norgast: Resultatrapporter for NORGAST

Documented in overlevelse overlevelse_UI

#' UI-modul for overlevelesesfigurer i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return Modul overlevelesesfigurer
#'
#' @export
overlevelse_UI <- function(id){
  ns <- shiny::NS(id)

  fluidRow(
    column(
      2,
      style = "background-color:#ecf0f1",
      id = ns("id_overlevelse_panel"),
      h4(tags$b('Utvalg 1')),
      br(),
      # checkboxInput(inputId = ns("kun_ferdigstilte"),
      #               label = "Inkludér kun komplette forløp
      #               (også oppfølging ferdigstilt). Gjelder begge utvalg",
      #               value = TRUE),
      # checkboxInput(ns("inkl_konf"), label = 'Inkluder konfidensintervall'),
      dateRangeInput(
        inputId=ns("datovalg"),
        label = "Operasjonsdato fra og til",
        min = '2014-01-01',
        max = Sys.Date(),
        start  = lubridate::floor_date(lubridate::today() -
                                         lubridate::years(5), unit = "year"),
        end = Sys.Date(), language = "nb", separator = " til "),
      selectInput(inputId = ns("enhetsUtvalg"),
                  label = "Velg enhet",
                  choices = c('Hele landet'=0, 'Egen avdeling'=2)),
      uiOutput(ns("valgtShus_ui")),
      uiOutput(ns("tilgang_utvidet_ui")),
      sliderInput(inputId=ns("alder"), label = "Alder", min = 0,
                  max = 120, value = c(0, 120)),
      selectInput(inputId = ns("erMann"), label = "Kjønn",
                  choices = c('Begge'=99, 'Kvinne'=0, 'Mann'=1)),
      selectInput(inputId = ns("elektiv"), label = "Tidspunkt for operasjonsstart",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Innenfor normalarbeidstid'=1,
                              'Utenfor normalarbeidstid'=0)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad"), label = "Hastegrad",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=2)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad_hybrid"),
                  label = "Hastegrad, hybrid (bruker hastegrad når den finnes,
                  ellers tidspkt for op.start)",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=0)),
      uiOutput(ns("op_gruppe_ui")),
      uiOutput(outputId = ns('ncsp')),
      uiOutput(ns("BMI_ui")),
      sliderInput(inputId=ns("PRS"), label = "mE-PASS", min = 0, max = 2.2,
                  value = c(0, 2.2), step = 0.05),
      uiOutput(ns("ASA_ui")),
      selectInput(inputId = ns("modGlasgow"), label = "Modified Glasgow score",
                  choices = 0:2, multiple = TRUE),
      uiOutput(ns("whoEcog_ui")),
      selectInput(inputId = ns("forbehandling"),
                  label = "Onkologisk forbehandling", multiple = TRUE,
                  choices = c('Cytostatika'=1, 'Stråleterapi'=2,
                              'Komb. kjemo/radioterapi'=3, 'Ingen'=4)),
      selectInput(inputId = ns("malign"), label = "Diagnose",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Malign'=1, 'Benign'=0)),
      uiOutput(outputId = ns('icd')),
      selectInput(inputId = ns("accordion"), label = "Accordiongrad",
                  multiple = TRUE,
                  choices = c('<3'=1, '3'=3, '4'=4, '5'=5, '6'=6)),
      tags$hr(),
      actionButton(ns("reset_input"), "Nullstill valg")
    ),
    column(
      8,
      fluidRow(
        column(
          4,
          h4("Trykk her for å generere figur etter at du har gjort dine ønskede utvalg: "),
          actionButton(ns("goButton"), "Beregn!")),
        column(
          4,
          checkboxInput(inputId = ns("kun_ferdigstilte"),
                        label = "Inkludér kun komplette forløp
                    (også oppfølging ferdigstilt). Gjelder begge utvalg",
                        value = TRUE)),
        column(
          4,
          checkboxInput(ns("inkl_konf"), label = 'Inkluder konfidensintervall'))
      ),
      br(),
      tabsetPanel(
        tabPanel("Versjon 1",
                 h2("Kaplan-Meier overlevelseskurver", align='center'),
                 h4("Her kan du plotte overlevelseskurver for to distinkte utvalg. Det er
      ikke helt rett frem å bruke verktøyet, og brukeren bør være oppmerksom på
         måten utvalgene gjøres: "),

                 div(class = "container", style ="margin-right:(@gutter / 10)" ,
                     tags$ul(
                       tags$li(h4("Hvis en pasient har flere forløp i ett enkelt utvalg
            ('Utvalg 1' eller 'Utvalg 2') benyttes forløpet med den
                            tidligst forekommende operasjonen")),
                       tags$li(h4("Dersom en pasient har forløp i både 'Utvalg 1' og
                       'Utvalg 2' så velges det eldste forløpet.")),
                       tags$li(h4("Hvis det eldste forløpet finnes i både 'Utvalg 1' og
            'Utvalg 2' eller hvis 'Utvalg 1' og 'Utvalg 2 'sitt eldste forløp
            faller på samme dato, så knyttes pasienten til 'Utvalg 1'.
            Dette innebærer at man potensielt kan få litt forskjellige
            resultater hvis du f.eks. ser på 'Åpen' i 'Utvalg 1' mot
            'Laparoskopisk' i 'Utvalg 2' kontra 'Laparoskopisk' i 'Utvalg 1'
                       mot 'Åpen' i 'Utvalg 2'.")),
                       tags$li(h4("Hvis man vil unngå noen av problemene tilknyttet
            pasienter som finnes i begge utvalg så kan det krysses av for 'Fjern
                       pasienter med forløp som tilfredsstiller begge utvalg'")),
                       tags$li(h4("Å ikke gjøre utvalg impliserer at alle pasienter velges.
            Dette innebærer at hvis man kun gjør utvalg på ventresiden
            ('Utvalg 1'), så vil 'Utvalg 2' bestå av alle pasienter som ikke er
            i 'Utvalg 1'. Gjør du imidlertid kun utvalg på høyresiden
                       ('Utvalg 2'), så vil 'Utvalg 2' forbli tom siden alle
                       valgte forløp også finnes i 'Utvalg 1'."))
                     )
                 ),
                 br(),
                 # actionButton(ns("goButton"), "Beregn!"),
                 br(),
                 fluidRow(
                   column(7,
                          plotOutput(ns("Figur_surv"))),
                   column(
                     4, offset = 1,
                     uiOutput(ns("utvalg")),
                     br(),
                     checkboxInput(ns("ekskluder_felles"),
                                   label = 'Fjern pasienter med forløp som tilfredsstiller
                        begge utvalg'),
                     br(),
                     br(),
                     selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat",
                                 choices = c('pdf', 'png', 'jpg', 'bmp', 'tif', 'svg')),
                     textInput(ns("tittel"), "Angi tittel for lagret plot", ""),
                     downloadButton(ns("lastNedBilde"), "Last ned figur"))
                 )
        ),
        tabPanel("Versjon 2",
                 h2("Kaplan-Meier overlevelseskurver", align='center'),
                 h4("Forenklet versjon hvor pasienter og forløp tillates å være i begge utvalg.
                    Hver pasient kan også ha flere forløp."),
                 br(),
                 # actionButton(ns("goButton2"), "Beregn!"),
                 # checkboxInput(ns("inkl_konf2"), label = 'Inkluder konfidensintervall'),
                 br(),
                 fluidRow(
                   column(7,
                          plotOutput(ns("Figur_surv2"))),
                   column(
                     4, offset = 1,
                     uiOutput(ns("utvalg2")),
                     br(),
                     checkboxInput(ns("ekskluder_felles2"),
                                   label = 'Fjern forløp som tilfredsstiller
                        begge utvalg'),
                     br(),
                     br(),
                     selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat",
                                 choices = c('pdf', 'png', 'jpg', 'bmp', 'tif', 'svg')),
                     textInput(ns("tittel"), "Angi tittel for lagret plot", ""),
                     downloadButton(ns("lastNedBilde2"), "Last ned figur"))
                 )
        )
      )
    ),
    column(
      2,
      style = "background-color:#ecf0f1",
      id = ns("id_overlevelse_panel2"),
      h4(tags$b('Utvalg 2')),
      br(),
      dateRangeInput(
        inputId=ns("datovalg2"), label = "Operasjonsdato fra og til",
        min = '2014-01-01',
        max = Sys.Date(),
        start  = lubridate::floor_date(lubridate::today() - lubridate::years(5),
                                       unit = "year"),
        end = Sys.Date(), language = "nb", separator = " til "),
      selectInput(inputId = ns("enhetsUtvalg2"), label = "Velg enhet",
                  choices = c('Hele landet'=0, 'Egen avdeling'=2)),
      uiOutput(ns("valgtShus2_ui")),
      uiOutput(ns("tilgang_utvidet2_ui")),
      sliderInput(inputId=ns("alder2"), label = "Alder", min = 0,
                  max = 120, value = c(0, 120)),
      selectInput(inputId = ns("erMann2"), label = "Kjønn",
                  choices = c('Begge'=99, 'Kvinne'=0, 'Mann'=1)),
      selectInput(inputId = ns("elektiv2"),
                  label = "Tidspunkt for operasjonsstart",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Innenfor normalarbeidstid'=1,
                              'Utenfor normalarbeidstid'=0)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad2"), label = "Hastegrad",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=2)),
      selectInput(inputId = ns("hastegrad_hybrid2"),
                  label = "Hastegrad, hybrid (bruker hastegrad når den finnes,
                  ellers tidspkt for op.start)",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Elektiv'=1, 'Akutt'=0)),
      uiOutput(ns("op_gruppe2_ui")),
      uiOutput(outputId = ns('ncsp2')),
      uiOutput(ns("BMI2_ui")),
      sliderInput(inputId=ns("PRS2"), label = "mE-PASS", min = 0,
                  max = 2.2, value = c(0, 2.2), step = 0.05),
      uiOutput(ns("ASA2_ui")),
      selectInput(inputId = ns("modGlasgow2"), label = "Modified Glasgow score",
                  choices = 0:2, multiple = TRUE),
      uiOutput(ns("whoEcog2_ui")),
      selectInput(inputId = ns("forbehandling2"),
                  label = "Onkologisk forbehandling", multiple = TRUE,
                  choices = c('Cytostatika'=1, 'Stråleterapi'=2,
                              'Komb. kjemo/radioterapi'=3, 'Ingen'=4)),
      selectInput(inputId = ns("malign2"), label = "Diagnose",
                  choices = c('Ikke valgt'=99, 'Malign'=1, 'Benign'=0)),
      uiOutput(outputId = ns('icd2')),
      selectInput(inputId = ns("accordion2"), label = "Accordiongrad",
                  multiple = TRUE,
                  choices = c('<3'=1, '3'=3, '4'=4, '5'=5, '6'=6)),
      tags$hr(),
      actionButton(ns("reset_input2"), "Nullstill valg"))
  )

}


#' Server-modul for overlevelesesfigurer i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
#'
#' Kun til bruk i Shiny
#'
#' @return Modul overlevelesesfigurer
#'
#' @export
overlevelse <- function(input, output, session, reshID, RegData,
                        userRole, hvd_session, BrValg){

  feilreg <- which(RegData$OpDoedTid<0)
  if (length(feilreg) != 0) {
    RegData <- RegData[-which(RegData$OpDoedTid<0), ] #feilregistreringer: død før operasjon
  }
  RegData <- RegData[!(RegData$Avdod == 1 & is.na(RegData$OpDoedTid)), ] #manglende data: død men ingen dødsdato
  RegData$OpDoedTid[RegData$OpDoedTid==0] <- 0.5 #Døde ved dag 0 settes til 0.5 for å inkluderes i analysen

  observeEvent(input$reset_input, {
    shinyjs::reset("id_overlevelse_panel")
  })
  observeEvent(input$reset_input2, {
    shinyjs::reset("id_overlevelse_panel2")
  })

  # observe(
  #   if (userRole != 'SC') {
  #     shinyjs::hide(id = 'valgtShus')
  #     shinyjs::hide(id = 'valgtShus2')
  #   })

  observe(
    if (userRole == 'SC') {
      shinyjs::hide(id = 'enhetsUtvalg')
      shinyjs::hide(id = 'enhetsUtvalg2')
    })

  output$ncsp <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (!is.null(input$op_gruppe)) {
      selectInput(inputId = ns("ncsp_verdi"),
                  label = "NCSP koder (velg en eller flere)",
                  choices = if (!is.null(input$op_gruppe)) {
                    RegData %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon, Op_gr) %>%
                      dplyr::filter(Op_gr %in% as.numeric(input$op_gruppe)) %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon) %>%
                      unique() %>%
                      dplyr::arrange(Hovedoperasjon) %>%
                      dplyr::mutate(NCSP = substr(Hovedoperasjon, 1, 5)) %>%
                      dplyr::pull(NCSP, Hovedoperasjon)
                  }, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$ncsp2 <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (!is.null(input$op_gruppe2)) {
      selectInput(inputId = ns("ncsp_verdi2"),
                  label = "NCSP koder (velg en eller flere)",
                  choices = if (!is.null(input$op_gruppe)) {
                    RegData %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon, Op_gr) %>%
                      dplyr::filter(Op_gr %in% as.numeric(input$op_gruppe2)) %>%
                      dplyr::select(Hovedoperasjon) %>%
                      unique() %>%
                      dplyr::arrange(Hovedoperasjon) %>%
                      dplyr::mutate(NCSP = substr(Hovedoperasjon, 1, 5)) %>%
                      dplyr::pull(NCSP, Hovedoperasjon)
                  }, multiple = TRUE)
    }
  })



  output$valgtShus_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (userRole == 'SC') {
      selectInput(inputId = ns("valgtShus"), label = "Velg sykehus",
                  choices = BrValg$sykehus, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$valgtShus2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    if (userRole == 'SC') {
      selectInput(inputId = ns("valgtShus2"), label = "Velg sykehus",
                  choices = BrValg$sykehus, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$op_gruppe_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("op_gruppe"), label = "Velg reseksjonsgruppe(r)",
                choices = BrValg$reseksjonsgrupper, multiple = TRUE)
  })

  output$op_gruppe2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("op_gruppe2"), label = "Velg reseksjonsgruppe(r)",
                choices = BrValg$reseksjonsgrupper, multiple = TRUE)
  })

  output$tilgang_utvidet_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("tilgang_utvidet"),
                label = "Tilgang i abdomen (inkl. robotassistanse)",
                choices = BrValg$tilgang_utvidet, multiple = TRUE)
  })

  output$tilgang_utvidet2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("tilgang_utvidet2"),
                label = "Tilgang i abdomen (inkl. robotassistanse)",
                choices = BrValg$tilgang_utvidet, multiple = TRUE)
  })

  output$BMI_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("BMI"), label = "BMI",
                choices = BrValg$bmi_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$BMI2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("BMI2"), label = "BMI",
                choices = BrValg$bmi_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$ASA_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("ASA"), label = "ASA-grad",
                choices = BrValg$ASA_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$ASA2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("ASA2"), label = "ASA-grad",
                choices = BrValg$ASA_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$whoEcog_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("whoEcog"), label = "WHO ECOG score",
                choices = BrValg$whoEcog_valg, multiple = TRUE)
  })

  output$whoEcog2_ui <- renderUI({
    ns <- session$ns
    selectInput(inputId = ns("whoEcog2"), label = "WHO ECOG score",
                choices = BrValg$whoEcog_valg, multiple = TRUE)
  })



  output$icd <- renderUI({
    ns <- session$ns
    Utvalg1 <- NorgastUtvalg(RegData = RegData,
                             op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe)) {input$op_gruppe} else {''},
                             ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi)) {input$ncsp_verdi} else {''},
                             malign = as.numeric(input$malign))
    Utvalg1 <- Utvalg1$RegData
    diagnoser <- names(sort(table(Utvalg1$Hoveddiagnose2), decreasing = T))
    if (!is.null(diagnoser)) {
      selectInput(inputId = ns("icd_verdi"), label = "Spesifiser ICD-10 koder (velg en eller flere)",
                  choices = diagnoser, multiple = TRUE)
    }
  })

  output$icd2 <- renderUI({
    ns <- session$ns
    Utvalg1 <- NorgastUtvalg(RegData = RegData,
                             op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe2)) {input$op_gruppe2} else {''},
                             ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi2)) {input$ncsp_verdi2} else {''},
                             malign = as.numeric(input$malign2))
    Utvalg1 <- Utvalg1$RegData
    diagnoser <- names(sort(table(Utvalg1$Hoveddiagnose2), decreasing = T))
    if (!is.null(diagnoser)) {
      selectInput(inputId = ns("icd_verdi2"), label = "Spesifiser ICD-10 koder (velg en eller flere)",
                  choices = diagnoser, multiple = TRUE)
    }
  })

  calc_overlevelse <- function() {

    input$goButton

    # feilreg <- which(RegData$OpDoedTid<0)
    # if (length(feilreg) != 0) {
    #   RegData <- RegData[-which(RegData$OpDoedTid<0), ] #feilregistreringer: død før operasjon
    # }
    # RegData <- RegData[!(RegData$Avdod == 1 & is.na(RegData$OpDoedTid)), ] #manglende data: død men ingen dødsdato
    # RegData$OpDoedTid[RegData$OpDoedTid==0] <- 0.5 #Døde ved dag 0 settes til 0.5 for å inkluderes i analysen

    Utvalg1 <- shiny::isolate(NorgastUtvalg(RegData = RegData, datoFra = input$datovalg[1], datoTil = input$datovalg[2],
                                            minald=as.numeric(input$alder[1]), maxald=as.numeric(input$alder[2]), erMann = as.numeric(input$erMann),
                                            elektiv = as.numeric(input$elektiv), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad),
                                            hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
                                            BMI = if (!is.null(input$BMI)) {input$BMI} else {''},
                                            valgtShus = if (!is.null(input$valgtShus)) {input$valgtShus} else {''},
                                            op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe)) {input$op_gruppe} else {''},
                                            ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi)) {input$ncsp_verdi} else {''},
                                            # tilgang = if (!is.null(input$tilgang)) {input$tilgang} else {''},
                                            tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet)) {input$tilgang_utvidet} else {''},
                                            minPRS = as.numeric(input$PRS[1]), maxPRS = as.numeric(input$PRS[2]),
                                            ASA = if (!is.null(input$ASA)) {input$ASA} else {''},
                                            modGlasgow = if (!is.null(input$modGlasgow)) {input$modGlasgow} else {''},
                                            whoEcog = if (!is.null(input$whoEcog)) {input$whoEcog} else {''},
                                            forbehandling = if (!is.null(input$forbehandling)) {input$forbehandling} else {''},
                                            malign = as.numeric(input$malign), kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
                                            icd = if (!is.null(input$icd_verdi)) {input$icd_verdi} else {''},
                                            accordion = if (!is.null(input$accordion)) {input$accordion} else {''}))
    Utvalg1data <- Utvalg1$RegData
    shiny::isolate(if (!is.null(input$valgtShus)) {
      Utvalg1data <- Utvalg1data[which(Utvalg1data$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus)), ]
    })
    shiny::isolate(if (!is.null(input$enhetsUtvalg)) {
      if (input$enhetsUtvalg == 2) {Utvalg1data <- Utvalg1data[which(Utvalg1data$AvdRESH == reshID), ]}
    })
    Utvalg1data$Utvalg <- 1
    Utvalg1data <- Utvalg1data[order(Utvalg1data$HovedDato, decreasing = F), ]                  # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
    Utvalg1data <- Utvalg1data[match(unique(Utvalg1data$PasientID), Utvalg1data$PasientID), ]   # første operasjon i utvalget

    Utvalg2 <- shiny::isolate(NorgastUtvalg(RegData = RegData, datoFra = input$datovalg2[1], datoTil = input$datovalg2[2],
                                            minald=as.numeric(input$alder2[1]), maxald=as.numeric(input$alder2[2]), erMann = as.numeric(input$erMann2),
                                            elektiv = as.numeric(input$elektiv2), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad2),
                                            hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid2),
                                            BMI = if (!is.null(input$BMI2)) {input$BMI2} else {''},
                                            valgtShus = if (!is.null(input$valgtShus2)) {input$valgtShus2} else {''},
                                            op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe2)) {input$op_gruppe2} else {''},
                                            ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi2)) {input$ncsp_verdi2} else {''},
                                            # tilgang = if (!is.null(input$tilgang2)) {input$tilgang2} else {''},
                                            tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet2)) {input$tilgang_utvidet2} else {''},
                                            minPRS = as.numeric(input$PRS2[1]), maxPRS = as.numeric(input$PRS2[2]),
                                            ASA = if (!is.null(input$ASA2)) {input$ASA2} else {''},
                                            modGlasgow = if (!is.null(input$modGlasgow2)) {input$modGlasgow2} else {''},
                                            whoEcog = if (!is.null(input$whoEcog2)) {input$whoEcog2} else {''},
                                            forbehandling = if (!is.null(input$forbehandling2)) {input$forbehandling2} else {''},
                                            malign = as.numeric(input$malign2), kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
                                            icd = if (!is.null(input$icd_verdi2)) {input$icd_verdi2} else {''},
                                            accordion = if (!is.null(input$accordion2)) {input$accordion2} else {''}))
    Utvalg2data <- Utvalg2$RegData
    shiny::isolate(if (!is.null(input$valgtShus2)) {
      Utvalg2data <- Utvalg2data[which(Utvalg2data$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus2)), ]
    })
    shiny::isolate(if (!is.null(input$enhetsUtvalg2)) {
      if (input$enhetsUtvalg2 == 2) {Utvalg2data <- Utvalg2data[which(Utvalg2data$AvdRESH == reshID), ]}
    })
    Utvalg2data$Utvalg <- 2
    Utvalg2data <- Utvalg2data[order(Utvalg2data$HovedDato, decreasing = F), ]                   # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
    Utvalg2data <- Utvalg2data[match(unique(Utvalg2data$PasientID), Utvalg2data$PasientID), ]   # første operasjon i utvalget

    utdata <- list(Utvalg1 = Utvalg1data, Utvalg2 = Utvalg2data, utvalgTxt1 = Utvalg1$utvalgTxt, utvalgTxt2 = Utvalg2$utvalgTxt)

    # Samlet <- dplyr::bind_rows(Utvalg1data, Utvalg2data)
    Samlet <- dplyr::bind_rows(Utvalg1data, Utvalg2data[!(Utvalg2data$ForlopsID %in% Utvalg1data$ForlopsID), ]) # Fjerner forløp fra utvalg 2
    # som finnes i utvalg 1
    Samlet <- Samlet[order(Samlet$HovedDato, decreasing = F), ]                   # Hvis pasient opptrer flere ganger, velg
    Samlet <- Samlet[match(unique(Samlet$PasientID), Samlet$PasientID), ]         # første operasjon i utvalget

    if (input$ekskluder_felles) {
      Samlet <- Samlet[!(Samlet$PasientID %in% intersect(Utvalg1data$PasientID,
                                                         Utvalg2data$PasientID[!(Utvalg2data$ForlopsID %in% Utvalg1data$ForlopsID)])), ]
    }

    Samlet$overlev <- difftime(as.Date(Sys.Date()), Samlet$OperasjonsDato, units = 'days')
    Samlet$overlev[Samlet$Avdod==1] <- Samlet$OpDoedTid[Samlet$Avdod==1]
    Samlet$overlev <- as.numeric(Samlet$overlev)
    Samlet$SurvObj <- with(Samlet, survival::Surv(overlev, Avdod == 1))

    fit1 <- survival::survfit(SurvObj ~ Utvalg, data = Samlet)

    utdata$Samlet <- Samlet
    utdata$fit1 <- fit1

    return(utdata)
  }

  calc_overlevelse_v2 <- function() {

    input$goButton

    Utvalg1 <- shiny::isolate(
      NorgastUtvalg(
        RegData = RegData, datoFra = input$datovalg[1],
        datoTil = input$datovalg[2],
        minald=as.numeric(input$alder[1]),
        maxald=as.numeric(input$alder[2]), erMann = as.numeric(input$erMann),
        elektiv = as.numeric(input$elektiv), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad),
        hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
        BMI = if (!is.null(input$BMI)) {input$BMI} else {''},
        valgtShus = if (!is.null(input$valgtShus)) {input$valgtShus} else {''},
        op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe)) {input$op_gruppe} else {''},
        ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi)) {input$ncsp_verdi} else {''},
        # tilgang = if (!is.null(input$tilgang)) {input$tilgang} else {''},
        tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet)) {input$tilgang_utvidet} else {''},
        minPRS = as.numeric(input$PRS[1]), maxPRS = as.numeric(input$PRS[2]),
        ASA = if (!is.null(input$ASA)) {input$ASA} else {''},
        modGlasgow = if (!is.null(input$modGlasgow)) {input$modGlasgow} else {''},
        whoEcog = if (!is.null(input$whoEcog)) {input$whoEcog} else {''},
        forbehandling = if (!is.null(input$forbehandling)) {input$forbehandling} else {''},
        malign = as.numeric(input$malign), kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
        icd = if (!is.null(input$icd_verdi)) {input$icd_verdi} else {''},
        accordion = if (!is.null(input$accordion)) {input$accordion} else {''}))
    Utvalg1data <- Utvalg1$RegData
    shiny::isolate(if (!is.null(input$valgtShus)) {
      Utvalg1data <- Utvalg1data[which(Utvalg1data$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus)), ]
    })
    shiny::isolate(if (!is.null(input$enhetsUtvalg)) {
      if (input$enhetsUtvalg == 2) {Utvalg1data <- Utvalg1data[which(Utvalg1data$AvdRESH == reshID), ]}
    })
    Utvalg1data$Utvalg <- 1

    Utvalg2 <- shiny::isolate(
      NorgastUtvalg(
        RegData = RegData, datoFra = input$datovalg2[1],
        datoTil = input$datovalg2[2],
        minald=as.numeric(input$alder2[1]),
        maxald=as.numeric(input$alder2[2]), erMann = as.numeric(input$erMann2),
        elektiv = as.numeric(input$elektiv2), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad2),
        hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid2),
        BMI = if (!is.null(input$BMI2)) {input$BMI2} else {''},
        valgtShus = if (!is.null(input$valgtShus2)) {input$valgtShus2} else {''},
        op_gruppe = if (!is.null(input$op_gruppe2)) {input$op_gruppe2} else {''},
        ncsp = if (!is.null(input$ncsp_verdi2)) {input$ncsp_verdi2} else {''},
        # tilgang = if (!is.null(input$tilgang2)) {input$tilgang2} else {''},
        tilgang_utvidet = if (!is.null(input$tilgang_utvidet2)) {input$tilgang_utvidet2} else {''},
        minPRS = as.numeric(input$PRS2[1]), maxPRS = as.numeric(input$PRS2[2]),
        ASA = if (!is.null(input$ASA2)) {input$ASA2} else {''},
        modGlasgow = if (!is.null(input$modGlasgow2)) {input$modGlasgow2} else {''},
        whoEcog = if (!is.null(input$whoEcog2)) {input$whoEcog2} else {''},
        forbehandling = if (!is.null(input$forbehandling2)) {input$forbehandling2} else {''},
        malign = as.numeric(input$malign2), kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
        icd = if (!is.null(input$icd_verdi2)) {input$icd_verdi2} else {''},
        accordion = if (!is.null(input$accordion2)) {input$accordion2} else {''}))
    Utvalg2data <- Utvalg2$RegData
    shiny::isolate(if (!is.null(input$valgtShus2)) {
      Utvalg2data <- Utvalg2data[which(Utvalg2data$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus2)), ]
    })
    shiny::isolate(if (!is.null(input$enhetsUtvalg2)) {
      if (input$enhetsUtvalg2 == 2) {Utvalg2data <- Utvalg2data[which(Utvalg2data$AvdRESH == reshID), ]}
    })
    Utvalg2data$Utvalg <- 2
    utdata <- list(Utvalg1 = Utvalg1data, Utvalg2 = Utvalg2data, utvalgTxt1 = Utvalg1$utvalgTxt, utvalgTxt2 = Utvalg2$utvalgTxt)
    Samlet <- dplyr::bind_rows(Utvalg1data, Utvalg2data)

    fellesforlop <- intersect(Utvalg1data$ForlopsID, Utvalg2data$ForlopsID)

    if (input$ekskluder_felles2) {
      Samlet <- Samlet[!(Samlet$ForlopsID %in% fellesforlop), ]
    }

    Samlet$overlev <- difftime(as.Date(Sys.Date()), Samlet$OperasjonsDato, units = 'days')
    Samlet$overlev[Samlet$Avdod==1] <- Samlet$OpDoedTid[Samlet$Avdod==1]
    Samlet$overlev <- as.numeric(Samlet$overlev)
    Samlet$SurvObj <- with(Samlet, survival::Surv(overlev, Avdod == 1))

    fit1 <- survival::survfit(SurvObj ~ Utvalg, data = Samlet)

    utdata$Samlet <- Samlet
    utdata$fit1 <- fit1

    return(utdata)
  }


  output$Figur_surv <- renderPlot({
    overlevdata <- calc_overlevelse()
    survminer::ggsurvplot(overlevdata$fit1, data = overlevdata$Samlet,
                          pval = TRUE, conf.int = input$inkl_konf, fun = "pct",
                          risk.table = TRUE, legend = "bottom")
  })

  output$Figur_surv2 <- renderPlot({
    overlevdata <- calc_overlevelse_v2()
    survminer::ggsurvplot(overlevdata$fit1, data = overlevdata$Samlet,
                          pval = TRUE, conf.int = input$inkl_konf, fun = "pct",
                          risk.table = TRUE, legend = "bottom")
  })
  # }, width = 800, height = 800) #


  output$utvalg <- renderUI({
    utvlgdata <- calc_overlevelse()
    tagList(
      h4('Utvalg 1:'),
      h5(HTML(paste0(utvlgdata$utvalgTxt1, '<br />'))),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$valgtShus)) {
        HTML(paste0("Avdeling(er): ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg1$Sykehusnavn), collapse=', ')))
      })),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$enhetsUtvalg)) {
        if (input$enhetsUtvalg == 2) {HTML(paste0("Avdeling: ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg1$Sykehusnavn), collapse=', ')))}
      })),
      br(),
      br(),
      h4('Utvalg 2:'),
      h5(HTML(paste0(utvlgdata$utvalgTxt2, '<br />'))),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$valgtShus2)) {
        HTML(paste0("Avdeling(er): ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg2$Sykehusnavn), collapse=', ')))
      })),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$enhetsUtvalg2)) {
        if (input$enhetsUtvalg2 == 2) {HTML(paste0("Avdeling: ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg2$Sykehusnavn), collapse=', ')))}
      })),
      br(),
      br(),
      h4('Merknad:'),
      if (input$ekskluder_felles) {
        h5(paste0(length(setdiff(utvlgdata$Utvalg1$PasientID, utvlgdata$Samlet$PasientID[utvlgdata$Samlet$Utvalg==1])),
                  ' pasienter er ekskludert siden de har forløp som tilfredstiller begge utvalg.'))
      } else {
        h5(paste0(length(setdiff(utvlgdata$Utvalg1$PasientID, utvlgdata$Samlet$PasientID[utvlgdata$Samlet$Utvalg==1])),
                  ' av ', dim(utvlgdata$Utvalg1)[1], ' pasienter er ekskludert fra utvalg 1 siden et forløp med eldre
                operasjonsdato på samme pasient finnes i utvalg 2. ',
                  length(setdiff(utvlgdata$Utvalg2$PasientID, utvlgdata$Samlet$PasientID[utvlgdata$Samlet$Utvalg==2])),
                  ' av ', dim(utvlgdata$Utvalg2)[1], ' pasienter er ekskludert fra utvalg 2 siden samme forløp eller et forløp med eldre eller samme
                operasjonsdato på samme pasient finnes i utvalg 1.'))
      }
    )})

  output$utvalg2 <- renderUI({
    utvlgdata <- calc_overlevelse_v2()
    tagList(
      h4('Utvalg 1:'),
      h5(HTML(paste0(utvlgdata$utvalgTxt1, '<br />'))),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$valgtShus)) {
        HTML(paste0("Avdeling(er): ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg1$Sykehusnavn), collapse=', ')))
      })),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$enhetsUtvalg)) {
        if (input$enhetsUtvalg == 2) {HTML(paste0("Avdeling: ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg1$Sykehusnavn), collapse=', ')))}
      })),
      br(),
      br(),
      h4('Utvalg 2:'),
      h5(HTML(paste0(utvlgdata$utvalgTxt2, '<br />'))),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$valgtShus2)) {
        HTML(paste0("Avdeling(er): ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg2$Sykehusnavn), collapse=', ')))
      })),
      shiny::isolate(h5(if (!is.null(input$enhetsUtvalg2)) {
        if (input$enhetsUtvalg2 == 2) {HTML(paste0("Avdeling: ", paste(unique(utvlgdata$Utvalg2$Sykehusnavn), collapse=', ')))}
      })),
      br(),
      br(),
      h4('Merknad:'),
      if (input$ekskluder_felles) {
        h5(paste0(length(intersect(utvlgdata$Utvalg1$ForlopsID, utvlgdata$Utvalg2$ForlopsID)),
                  ' forløp er ekskludert siden forløpene tilfredstiller begge utvalg.'))
      } else {
        h5(paste0(length(intersect(utvlgdata$Utvalg1$ForlopsID, utvlgdata$Utvalg2$ForlopsID)),
                  ' forløp finnes i begge utvalg. ',
                  length(intersect(utvlgdata$Utvalg1$PasientID, utvlgdata$Utvalg2$PasientID)),
                  ' pasienter finnes i begge utvalg.'))
      }
    )})

  output$lastNedBilde <- downloadHandler(
    filename = function(){
      paste0('KM_kurve', Sys.time(), '.', input$bildeformat)
    },

    content = function(file){
      overlevdata <- calc_overlevelse()
      survp <- survminer::ggsurvplot(overlevdata$fit1, data = overlevdata$Samlet, title = input$tittel, pval = TRUE,
                                     conf.int = input$inkl_konf, fun = "pct", risk.table = TRUE, legend = "bottom")
      rapFigurer::figtype(outfile=file, pointsizePDF=11)
      print(survp, newpage = FALSE)
      dev.off()
    }
  )

  output$lastNedBilde2 <- downloadHandler(
    filename = function(){
      paste0('KM_kurve_v2', Sys.time(), '.', input$bildeformat)
    },

    content = function(file){
      overlevdata <- calc_overlevelse_v2()
      survp <- survminer::ggsurvplot(overlevdata$fit1, data = overlevdata$Samlet, title = input$tittel, pval = TRUE,
                                     conf.int = input$inkl_konf, fun = "pct", risk.table = TRUE, legend = "bottom")
      rapFigurer::figtype(outfile=file, pointsizePDF=11)
      print(survp, newpage = FALSE)
      dev.off()
    }
  )

  shiny::observe({
    if (rapbase::isRapContext()) {
      # rapbase::repLogger(
      #   session = hvd_session,
      #   msg = "NORGAST: KM-overlevelseskurve."
      # )

      shinyjs::onclick(
        "goButton",
        rapbase::repLogger(
          session = hvd_session,
          msg = "NORGAST: KM-overlevelseskurve."
        )
      )
      shinyjs::onclick(
        "lastNedBilde",
        rapbase::repLogger(
          session = hvd_session,
          msg = "NORGAST: Laster ned KM-overlevelseskurve."
        )
      )
    }
  })





}