R/NorgastUtvalg.R

In Rapporteket/norgast: Resultatrapporter for NORGAST

#' Funksjon som gjør utvalg av dataene, returnerer det reduserte datasettet og utvalgsteksten.
#'
#' @inheritParams FigAndeler
#' @param fargepalett Hvilken fargepalett skal brukes i figurer (Default: BlaaRapp)
#'
#' @return UtData En liste bestående av det filtrerte datasettet, utvalgstekst for figur og tekststreng som angir fargepalett
#'
#' @export

NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01",
                          minald=0, maxald=120, erMann=99, elektiv=99, BMI='',
                          hastegrad=99, valgtShus='', tilgang='', minPRS=0,
                          maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog='', modGlasgow = '',
                          forbehandling='', malign=99, fargepalett='BlaaRapp',
                          op_gruppe='', ncsp='', icd='', icd_kode='',
                          hastegrad_hybrid=99,
                          dagtid=99, robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE,
                          tilgang_utvidet='', ny_stomi=99, accordion='',
                          ny_anastomose=99)
{
  # Definerer intersect-operator
  "%i%" <- intersect

  Ninn <- dim(RegData)[1]
  indVarMed <- 1:Ninn
  indAld <- which(RegData$Alder >= minald & RegData$Alder <= maxald)
  indDato <- which(RegData$OperasjonsDato >= datoFra & RegData$OperasjonsDato <= datoTil)
  indKj <- if (erMann %in% 0:1) {which(RegData$erMann == erMann)} else {indKj <- 1:Ninn}
  indOp_gr <- if (op_gruppe[1] != ''){which(RegData$Op_gr %in% as.numeric(op_gruppe))} else {indOp_gr <- 1:Ninn}
  indElekt <- if (elektiv %in% c(0,1)){which(RegData$Hastegrad_tid == elektiv)} else {indElekt <- 1:Ninn}
  indHast <- if (hastegrad %in% c(1,2)){which(RegData$Hastegrad == hastegrad)} else {indHast <- 1:Ninn}
  indHast2 <- if (hastegrad_hybrid %in% c(0,1)){which(RegData$Hastegrad_hybrid == hastegrad_hybrid)} else {indHast2 <- 1:Ninn}
  indDag <- if (dagtid %in% c(0,1)){which(RegData$Dagtid == dagtid)} else {indDag <- 1:Ninn}
  indBMI <- if (BMI[1] != '') {which(RegData$BMI_kodet %in% as.numeric(BMI))} else {indBMI <- 1:Ninn}
  indTilgang <- if (tilgang[1] != '') {which(RegData$Tilgang %in% as.numeric(tilgang))} else {indTilgang <- 1:Ninn}
  indTilgangUtvidet <- if (tilgang_utvidet[1] != '') {which(RegData$Tilgang_utvidet %in% as.numeric(tilgang_utvidet))} else {indTilgangUtvidet <- 1:Ninn}
  indPRS <- if ((minPRS>0) | (maxPRS<2.2)) {which(RegData$PRSScore >= minPRS & RegData$PRSScore <= maxPRS)} else {indPRS <- 1:Ninn}
  indASA <- if (ASA[1] != '') {which(RegData$ASA %in% as.numeric(ASA))} else {indASA <- 1:Ninn}
  indWHO <- if (whoEcog[1] != '') {which(RegData$WHOECOG %in% as.numeric(whoEcog))} else {indWHO <- 1:Ninn}
  indGlasgow <- if (modGlasgow[1] != '') {which(RegData$ModGlasgowScore %in% as.numeric(modGlasgow))} else {indGlasgow <- 1:Ninn}
  indNCSP <- if (ncsp[1] != '') {which(substr(RegData$Hovedoperasjon, 1, 5) %in% ncsp)} else {indNCSP <- 1:Ninn}
  indForb <- if (forbehandling[1] != '') {which(RegData$Forbehandling %in% as.numeric(forbehandling))} else {indForb <- 1:Ninn}
  indMalign <- if (malign %in% c(0,1)){which(RegData$Malign == malign)} else {indMalign <- 1:Ninn}
  indICD <- if (icd[1] != '') {which(RegData$Hoveddiagnose2 %in% icd)} else {indICD <- 1:Ninn} # Fullt navn
  indICD_kode <- if (icd_kode[1] != '') {which(sub("(\\w+).*", "\\1", RegData$Hoveddiagnose2) %in% icd_kode)} else {indICD_kode <- 1:Ninn} # Kun kode
  indRobot <- if (robotassiastanse %in% c(0,1)){which(RegData$Robotassistanse == robotassiastanse)} else {indRobot <- 1:Ninn}
  indFerdig <- if (kun_ferdigstilte) {which(RegData$OppfStatus == 1 | is.na(RegData$OppfStatus))} else {indFerdig <- 1:Ninn}
  indStomi <- if (ny_stomi %in% c(0,1)) {which(RegData$NyStomi == ny_stomi)} else {1:Ninn}
  indAccordion <- if (accordion[1] != '') {which(RegData$AccordionGrad %in% as.numeric(accordion))} else {1:Ninn}
  indAnastomose <- if (ny_anastomose %in% c(0,1)) {which(RegData$NyAnastomose == ny_anastomose)} else {1:Ninn}

  indMed <- indAld %i% indDato %i% indKj %i% indVarMed %i% indOp_gr %i% indElekt %i% indBMI %i%
    indTilgang %i% indPRS %i% indASA %i% indWHO %i% indForb %i% indMalign %i% indNCSP %i% indHast %i%
    indICD %i% indGlasgow %i% indHast2 %i% indDag %i% indRobot %i% indFerdig %i% indTilgangUtvidet %i%
    indStomi %i% indAccordion %i% indAnastomose %i% indICD_kode
  RegData <- RegData[indMed,]
  if (ncsp[1] != '') {ncsp <- sort(unique(substr(RegData$Hovedoperasjon, 1, 5)))}

  utvalgTxt <- c(paste('Operasjonsdato: ',
                       min(RegData$OperasjonsDato, na.rm=T), ' til ', max(RegData$OperasjonsDato, na.rm=T), sep='' ),
                 if ((minald>0) | (maxald<120)) {
                   paste('Pasienter fra ', min(RegData$Alder, na.rm=T), ' til ', max(RegData$Alder, na.rm=T), ' år', sep='')},
                 if (erMann %in% 0:1) {paste('Kjønn: ', c('Kvinne', 'Mann')[erMann+1], sep='')},
                 if (op_gruppe[1] != '') {paste0('Operasjonsgruppe(r): ',
                                             paste(RegData$Operasjonsgrupper[match(op_gruppe, RegData$Op_gr)], collapse = ', '))},
                 if (ncsp[1] != '') {paste0('NCSP-kode(r): ', paste(ncsp[which(!is.na(ncsp[1:9]))], collapse=', '))},
                 if (length(ncsp) > 9) {paste0('  ', paste(ncsp[which(!is.na(ncsp[10:20]))+9], collapse=', '))},
                 if (length(ncsp) > 20) {paste0('  ', paste(ncsp[which(!is.na(ncsp[21:31]))+20], collapse=', '))},
                 if (length(ncsp) > 31) {paste0('  ', paste(ncsp[which(!is.na(ncsp[32:42]))+31], collapse=', '))},
                 if (elektiv %in% c(0,1)) {paste0('Operasjonstid: ', c('Utenfor normalarbeidstid', 'Innenfor normalarbeidstid')[elektiv+1])},
                 if (hastegrad_hybrid %in% c(0,1)) {paste0('Hastegrad (hybrid): ', c('Akutt', 'Elektiv')[hastegrad_hybrid+1])},
                 if (dagtid %in% c(0,1)) {paste0('Operert dagtid: ', c('Nei', 'Ja')[dagtid+1])},
                 if (hastegrad %in% c(1,2)) {paste0('Hastegrad: ', c('Elektiv', 'Akutt')[hastegrad])},
                 if (BMI[1] != '') {paste0('BMI-kategori(er): ', paste(RegData$BMI_kategori[match(as.numeric(BMI), RegData$BMI_kodet)], collapse=', '))},
                 if (length(valgtShus)>1) {paste0('Valgte RESH: ', paste(as.character(valgtShus), collapse=', '))},
                 if (tilgang[1] != '') {paste0('Tilgang: ', paste(c('Åpen', 'Laparoskopisk', 'Konvertert', '',
                                                                    'Endoskopisk')[as.numeric(tilgang)], collapse = ', '))},
                 if (tilgang_utvidet[1] != '') {paste0('Tilgang: ', paste(c('Åpen', 'Laparoskopisk- konvensjonell',
                                                                            'Laparoskopisk- robotassistert', 'Konvertert- konvensjonell',
                                                                            'Konvertert- robotassistert')[as.numeric(tilgang_utvidet)], collapse = ', '))},
                 if ((minPRS>0) | (maxPRS<2.2)) {paste0('PRS-score fra ', sprintf('%.2f', min(RegData$PRSScore, na.rm=T)), ' til ',
                          sprintf('%.2f', max(RegData$PRSScore, na.rm=T)))},
                 if (ASA[1] != '') {paste0('ASA-grad: ', paste(ASA, collapse=','))},
                 if (whoEcog[1] != '') {paste0('WHO ECOG score: ', paste(whoEcog, collapse=','))},
                 if (modGlasgow[1] != '') {paste0('Modifisert Glasgow score: ', paste(modGlasgow, collapse=','))},
                 if (forbehandling[1] != '') {paste0('Onkologisk forbehandling: ',
                                                     paste(c('Cytostatika', 'Stråleterapi', 'Komb. kjemo/radioterapi', 'Ingen')[as.numeric(forbehandling)], collapse = ', '))},
                 if (malign %in% c(0,1)){paste0('Diagnose: ', c('Benign', 'Malign')[malign+1])},
                 if (icd[1] != '') {paste0('ICD-10-kode(r): ', paste(sub("(\\w+).*", "\\1", icd), collapse=', '))},
                 if (icd_kode[1] != '') {paste0('ICD-10-kode(r): ', paste(icd_kode, collapse=', '))},
                 if (robotassiastanse %in% c(0,1)){paste0('Minimalinvasiv: ', c('Konv. laparoskopi', 'Robotassistert')[robotassiastanse+1])},
                 if (ny_stomi %in% c(0,1)){paste0('Ny stomi: ', c('Nei', 'Ja')[ny_stomi+1])},
                 if (ny_anastomose %in% c(0,1)){paste0('Ny anastomose: ', c('Nei', 'Ja')[ny_anastomose+1])},
                 if (accordion[1] != '') {paste0('AccordionGrad: ',
                                                 paste(c("<3", "", 3:6)[sort(as.numeric(accordion))], collapse=','))},
                 if (!kun_ferdigstilte){'Ikke-ferdigstilte oppfølginger inkludert: Ja'}
  )


  UtData <- list(RegData=RegData, utvalgTxt=utvalgTxt, fargepalett=fargepalett) #GronnHNpms624,
  return(invisible(UtData))
}