818181888181818188848188888888888481888181818488818184848484818488818184888888888881818188888181888882818181818181818881804181818188888181818288818188888188888481848888818888888881848881828280404040418180418181818188888488818188888888804040404040404041888282818184848484888188888288848284818888818181818181828181888488848182828"/>
  <sequence id="seq_Ips_woodi" taxon="Ips_woodi" value="18181888882848482828482848481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181818181888881818488888884828184848888818488888884848181818888818488888888888881888482818481828182888881818188888888888181818184888881818181888181818181888884818188888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888181804188818181818188888884848188888888818881848488888881888188818181818281818188888488888888888481888181818884818184848484818488818188888888888881818188888188888882818181818181818188804041818884818181818280404040404040488481848888888488888881848881828280404040418180418881818188888488818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828181888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Orthotomicus_caelatus" taxon="Orthotomicus_caelatus" value="18188888888848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848188818488888884848181818488818488888888888882818882818481828182888481818188888888818181818184888881818181888181818181888884818488848888888482818188888881888888818881848888888488828488848888848882828281888188848884818181818881818181804188818181888181888888888181818888818180404188848188804181818181818181818188888188888188888488888181818880404040404040404888818188888888888881818888888188888882818181818181818180404048888188888884888288818181888188888481848041818184848881848881828280404040418188818181818888888488818188804040404040404888888481888282818188848484888188888288848284818188818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Orthotomicus_erosus" taxon="Orthotomicus_erosus" value="f0181888882848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828888818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888848281888882818481828182888481804181888888888188818884888888818181888181818181888884818888888888888482818188888881888181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888884818881818181818188848888818281818888888181888188848888804181818181818181828188818188888188818181888181818484818184848484818488818184888888888881818888888188888882818181818181818480404041818181818488888288818188888188888481848040418188888881848881828280404040418180418888818188888488818180404040404040404888888881888282818188848484888188888288848284818188818181818181828184888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Orthotomicus_latidens" taxon="Orthotomicus_latidens" value="18188888881848482828482888481888181818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888484848181818488818488888888888882818882818481828182888881818188888881818181818184888881818181888181818181888884818888848888888482818188888881888181818881848888888488828488848888848882828281888188848884818181818881818181818184818181818282848888888281818481888180404188848888804188828184818181818484848488848888888488888181888884818184848484818488818184888888888881818184888181888882818181818181818180404048888188888888888288818184828188888881848881818188818181848881828280404040418880418888818881888488818040404040404040404888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828184888488848281828"/>
  <sequence id="seq_Orthotomicus_mannsfeldi" taxon="Orthotomicus_mannsfeldi" value="18188888881848482828482848481888881818184888281848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888848281888882818481828182888881804181888888848181818884888881818181888181818181888884818888888888888482818188888881818181818881888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888881804040448481818188888888848888848888888181888188848888818181818181818181818888848184818188818181888181818488818184848484818488818184888888888881818184888181888882818181818181818880404048888181818181888288828188888184848481848040418181848881848881828280404040418040418881828888888488818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Pityogenes_calcaratus" taxon="Pityogenes_calcaratus" value="18188888881848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888888882818182818481828182888481818181888888888181818180404041818181888181818181888884818888888888888482818188888881818188818481888888888488828488848888848882828281888188848884818181818881888181804181818181818188848188888181818048848881818888848888818184818181818181818881818181888888888881888181818484818184848484818488818188888888888881818888888188888882818181818181818180404041888881818888888188828184888188818481888881804040404040404040404040404040418880418184818181888488818188828888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181818188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Pityogenes_carinulatus" taxon="Pityogenes_carinulatus" value="18188888881848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888484848181818488818488888888888481818182818481828182888881818181888888848181818180404041818181888181818181888884818888888888888482818188888881818181888881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888184804181818884848288888884888181888188848881888888848888818888818181818881818481848188888881848881888181818488804040404040404488818181888888888881818188888181888882818181818188818880404048888181848888888288818184888188818881848881804041888881848881828281848888888180418484818181888488818188888888848884828888888181888282818188848484888188888288848284818888818181818181828188888488848181828"/>
  <sequence id="seq_Pityogenes_hopkinsi" taxon="Pityogenes_hopkinsi" value="18184888881848482828482848481888181818184888282848184828188888484818884828881888881828881818884818181828181888881818884888884828184848888818488888884848181818488818488888888888881818182818481828182888481818181888884818181818184888881818181888181818181888884818888888888888482818188888881818188888881888888888488828488848888848882828281888188848884818181888881888041804181818181818488888188888881888048888881848888848888818188818181818181818281818488888488888481888181818040404040404484818488828188888888888880418188888881888888828181818181818880404048888181888888888288818188888188818881848881818181888881848881828281888881818880418488818181888482818188888888848888888888888181888282818188848484888188888288848284818188818181818181828184888488848181828"/>
 </data>
 <map name="Beta">beast.math.distributions.Beta</map>
 <map name="Exponential">beast.math.distributions.Exponential</map>
 <map name="InverseGamma">beast.math.distributions.InverseGamma</map>
 <map name="LogNormal">beast.math.distributions.LogNormalDistributionModel</map>
 <map name="Gamma">beast.math.distributions.Gamma</map>
 <map name="Uniform">beast.math.distributions.Uniform</map>
 <map name="prior">beast.math.distributions.Prior</map>
 <map name="LaplaceDistribution">beast.math.distributions.LaplaceDistribution</map>
 <map name="OneOnX">beast.math.distributions.OneOnX</map>
 <map name="Normal">beast.math.distributions.Normal</map>
 <run chainLength="10000000" id="mcmc" spec="MCMC">
  <state id="state" storeEvery="5000">
   <tree id="Tree.t:ips" name="stateNode">
    <taxonset id="TaxonSet.ips" spec="TaxonSet">
     <data idref="ips" name="alignment"/>
    </taxonset>
   </tree>
   <parameter id="birthRate.t:ips" name="stateNode">1.0</parameter>
  </state>
  <init estimate="false" id="RandomTree.t:ips" initial="@Tree.t:ips" spec="beast.evolution.tree.RandomTree" taxa="@ips">
   <populationModel id="ConstantPopulation0.t:ips" spec="ConstantPopulation">
    <parameter id="randomPopSize.t:ips" name="popSize">1.0</parameter>
   </populationModel>
  </init>
  <distribution id="posterior" spec="util.CompoundDistribution">
   <distribution id="prior" spec="util.CompoundDistribution">
    <distribution birthDiffRate="@birthRate.t:ips" id="YuleModel.t:ips" spec="beast.evolution.speciation.YuleModel" tree="@Tree.t:ips"/>
    <prior id="YuleBirthRatePrior.t:ips" name="distribution" x="@birthRate.t:ips">
     <Uniform id="Uniform.0" name="distr" upper="Infinity"/>
    </prior>
    <distribution id="ingroup.prior" spec="beast.math.distributions.MRCAPrior" tree="@Tree.t:ips">
     <taxonset id="ingroup" spec="TaxonSet">
      <taxon id="Ips_avulsus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_apache" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_emarginatus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_borealis" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_hoppingi" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_bonanseai" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_cembrae" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_calligraphus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_cribricollis" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_confusus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_duplicatus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_grandicollis" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_hunteri" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_nitidus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_integer" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_pini" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_knausi" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_lecontei" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_longifolia" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_montanus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_shangrila" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_nobilis" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_paraconfusus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_perroti" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_perturbatus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_pilifrons" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_plastographus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_schmutzenhoferi" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_sexdentatus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_amitinus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_spinifer" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_stebbingi" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_tridens" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_typographus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Ips_woodi" spec="Taxon"/>
     </taxonset>
     <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.ingroup" name="distr">
      <parameter estimate="false" id="RealParameter.Mingroup" name="M">1</parameter>
      <parameter estimate="false" id="RealParameter.Singroup" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
     </LogNormal>
    </distribution>
    <distribution id="outgroup.prior" spec="beast.math.distributions.MRCAPrior" tree="@Tree.t:ips">
     <taxonset id="outgroup" spec="TaxonSet">
      <taxon id="Pityogenes_calcaratus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Pityogenes_carinulatus" spec="Taxon"/>
      <taxon id="Pityogenes_hopkinsi" spec="Taxon"/>
     </taxonset>
     <LogNormal id="LogNormalDistributionModel.outgroup" name="distr">
      <parameter estimate="false" id="RealParameter.Moutgroup" name="M">1</parameter>
      <parameter estimate="false" id="RealParameter.Soutgroup" lower="0.0" name="S" upper="5.0">1.25</parameter>
     </LogNormal>
    </distribution>
   </distribution>
   <distribution id="likelihood" spec="util.CompoundDistribution">
    <distribution data="@ips" id="treeLikelihood.ips" spec="TreeLikelihood" tree="@Tree.t:ips">
     <siteModel id="SiteModel.s:ips" spec="SiteModel">
      <parameter estimate="false" id="mutationRate.s:ips" name="mutationRate">1.0</parameter>
      <parameter estimate="false" id="gammaShape.s:ips" name="shape">1.0</parameter>
      <parameter estimate="false" id="proportionInvariant.s:ips" lower="0.0" name="proportionInvariant" upper="1.0">0.0</parameter>
      <substModel id="JC69.s:ips" spec="JukesCantor"/>
     </siteModel>
     <branchRateModel id="StrictClock.c:ips" spec="beast.evolution.branchratemodel.StrictClockModel">
      <parameter estimate="false" id="clockRate.c:ips" name="clock.rate">1.0</parameter>
     </branchRateModel>
    </distribution>
   </distribution>
  </distribution>
  <operator id="YuleBirthRateScaler.t:ips" parameter="@birthRate.t:ips" scaleFactor="0.75" spec="ScaleOperator" weight="3.0"/>
  <operator id="treeScaler.t:ips" scaleFactor="0.5" spec="ScaleOperator" tree="@Tree.t:ips" weight="3.0"/>
  <operator id="treeRootScaler.t:ips" rootOnly="true" scaleFactor="0.5" spec="ScaleOperator" tree="@Tree.t:ips" weight="3.0"/>
  <operator id="UniformOperator.t:ips" spec="Uniform" tree="@Tree.t:ips" weight="30.0"/>
  <operator id="SubtreeSlide.t:ips" spec="SubtreeSlide" tree="@Tree.t:ips" weight="15.0"/>
  <operator id="narrow.t:ips" spec="Exchange" tree="@Tree.t:ips" weight="15.0"/>
  <operator id="wide.t:ips" isNarrow="false" spec="Exchange" tree="@Tree.t:ips" weight="3.0"/>
  <operator id="WilsonBalding.t:ips" spec="WilsonBalding" tree="@Tree.t:ips" weight="3.0"/>
  <logger fileName="ips.log" id="tracelog" logEvery="1000" model="@posterior" sanitiseHeaders="true" sort="smart">
   <log idref="posterior"/>
   <log idref="likelihood"/>
   <log idref="prior"/>
   <log idref="treeLikelihood.ips"/>
   <log id="TreeHeight.t:ips" spec="beast.evolution.tree.TreeHeightLogger" tree="@Tree.t:ips"/>
   <log idref="YuleModel.t:ips"/>
   <parameter idref="birthRate.t:ips" name="log"/>
   <log idref="ingroup.prior"/>
   <log idref="outgroup.prior"/>
  </logger>
  <logger id="screenlog" logEvery="1000">
   <log idref="posterior"/>
   <log arg="@posterior" id="ESS.0" spec="util.ESS"/>
   <log idref="likelihood"/>
   <log idref="prior"/>
  </logger>
  <logger fileName="$(tree).trees" id="treelog.t:ips" logEvery="1000" mode="tree">
   <log id="TreeWithMetaDataLogger.t:ips" spec="beast.evolution.tree.TreeWithMetaDataLogger" tree="@Tree.t:ips"/>
  </logger>
 </run>
</beast>

ips documentation built on July 4, 2019, 5:04 p.m.