doc/RyggKjorefilNy.R
In Rapporteket/rygg: Degenerativ Rygg, figurer, tabeller, analyser
library(rygg)
RyggData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3())
test <- unique(RyggData[,c("ReshId", "ShNavn")])
table(test$ReshId)[table(test$ReshId)>1]
table(test$ShNavn)[table(test$ShNavn)>1]
test[order(test$ShNavn),]
#110771 - 'Volvat ', 'Volvat'
# 999975 - Aleris Oslo (ingen f.o.m. 2022)
# 107511 - Aleris Oslo t.o.m. slutten av 2021
table(RyggData$ReshId, RyggData$Aar)
#Universell utforming - dvs. endre hvordan "trafikklys" legges bak søylene til kvalitetsindikatorene
valgtVar <- 'ventetidSpesOp'
KImaalGrenser <- c(0,50,80,100)
valgtVar <- 'smBePreLav'
KImaalGrenser <- c(0,3,100)
RyggData <- RyggPreprosess(RyggRegDataSQLV2V3())
RyggVarSpes <- RyggVarTilrettelegg(RegData=RyggData, valgtVar=valgtVar,
figurtype = 'andelGrVar')
grVar <- 'ShNavn'
RegData <- RyggVarSpes$RegData
sortAvtagende <- RyggVarSpes$sortAvtagende
Tittel <- RyggVarSpes$tittel
RegData <- RegData[which(RegData[ ,grVar] != ''),] #Tar ut registreringer uten grupperingsnavn
RegData[ ,grVar] <- as.factor(RegData[ ,grVar])
Ngr <- table(RegData[ ,grVar])
Ngrtxt <- as.character(Ngr)
N <- dim(RegData)[1]
AntGr <- length(which(Ngr >= 5)) #Alle som har gyldig resultat
AndelHele <- round(100*sum(RegData$Variabel)/N, 2)
AndelerGr <- round(100*tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], sum, na.rm=T)/Ngr,2)
GrNavn <- names(Ngr)
xAkseTxt <- "Andel opphold (%)"
indGrUt <- which(Ngr < 5)
# if (sum(indGrUt)>0) {
# AndelGrUt <- sum(AndelerGr[indGrUt]*Ngr[indGrUt], na.rm = T)/sum(Ngr[indGrUt])
# AndelerGr <- c(AndelerGr[-indGrUt],AndelGrUt) #AndelerGr[indGrUt] <- NA
# GrUtNavn <- paste0(length(indGrUt), ' avd. med N<',5)
# Ngrtxt <- c(Ngr[-indGrUt],sum(Ngr[indGrUt])) #Ngrtxt[indGrUt] <- paste0('<', Ngrense)
# GrNavn <- c(GrNavn[-indGrUt], GrUtNavn) #paste0(c(GrNavn[-indGrUt], GrUtNavn),' (',Ngrtxt , ')')
# }
fargepalett <- 'BlaaOff'
sortInd <- order(as.numeric(AndelerGr), decreasing=sortAvtagende, na.last = FALSE)
AndelerGrSort <- AndelerGr[sortInd]
GrNavnSort <- GrNavn[sortInd]
Ngrtxt <- Ngrtxt[sortInd]
andeltxtUsort <- paste0(sprintf('%.1f',AndelerGr), ' %')
andeltxt <- andeltxtUsort[sortInd]
outfile <- ''
utvalgTxt <- 'hei hei'
#Figur
cexShNavn <- 0.9 #0.85
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, height=3*800, fargepalett=fargepalett)
farger <- FigTypUt$farger
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- max(0, strwidth(GrNavnSort, units='figure', cex=cexShNavn)*0.8)
#NB: strwidth oppfører seg ulikt avh. av device...
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1))) #Har alltid datoutvalg med
xmax <- min(max(AndelerGrSort, na.rm=T),100)*1.15
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(AndelerGrSort)), horiz=T, border=NA, col=farger[4], #main=Tittel,
xlim=c(0,xmax), ylim=c(0.05, 1.25)*length(GrNavnSort), font.main=1, #xlab='Andel (%)',
las=1, cex.names=cexShNavn*0.9))
ybunn <- 0.1
ytopp <- max(pos)+0.4 #rev(pos)[AntGr]+1
#Legge på målnivå
antMaalNivaa <- length(KImaalGrenser)-1
rekkef <- 1:antMaalNivaa
if (sortAvtagende == TRUE) {rekkef <- rev(rekkef)}
fargerMaalNiva <- c('#4fc63f', '#fbf850', '#c6312a')[rekkef]
tetth <- c(100, 70,15)[rekkef]
maalOppTxt <- c('Høy', 'Moderat til lav', 'Lav')[rekkef]
if (antMaalNivaa==3) {maalOppTxt[2] <- 'Moderat' }
rect(xleft=KImaalGrenser[1:antMaalNivaa], ybottom=0, xright=KImaalGrenser[2:(antMaalNivaa+1)],
ytop=max(pos)+0.4, col = fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa],
density = tetth, angle = 60, border = NA) #add = TRUE, #pos[AntGrNgr+1],
legPos <- ifelse(AntGr < 31, ifelse(AntGr < 15, -1, -2.5), -3.5)
legend(x=xmax, y=ytopp, xjust=1, yjust=0, ncol=antMaalNivaa+1,
density = c(NA, tetth),
angle = c(NA,rep(60, antMaalNivaa)),
fill=c('white', fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa]),
xpd=TRUE, border=NA, box.col='white',cex=0.8, pt.cex=1.5,
legend=c('Måloppnåelse:', maalOppTxt[1:antMaalNivaa])) #,
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(AndelerGrSort)), horiz=T, border=NA, col=farger[4],
xlim=c(0,xmax), ylim=c(0.05, 1.25)*length(GrNavnSort), font.main=1, #xlab='Andel (%)',
las=1, cex.names=cexShNavn*0.9, add=T))
mtext('Andel (%)', side=1, line=2)
#Linje for hele landet/utvalget:
lines(x=rep(AndelHele, 2), y=c(ybunn, ytopp), col=farger[2], lwd=2)
legend('topright', xjust=1, cex=1, lwd=2, col=farger[2],
legend=paste0('hovedgrTxt', ' (', sprintf('%.1f',AndelHele), '%), ', 'N=', N),
bty='o', bg='white', box.col='white')
mtext(at=pos+max(pos)*0.0045, paste0(GrNavnSort,' (',Ngrtxt , ')'), side=2, las=1, cex=cexShNavn, adj=1, line=0.25) #Legge på navn som eget steg
title(Tittel, line=1, font.main=1, cex.main=1.3)
text(x=AndelerGrSort+xmax*0.01, y=pos+0.1, andeltxt,
las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1]) #Andeler, hvert sykehus
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
#------------------------------------
RegDataV3AVN <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM allevarnum')
RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl
#Fritekstfeltet i spørsmålet ovenfor (Hvis ja, hviket?) «SpesTrombProfyl» (navn i repporteket) er en variabel som ikke kommer med i uttrekket fra rapporteket.
#Vi har fått forespørsel fra Ålesund ( ReshId: 102483) om å se på innholdet i denne variabelen (Ålesund sykehus for 2022).
#Vi vil da trenge en fil som inneholder PID + opr.dato + SpesTrombProfy + ReshId.
ind <- which(lubridate::year(RegDataV3AVN$OpDato)==2022 & RegDataV3AVN$AvdRESH==102483 & RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl==1)
Aalesund <- RegDataV3AVN[ind,
c('PasientID', 'OpDato', 'AvdRESH','PostopTrombProfyl', 'SpesTrombProfyl')]
write.csv2(Aalesund, file = 'Aalesund.csv', row.names = F)
#Kunne jeg også få en frekvenstabell på alle sykehus på hva som er registrert SpesTrombProfyl.
InnholdSpesTrombProfyl <- table(RegDataV3AVN$SpesTrombProfyl[RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl==1])
table(RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl)
write.csv2(InnholdSpesTrombProfyl, file = 'Frekv_SpesTrombProfyl.csv', row.names = F)
#Sjekk
library(rygg)
library(magrittr)
RegData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3())
forsinketReg(RegData=RegData, fraDato=Sys.Date()-400,
tilDato=Sys.Date()-100, forsinkelse=100, reshID=601161)
Rygg22 <- RyggRegDataSQLgml(datoFra = '2022-01-01', datoTil = '2022-12-31')
RyggV3 <- RyggRegDataSQLgml(datoFra = '2023-01-01')
tab <- table(RyggV3[ ,c('SykehusNavn', "HelseRegion")])
write.csv2(tab, file = 'ShNavnRHF.csv', enc)
#----Sjekk av Ferdig1b3mnd----
forl3mndIkkeFunnet <- c(16811, 17244, 17947, 18187, 22301, 16622)
tab <- ePROMadmTab[which(ePROMadmTab$MCEID %in% forl3mndIkkeFunnet),
c("MCEID", "TSSENDT", "TSRECEIVED", "NOTIFICATION_CHANNEL", "DISTRIBUTION_RULE",
'REGISTRATION_TYPE', 'STATUS')]
tab[tab$REGISTRATION_TYPE %in% c('PATIENTFOLLOWUP', 'PATIENTFOLLOWUP_3_PiPP', 'PATIENTFOLLOWUP_3_PiPP_REMINDER'), ]
#----Sjekk av utfyltdato----
setwd('/home/rstudio/speil/aarsrapp/Rygg')
RegData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3(datoFra = '2010-01-01'))
RegData$Diff3 <- as.integer(difftime(RegData$Utfdato3mnd, RegData$InnDato, units = 'days'))
RegData$Diff12 <- as.integer(difftime(RegData$Utfdato12mnd, RegData$InnDato, units = 'days'))
ind3 <- which(RegData$Diff3 < 70)
feil3 <- RegData[ind3, c("ForlopsID", "ShNavn", 'InnDato', "Utfdato3mnd", "Diff3")]
write.table(feil3, file="Feil3mnd.csv", sep=';')
ind12 <- which(RegData$Diff12 < 300)
feil12 <- RegData[ind12, c("ForlopsID", "ShNavn", 'InnDato', "Utfdato12mnd", "Diff12")]
write.table(feil12, file="Feil12mnd.csv", sep=';')
#V2 og V3
RegDataV2 <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM uttrekk_rapport_from_tore')
#Legg til ledende 0 i V2
indUten0 <- which(nchar(RegDataV2$Personnummer)==10)
RegDataV2$Personnummer[indUten0] <- paste0(0,RegDataV2$Personnummer[indUten0])
PIDtab <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg", query='SELECT * FROM koblingstabell')
length(intersect(unique(sort(PIDtab$SSN)),unique(sort(RegDataV2$Personnummer))))
head(RegDataV2$Personnummer)
5266/6321
#-------------- Laste fil og evt. lagre -------------
rm(list=ls())
setwd('C:/ResultattjenesteGIT/nkr')
reshID <- 601161 #Haukeland nevr.kir: 105588, NIMI: 104279, Unn: 601161, St Olav: 105783 Namsos:105899,
#fil <- 'A:/Rygg/NKR2010-2017aarsrapp'
dato <- '2019-08-21'
#RegData <- read.table(paste0(fil, '.csv'), sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #, stringsAsFactors = FALSE, na.strings = "NULL",
skjemaoversikt <- read.table(paste0('A:/Rygg/skjemaoversikt',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #IKKE sensitive data. Kan legges i pakken.
#usethis::use_data(skjemaoversikt, internal = TRUE, overwrite = TRUE)
forlopsoversikt <- read.table(paste0('A:/Rygg/forlopsoversikt',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RegData <- read.table(paste0('A:/Rygg/allevarnum',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
save(skjemaoversikt, forlopsoversikt, RegData, file = 'A:/Rygg/RyggData.RData')
#RegData$Kjonn <- 0
#save(RegData, file=paste0(fil, '.Rdata'))
load(file=paste0(fil, '.Rdata'))
#load('a:/Rygg/Rygg2010-2018aarsrapp.Rdata')
#Versjon 3
#Lage tulledata:
#RegData <- RegData[sample(1:dim(RegData)[1],10000), ]
load('A:/Rygg/RyggData.RData')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
#--------------Kompletthet---------------------------
# RyggDataRaa <- read.table('C:/Registerdata/Rygg/RyggdataDump2022-12-09fra2018.csv',
# sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RyggDataRaa <- read.table('C:/Registerdata/Rygg/RyggdataDump2022-12-09fra2018.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'latin1', dec = ',')
#RyggDataRaa <- RyggDataRaa[-which(RyggDataRaa$ForlopsID == 8274),]
RyggDataRaa <- RyggRegDataSQLV2V3(datoFra = '2021-01-01', datoTil = '2021-12-31')
RyggData <- RyggPreprosess(RyggDataRaa)
Variabler <- c('AntibiotikaV3', 'ASA', 'TidlOpr', 'OpKat', 'BMI', 'SympVarighUtstr',
'SmRyPre', 'SmBePre', 'SmStiPre', 'ArbstatusPre')
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','AntibiotikaV3')], useNA = 'a'), margin=1)
AntibiotikaV3 <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','ASA')], useNA = 'a'), margin=1)
ASA <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','TidlOpr')], useNA = 'a'), margin=1)
TidlOpr <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','OpKat')], useNA = 'a'), margin=1)
OpKat <- 1-tab[1:4,'9'] #Ser bort fra NA..
data <- data.frame(Aar=RyggData$Aar, BMI=is.na(RyggData$BMI))
tab <- prop.table(table(data, useNA = 'a'), margin=1)
BMI <- 1-tab[1:4,'TRUE']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SympVarighUtstr')], useNA = 'a'), margin=1)
SympVarighUtstr <- 1-rowSums(tab[1:4, 6:7])
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmRyPre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmRyPre <- 1-tab[1:4,'99']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmBePre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmBePre <- 1-tab[1:4,'99']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmStiPre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmStiPre <- 1-rowSums(tab[1:4,3:4])
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','ArbstatusPreV3')], useNA = 'a'), margin=1)
ArbstatusPreV3 <- 1-tab[1:4,'99']
Kompletthet <- cbind(AntibiotikaV3, ASA, TidlOpr, OpKat, BMI, SympVarighUtstr,
SmRyPre, SmBePre, SmStiPre, ArbstatusPreV3)
write.csv2(Kompletthet, file = '../mydata/RyggKompl21.csv', fileEncoding = 'UTF-8')
#_________________________________________________________________________________________
#Registreringsoversikter for 2019-data
#_________________________________________________________________________________________
skjemaoversikt <- read.table('A:\Rygg\skjemaoversikt2019-11-04.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #IKKE sensitive data. Kan legges i pakken.
#skjemaoversikt$Skjemanavn <- skjemaoversikt$X.U.FEFF.Skjemanavn
skjemaoversikt$MndAar <- format(as.Date(skjemaoversikt$HovedDato), '%y.%m')
table(skjemaoversikt$MndAar)
indPasientskjema <- which((skjemaoversikt$SkjemaRekkeflg==5) & skjemaoversikt$SkjemaStatus %in% -1:1)
table(skjemaoversikt[indPasientskjema, c('Sykehusnavn','MndAar', "SkjemaStatus")]) # ,
#----------- Teste valgtVar for nye data -----------------------------
#Benytter allevarnum som RegData
#Tester Andeler, AndelTid, AndelGrVar, GjsnBox og GjsnGrVar
#Oppfølgingsskjema har ikke fått selvvalgte navn. Variable fra oppfølgingsskjema sjekkes IKKE
library(rygg)
tapply(RegData$OswTotPre, RegData$Aar, FUN = 'median')
rm(list=ls())
outfile <- ''
tidsenhet <- 'Mnd'
valgtVar <- 'regForsinkelse'
# RegData <- read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv',
# sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
test <- RyggFigAndeler(RegData=RegData) #, valgtVar=valgtVar, enhetsUtvalg = 1, reshID = reshID) #, outfile='test.pdf')
utdata <- RyggFigAndelerGrVar(RegData=RegData) #, valgtVar=valgtVar,outfile=outfile)
utdata <- RyggFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar='roker', tidsenhet = 'Aar') #, outfile=outfile
RyggFigGjsnBox(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar,tidsenhet = tidsenhet) #aar=aar,
RyggFigGjsnGrVar(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar)
#---Status per 19.juli 2019
#valgtVarOK: alder, alder70, arbstatus, ASA, beinsmLavPre, BMI, degSponSSSten, EQ5DPre, OswTotPre,
# smBePre, smRyPre, EQangstPre, EQgangePre, erstatningPre, komplPer, morsmal, opIndPareseGrad, hastegrad
# peropKomp, roker, saardren, sivilStatus, smStiPre, smStiPreHypp, symptVarighRyggHof, sympVarighUtstr,
# uforetrygdPre, utd
variable <- c('alder', 'alder70', 'arbstatus', 'ASA', 'beinsmLavPre', 'BMI', 'degSponSSSten',
'EQ5DPre', 'OswTotPre', 'smBePre', 'smRyPre', 'EQangstPre', 'EQgangePre',
'erstatningPre', 'komplPer', 'morsmal', 'opIndPareseGrad', 'hastegrad', 'peropKomp',
'roker', 'saardren', 'sivilStatus', 'smStiPre', 'smStiPreHypp', 'symptVarighRyggHof',
'sympVarighUtstr', 'uforetrygdPre', 'utd')
for (valgtVar in variable) {
outfile <- paste0(valgtVar,'_ford.png')
RyggFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, outfile = outfile)}
#valgtVarIKKE ok: antNivOpr, beinsmEndrLav, degSponFusj, EQ5DEndr, EQ5DEndrPre, OswEndr, OswEndrPre,
# OswEndrLav, OswEndr20, OswEndr30pst, Osw22, Osw48, smBeinEndr, smBeinEndrPre, smRyggEndr, smRyggEndrPre
# fornoydhet, hovedInngrep (ikke def.), komplPost, kp3Mnd, kpInf3Mnd, liggedogn, misfornoyd, nytte,
# opInd og opIndSmeType (mangler varnavn OpIndSme/-Type), radUnders (mangler varnavn),
# tidlOpr, tidlOprAntall, tidlOp3, underkat (ikke def. hovedkat), verre
#_________________________________________________________________________________________
#
#""""""""""""""""""""""""""""" F I G U R F U N K S J O N E R """""""""""""""""""""""""""""""""""""
#_________________________________________________________________________________________
#-----------Samlerapporter----------------------------
knit('SamleRappNKR.Rnw') #, encoding = 'UTF-8')
texi2pdf('SamleRappNKR.tex')
reshID <- 601161
library(rygg)
setwd('/home/rstudio/rygg/inst')
knitr::knit('RyggMndRapp.Rnw')
tools::texi2pdf('RyggMndRapp.tex')
#knitr::knit2pdf('RyggMndRapp.Rnw')
library(knitr)
knit('C:/ResultattjenesteGIT/nkr/AarsrappOff/ResultaterAarsrapp.Rnw') #, encoding = 'UTF-8')
library(tools)
texi2pdf('ResultaterAarsrapp.tex')
#---------------------------Dekningsgrad-------------------------------------
RegData=0
preprosess=0
outfile=''
valgtVar='DeknNakke17' #DeknNakke17, 'DeknRygg17'
#RyggFigAndelerGrVarDeknGr(RegData=0, preprosess=0, outfile='', valgtVar='DeknNakke17')
RyggFigAndelerGrVarDeknGr(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='SymptVarighRyggHof')
RyggFigAndelerGrVar(RegData = RegData, valgtVar='Morsmal', outfile = '')
#----------------------------------------------------------------
# FigAndeler (RyggFigAndeler.r
#----------------------------------------------------------------
valgtVar <- 'fornoydhet' #Må velge...
#NB: Hvis variabel='Underkat', MÅ hovedkat velges, dvs. ikke 99.
outfile <- 'FordelingsFigurregForsinkelse_2021-03-27.pdf'
FordUt <- RyggFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile)
variable <- c('alder', 'antibiotika', 'antNivOpr', 'arbstatus', #'Arbstatus3mnd', 'Arbstatus12mnd',
'ASA', 'BMI', 'EQangstPre', 'EQgangePre', 'erstatningPre', 'fornoydhet', 'hovedInngrep',
'komorbiditet', 'komplPer', 'komplPost', 'liggedogn', 'morsmal', 'nytte', #3mnd', 'Nytte12mnd',
'opIndPareseGrad', 'opInd', 'opIndSmeType', 'hastegrad','radUnders',
'roker', 'sivilStatus','smStiPre', 'smStiPreHypp', 'SymptVarighRyggHof',
'SympVarighUtstr', 'saardren', 'tidlOpr', 'tidlOprAntall','uforetrygdPre', 'utd', 'underkat')
variable <- c('SympVarighUtstr', 'SymptVarighRyggHof','saardren' )
for (valgtVar in variable) {
print(valgtVar)
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
utdata <- RyggFigAndeler(RegData <- RegData, valgtVar = valgtVar, datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
outfile = outfile, reshID=reshID)
}
#----------------------------------------------------------
# RyggFigGjsnGrVar
# RyggFigGjsnBox
#----------------------------------------------------------
#------- Endring i effektmål som funksjon av tid eller prescore
library(rygg)
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
RyggFigGjsnGrVar(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='OswTotPre')
#, tidlOp=tidlOp, erMann=erMann,
# hovedkat=hovedkat, minald=minald, maxald=maxald, ktr=ktr, tittel=tittel, valgtMaal='Gjsn',
# datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, aar=aar, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg)
utdata <- RyggFigGjsnBox(RegData=RegData, outfile='', aar=2007:2020, tidsenhet = 'Aar', valgtVar='OswEndr')
# , tidlOp=tidlOp, erMann=erMann, hastegrad = hastegrad,
# hovedkat=hovedkat, minald=minald, maxald=maxald, ktr=ktr, tittel=tittel, valgtMaal=valgtMaal,
# datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tidsenhet = tidsenhet, reshID=reshID) #aar=aar,
variable <- c('alder', 'liggedogn', 'EQ5DPre', 'EQ5DEndr', 'EQ5DEndrPre',
'OswTotPre', 'smBePre', 'smRyPre', 'OswEndrPre', 'smRyggEndr', 'smBeinEndr')
for (var in variable) {
# outfile <- paste0(var, 'GjsnSh.png')
# RyggFigGjsnGrVar(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2018-01-01', ktr=1,
# medKI = 0, outfile=outfile)
(outfile <- paste0(var, 'MedBox.png'))
RyggFigGjsnBox(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2017-01-01', #valgtMaal = 'Med',
tidsenhet = 'Kvartal', outfile=outfile)
}
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#-------- Andel per sykehus eller annen gr.variabel (AndelGrVar)-----------------------------------------
#---------AndelTid
#-------------------------------------------------------
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3() #read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv', sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
DataUt <- RyggFigAndelerGrVar(valgtVar='fornoydhet', RegData=RegData, #hovedkat = hovedkat, tidlOp=tidlOp, Ngrense=20, hastegrad=hastegrad,
datoFra='2019-01-01', datoTil = '2021-02-01',ktr=1, outfile='')
DataUt <- RyggFigAndelTid(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='nytte', datoFra = '2017-01-01', ktr = 1)
tab <- lagTabavFig(UtDataFraFig=DataUt, figurtype='andelTid')
# , hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
# minald = minald, maxald = maxald, aar=aar, tidsenhet = tidsenhet,
# erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1,
# reshID=reshID)
#Sjekk Oswestry-skår for V3
variable <- c('alder70', 'antibiotika', 'arbstatus', 'ASA', 'smBePreLav',
'beinsmEndrLav', 'BMI', 'degSponFusj', 'degSponSSSten', 'erstatningPre', 'fornoydhet',
'KpInf3Mnd', 'Kp3Mnd', 'misfornoyd', 'nytte', 'OswEndrLav', 'OswEndr20', 'OswEndr30pst',
'Osw22', 'Osw48', 'peropKompDura', 'roker', 'saardren', 'smStiPre', 'symptVarighRyggHof',
'sympVarighUtstr', 'tidlOp3', 'uforetrygdPre', 'utd', 'verre')
for (var in variable) {
# outfile <- paste0(var, 'Sh.png')
# RyggFigAndelerGrVar(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2016-01-01', ktr=1, outfile=outfile)
outfile <- paste0(var, 'ATid.png')
RyggFigAndelTid(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2011-01-01', ktr=1, outfile=outfile)
}
#---------Traktplott------
library(rapFigurer)
library(qicharts2)
RegData <- read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
AndelGrVarData <- RyggFigAndelerGrVar(valgtVar='uforetrygdPre', RegData=RegData, Ngrense = 20,
datoFra='2019-01-01', outfile='')
with(AndelGrVarData, rapFigurer::FigTraktplott(sykehus = grtxt, andel = as.numeric(AggVerdier/100),
nevner = as.numeric(Ngr),
tittel = tittel, undertittel = utvalgTxt, sort = 'andel'))
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#-------- Andel per sykehus eller annen gr.variabel (AndelGrVar), samt siste 3 år-----------------------------------------
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#Lage bostedfil:
Innbyggere2007_2015kjonn <- read.table('./Innbyggere2007_2015kjonn.csv', sep=';', header = T, encoding = 'UTF-8')
BoStederInnb <- aggregate(Innbyggere2007_2015kjonn$AntInnb,
by=Innbyggere2007_2015kjonn[ ,c('Kommune','KommNr', 'BoRHF','Fylke', 'Aar')], FUN='sum')#'BoHF',
#Kommune 301 Oslo har fire BoHF. For øvrig kommunenummer bestemmer kommunenummer entydig BoHF.
BoStederInnb2015 <- BoStederInnb[which(BoStederInnb$Aar == '2015'),]
save(BoStederInnb2015, file="./data/BostederInnb2015.Rdata")
write.table(BoStederInnb2015, file="./data/BostederInnb2015.csv", sep=';')
rm(list=ls())
setwd("C:/ResultattjenesteGIT/nkr/")
library(nkr)
NKRdata <- read.table('C:/Registre/nkr/data/NKR2010_2015.csv', sep=';', header=T)
load(file="./data/BostederInnb2015.Rdata")
#For alders-og kjønnsstandardisering:
Innbyggere2015aldkj <- read.table('./Innbyggere2015aldkj.csv', sep=';', header = T, encoding = 'UTF-8')
#Innbyggere2015alder <- read.table('C:/VariasjonKvalitet/Innbyggere2015.csv', sep=';', header = T)
#Innbyggere <- with(Innbyggere2015alder, aggregate('AntInnb', by=list('KommNr', 'BoHF', 'BoRHF','Fylke'), FUN='sum')
RegData <- merge(NKRdata, BoStederInnb2015, by.x = "Kommunenr", by.y = "KommNr", all.x = TRUE, all.y = FALSE)
valgtVar <- 'SympVarighUtstr' #, #BeinsmEndrLav', BeinsmLavPre, DegSponSSSten, KpInf3Mnd
# OswEndr13, OswEndr20, OswEndr30pst, Osw48, SympVarighUtstr, Verre,
#Indikatorprosjekt: BeinsmLavPre, OswEndr20
outfile <- paste0(valgtVar, '_', grVar,'Aar.pdf')
RyggFigAndelerGrVarAar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
#RyggFigAndelerGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, siste3aar = 1,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, ktr=ktr, hovedkat=hovedkat, grVar=grVar,
preprosess=1, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile)
variableInd <- c('BeinsmLavPre', 'OswEndr20','SympVarighUtstr')
variable <- c('Alder', 'Antibiotika', 'ArbstatusPre', 'Arbstatus3mnd', 'Arbstatus12mnd', 'ASA', 'BMI',
'ErstatningPre', 'Fornoyd3mnd','Fornoyd12mnd', 'Kp3Mnd', 'Misfor3mnd', 'Misfor12mnd',
'Nytte3mnd', 'Nytte12mnd', 'PeropKomp', 'Osw30_3mnd', 'Osw30_12mnd', 'PeropKompDura', 'Roker',
'Saardren', 'SmStiPre', 'SymptVarighRyggHof', 'SympVarighUtstr', 'UforetrygdPre', 'Utd', 'Verre3mnd', 'Verre12mnd')
#for (grVar in c('Fylke', 'ShNavn', 'BoRHF')){
grVar <- 'ShNavn' #'BoRHF'
for (valgtVar in variableInd) {
outfile <- paste0(valgtVar, '_', grVar, 'Aar.pdf')
RyggFigAndelerGrVarAar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, hovedkat=hovedkat,ktr=ktr,
preprosess=1, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile,
grVar = grVar)
}
#}
#-------------------------------------------------------
#---------AndelStabelTid
#-------------------------------------------------------
#query = 'select Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt, Fornoyd3mnd, Fornoyd12mnd, TidlOpr,
# Nytte3mnd, Nytte12mnd,
# AvdID, AvdReshID, AvdNavn, right(OpDato, 4) as Aar from nkr_test.dbo.Uttrekk_Rapport'
valgtVar <- 'TidlOp' #velge TidlOp, Fornoyd eller Nytte
outfile <- ''#paste0(valgtVar, '.png') #Navn angis av Jasper
RyggFigAndelStabelTid(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
minald = minald, maxald = maxald,
erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1, reshID=reshID)
AndelTidlOp <- RyggAndelStabelTid(RegData=RegDataLand, outfile='TidlOp.pdf', valgtVar='TidlOp', hovedkat=hovedkat,
minald = minald, maxald = maxald,
erMann=erMann, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=0, reshID=reshID)
for (valgtVar in c('TidlOp', 'Fornoyd', 'Nytte')) {
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
RyggAndelStabelTid(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1, reshID=reshID)
}
#----------------------------------------------------------
#-----------------AndelStabelEgetLand-----------------------------
#----------------------------------------------------------
#Variabel: ASA, OpKat(Hastegrad)
library(gridExtra)
rm(list=ls())
query = 'select ASA, OpKat, Kjonn, TidlOpr, HovedInngrep, HovedInngreptxt,
Inngrep, Inngreptxt, AvdReshID, AvdNavn, OpDato from nkr_test.dbo.Uttrekk_Rapport'
#__Inndata til funksjon:
reshID <- 100133 #999999 #601161 #100133 #111065 #105783 #103618 #102949 # #Må sendes med til funksjon
variabel <- 'OpKat' #Må velges. 'ASA', 'OpKat'
kjonn <- 1 #1-menn, 2-kvinner, Standard: 0, dvs. begge
hovedkat <- 99 #Hovedinngrep, 0-7, Standard: 99, dvs alle operasjoner
outfile <- paste(variabel, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
setwd("C:/RyggRegister/Rapport/nkr/trunk/RAndelStabelEgetLand/")
source("fun_AndelStabelEgetLand.R", encoding="UTF-8")
AndelStabelEgetLand(opdata=opdata, outfile=outfile, variabel=variabel,
kjonn=kjonn, hovedkat=hovedkat, aar=aar, reshID=reshID)
#----------------------------------------------------------
# FordPrePost
#----------------------------------------------------------
rm(list=ls())
setwd('C:/RyggRegister/Rapport')
query = 'select PID, Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt,
EQ5DPre, EQ5D3mnd, EQ5D12mnd, OswTotPre, OswTot3mnd, OswTot12mnd,
SmRyPre, SmRy3mnd, SmRy12mnd, SmBePre, SmBe3mnd, SmBe12mnd,
Inngrep, Inngreptxt, AvdID, AvdReshID, AvdNavn, OpDato from Uttrekk_Rapport'
plotType <- 'S' #'L' el. 'S'. Søyler er standard.
valgtVar <- 'EQ5D' #EQ5D, Oswestry, SmBein, SmeRygg
for (variabel in c('EQ5D', 'Oswestry', 'SmBein', 'SmRygg')) {
#variabel <- c(KomplPer, KomplPost)[i]
outfile <- paste(variabel,'FEs.pdf', sep='')
source("fun_FordPrePost.R", encoding="UTF-8")
FordPrePost(opdata=opdata, outfile=outfile, reshID=reshID, egenavd=egenavd,
variabel=variabel, plotType=plotType, aar=aar, kjonn=kjonn, hovedkat=hovedkat, ktr=ktr)
}
#----------------------------------------------------------
#--------SoyleSml, differanse m/konf.int. gj.sn., alle s-hus
#----------------------------------------------------------
rm(list=ls())
query = 'select OswTotPre, OswTot3mnd, OswTot12mnd, EQ5DPre, EQ5D3mnd, EQ5D12mnd,
Alder, Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt, TidlOpr, Inngrep, Inngreptxt,
AvdID, AvdReshID, AvdNavn, OpDato, ASA, Utd from Uttrekk_Rapport'
setwd("C:/RyggRegister/Rapport/jasper/nkr/trunk/RSoyleSml/")
source("fun_SoyleSml.R", encoding="UTF-8")
test <- SoyleSml(opdata=opdata, outfile=outfile, reshID=reshID, variabel=variabel,
tidlOp=tidlOp, aar=aar, kjonn=kjonn, shgr=0, hovedkat=hovedkat, ktr=ktr, just=0)
#For å kunne standardisere, må hele datamaterialet sendes med
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------
#---------------------------------------------------------------
# Kvalitetskontroll av data
#---------------------------------------------------------------
library(xtable)
Sweave('KvalKtrAvData.Rnw')
#---------------------------KVALITETSSJEKK-----------------------------
RegData <- RyggPreprosess(RegData=RegData)
#Dobbeltregistrering
PIDop <- table(RegData$PID, RegData$OpDato)
names(PIDop[which(PIDop>1)])
testDato <- aggregate(RegData$PID, by=RegData[ ,c('PID','OpDato')], drop=TRUE, FUN=length)
test[which(test$x >1), ]
testMnd <- aggregate(RegData$InnDato, by=RegData[ ,c('PID','Mnd','OpAar')], drop=TRUE, FUN=length)
duplMnd <- testMnd[which(testMnd$x >1), ]
testAar <- aggregate(RegData$PID, by=RegData[ ,c('PID','OpAar')], drop=TRUE, FUN=length)
sum(testAar$x >1)
#------------------------------ Data til NPR, Dekningsgradsanalyse-------------
load('A:/Rygg/NKR2010-2017aarsrapp.Rdata')
query <-
'SELECT loepenummer, Alder, Kjonn, HFNavn, HFID, HFReshID, AvdNavn, AvdID, AvdReshID,
OpDato, Dagkirurgi, HovedInngrep, HovedInngreptxt, Inngrep, Inngreptxt, ProsKode1, ProsKode2
FROM Uttrekk_Rapport
WHERE OpAar=2017'
# variable <- c('PID', 'Alder', 'Kjonn', 'HFNavn', 'HFID', 'HFReshID',
# 'AvdNavn', 'AvdID', 'AvdReshID', 'OpDato', 'Dagkirurgi',
# 'HovedInngrep', 'HovedInngreptxt', 'Inngrep', 'Inngreptxt', 'ProsKode1', 'ProsKode2')
NKR2017 <- read.table('A:/Rygg/NPR2017.csv', sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
NKR2017 <- RegData[which(NKR2017$OpDato<2017), ]
sort(variable)[which(!(sort(variable) %in% sort(names(RegData))))]
#------------Sjekk av gml. ny resh------------
RegDataV2 <- rapbase::LoadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM uttrekk_rapport_from_tore')
RegDataV3 <- rapbase::LoadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM allevarnum')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
#table(RegData[,c(ReshId)])
tab <- unique(RegData[, c("ShNavn", "ReshId")])
tab[order(tab$ShNavn),]
sort(table(tab$ShNavn)) #To: Aleris Bergen, Aleris Oslo, Tromsø, Volvat
sort(table(tab$ReshId)) #To: 105153 601161
tab[tab$ReshId==601161,]
Rapporteket/rygg documentation built on Feb. 2, 2025, 4:18 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
library(rygg)
RyggData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3())
test <- unique(RyggData[,c("ReshId", "ShNavn")])
table(test$ReshId)[table(test$ReshId)>1]
table(test$ShNavn)[table(test$ShNavn)>1]
test[order(test$ShNavn),]
#110771 - 'Volvat ', 'Volvat'
# 999975 - Aleris Oslo (ingen f.o.m. 2022)
# 107511 - Aleris Oslo t.o.m. slutten av 2021
table(RyggData$ReshId, RyggData$Aar)
#Universell utforming - dvs. endre hvordan "trafikklys" legges bak søylene til kvalitetsindikatorene
valgtVar <- 'ventetidSpesOp'
KImaalGrenser <- c(0,50,80,100)
valgtVar <- 'smBePreLav'
KImaalGrenser <- c(0,3,100)
RyggData <- RyggPreprosess(RyggRegDataSQLV2V3())
RyggVarSpes <- RyggVarTilrettelegg(RegData=RyggData, valgtVar=valgtVar,
figurtype = 'andelGrVar')
grVar <- 'ShNavn'
RegData <- RyggVarSpes$RegData
sortAvtagende <- RyggVarSpes$sortAvtagende
Tittel <- RyggVarSpes$tittel
RegData <- RegData[which(RegData[ ,grVar] != ''),] #Tar ut registreringer uten grupperingsnavn
RegData[ ,grVar] <- as.factor(RegData[ ,grVar])
Ngr <- table(RegData[ ,grVar])
Ngrtxt <- as.character(Ngr)
N <- dim(RegData)[1]
AntGr <- length(which(Ngr >= 5)) #Alle som har gyldig resultat
AndelHele <- round(100*sum(RegData$Variabel)/N, 2)
AndelerGr <- round(100*tapply(RegData$Variabel, RegData[ ,grVar], sum, na.rm=T)/Ngr,2)
GrNavn <- names(Ngr)
xAkseTxt <- "Andel opphold (%)"
indGrUt <- which(Ngr < 5)
# if (sum(indGrUt)>0) {
# AndelGrUt <- sum(AndelerGr[indGrUt]*Ngr[indGrUt], na.rm = T)/sum(Ngr[indGrUt])
# AndelerGr <- c(AndelerGr[-indGrUt],AndelGrUt) #AndelerGr[indGrUt] <- NA
# GrUtNavn <- paste0(length(indGrUt), ' avd. med N<',5)
# Ngrtxt <- c(Ngr[-indGrUt],sum(Ngr[indGrUt])) #Ngrtxt[indGrUt] <- paste0('<', Ngrense)
# GrNavn <- c(GrNavn[-indGrUt], GrUtNavn) #paste0(c(GrNavn[-indGrUt], GrUtNavn),' (',Ngrtxt , ')')
# }
fargepalett <- 'BlaaOff'
sortInd <- order(as.numeric(AndelerGr), decreasing=sortAvtagende, na.last = FALSE)
AndelerGrSort <- AndelerGr[sortInd]
GrNavnSort <- GrNavn[sortInd]
Ngrtxt <- Ngrtxt[sortInd]
andeltxtUsort <- paste0(sprintf('%.1f',AndelerGr), ' %')
andeltxt <- andeltxtUsort[sortInd]
outfile <- ''
utvalgTxt <- 'hei hei'
#Figur
cexShNavn <- 0.9 #0.85
FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, height=3*800, fargepalett=fargepalett)
farger <- FigTypUt$farger
#Tilpasse marger for å kunne skrive utvalgsteksten
NutvTxt <- length(utvalgTxt)
vmarg <- max(0, strwidth(GrNavnSort, units='figure', cex=cexShNavn)*0.8)
#NB: strwidth oppfører seg ulikt avh. av device...
par('fig'=c(vmarg, 1, 0, 1-0.02*(NutvTxt-1))) #Har alltid datoutvalg med
xmax <- min(max(AndelerGrSort, na.rm=T),100)*1.15
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(AndelerGrSort)), horiz=T, border=NA, col=farger[4], #main=Tittel,
xlim=c(0,xmax), ylim=c(0.05, 1.25)*length(GrNavnSort), font.main=1, #xlab='Andel (%)',
las=1, cex.names=cexShNavn*0.9))
ybunn <- 0.1
ytopp <- max(pos)+0.4 #rev(pos)[AntGr]+1
#Legge på målnivå
antMaalNivaa <- length(KImaalGrenser)-1
rekkef <- 1:antMaalNivaa
if (sortAvtagende == TRUE) {rekkef <- rev(rekkef)}
fargerMaalNiva <- c('#4fc63f', '#fbf850', '#c6312a')[rekkef]
tetth <- c(100, 70,15)[rekkef]
maalOppTxt <- c('Høy', 'Moderat til lav', 'Lav')[rekkef]
if (antMaalNivaa==3) {maalOppTxt[2] <- 'Moderat' }
rect(xleft=KImaalGrenser[1:antMaalNivaa], ybottom=0, xright=KImaalGrenser[2:(antMaalNivaa+1)],
ytop=max(pos)+0.4, col = fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa],
density = tetth, angle = 60, border = NA) #add = TRUE, #pos[AntGrNgr+1],
legPos <- ifelse(AntGr < 31, ifelse(AntGr < 15, -1, -2.5), -3.5)
legend(x=xmax, y=ytopp, xjust=1, yjust=0, ncol=antMaalNivaa+1,
density = c(NA, tetth),
angle = c(NA,rep(60, antMaalNivaa)),
fill=c('white', fargerMaalNiva[1:antMaalNivaa]),
xpd=TRUE, border=NA, box.col='white',cex=0.8, pt.cex=1.5,
legend=c('Måloppnåelse:', maalOppTxt[1:antMaalNivaa])) #,
pos <- rev(barplot(rev(as.numeric(AndelerGrSort)), horiz=T, border=NA, col=farger[4],
xlim=c(0,xmax), ylim=c(0.05, 1.25)*length(GrNavnSort), font.main=1, #xlab='Andel (%)',
las=1, cex.names=cexShNavn*0.9, add=T))
mtext('Andel (%)', side=1, line=2)
#Linje for hele landet/utvalget:
lines(x=rep(AndelHele, 2), y=c(ybunn, ytopp), col=farger[2], lwd=2)
legend('topright', xjust=1, cex=1, lwd=2, col=farger[2],
legend=paste0('hovedgrTxt', ' (', sprintf('%.1f',AndelHele), '%), ', 'N=', N),
bty='o', bg='white', box.col='white')
mtext(at=pos+max(pos)*0.0045, paste0(GrNavnSort,' (',Ngrtxt , ')'), side=2, las=1, cex=cexShNavn, adj=1, line=0.25) #Legge på navn som eget steg
title(Tittel, line=1, font.main=1, cex.main=1.3)
text(x=AndelerGrSort+xmax*0.01, y=pos+0.1, andeltxt,
las=1, cex=0.9, adj=0, col=farger[1]) #Andeler, hvert sykehus
par('fig'=c(0, 1, 0, 1))
#------------------------------------
RegDataV3AVN <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM allevarnum')
RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl
#Fritekstfeltet i spørsmålet ovenfor (Hvis ja, hviket?) «SpesTrombProfyl» (navn i repporteket) er en variabel som ikke kommer med i uttrekket fra rapporteket.
#Vi har fått forespørsel fra Ålesund ( ReshId: 102483) om å se på innholdet i denne variabelen (Ålesund sykehus for 2022).
#Vi vil da trenge en fil som inneholder PID + opr.dato + SpesTrombProfy + ReshId.
ind <- which(lubridate::year(RegDataV3AVN$OpDato)==2022 & RegDataV3AVN$AvdRESH==102483 & RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl==1)
Aalesund <- RegDataV3AVN[ind,
c('PasientID', 'OpDato', 'AvdRESH','PostopTrombProfyl', 'SpesTrombProfyl')]
write.csv2(Aalesund, file = 'Aalesund.csv', row.names = F)
#Kunne jeg også få en frekvenstabell på alle sykehus på hva som er registrert SpesTrombProfyl.
InnholdSpesTrombProfyl <- table(RegDataV3AVN$SpesTrombProfyl[RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl==1])
table(RegDataV3AVN$PostopTrombProfyl)
write.csv2(InnholdSpesTrombProfyl, file = 'Frekv_SpesTrombProfyl.csv', row.names = F)
#Sjekk
library(rygg)
library(magrittr)
RegData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3())
forsinketReg(RegData=RegData, fraDato=Sys.Date()-400,
tilDato=Sys.Date()-100, forsinkelse=100, reshID=601161)
Rygg22 <- RyggRegDataSQLgml(datoFra = '2022-01-01', datoTil = '2022-12-31')
RyggV3 <- RyggRegDataSQLgml(datoFra = '2023-01-01')
tab <- table(RyggV3[ ,c('SykehusNavn', "HelseRegion")])
write.csv2(tab, file = 'ShNavnRHF.csv', enc)
#----Sjekk av Ferdig1b3mnd----
forl3mndIkkeFunnet <- c(16811, 17244, 17947, 18187, 22301, 16622)
tab <- ePROMadmTab[which(ePROMadmTab$MCEID %in% forl3mndIkkeFunnet),
c("MCEID", "TSSENDT", "TSRECEIVED", "NOTIFICATION_CHANNEL", "DISTRIBUTION_RULE",
'REGISTRATION_TYPE', 'STATUS')]
tab[tab$REGISTRATION_TYPE %in% c('PATIENTFOLLOWUP', 'PATIENTFOLLOWUP_3_PiPP', 'PATIENTFOLLOWUP_3_PiPP_REMINDER'), ]
#----Sjekk av utfyltdato----
setwd('/home/rstudio/speil/aarsrapp/Rygg')
RegData <- RyggPreprosess(RegData = RyggRegDataSQLV2V3(datoFra = '2010-01-01'))
RegData$Diff3 <- as.integer(difftime(RegData$Utfdato3mnd, RegData$InnDato, units = 'days'))
RegData$Diff12 <- as.integer(difftime(RegData$Utfdato12mnd, RegData$InnDato, units = 'days'))
ind3 <- which(RegData$Diff3 < 70)
feil3 <- RegData[ind3, c("ForlopsID", "ShNavn", 'InnDato', "Utfdato3mnd", "Diff3")]
write.table(feil3, file="Feil3mnd.csv", sep=';')
ind12 <- which(RegData$Diff12 < 300)
feil12 <- RegData[ind12, c("ForlopsID", "ShNavn", 'InnDato', "Utfdato12mnd", "Diff12")]
write.table(feil12, file="Feil12mnd.csv", sep=';')
#V2 og V3
RegDataV2 <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM uttrekk_rapport_from_tore')
#Legg til ledende 0 i V2
indUten0 <- which(nchar(RegDataV2$Personnummer)==10)
RegDataV2$Personnummer[indUten0] <- paste0(0,RegDataV2$Personnummer[indUten0])
PIDtab <- rapbase::loadRegData(registryName="rygg", query='SELECT * FROM koblingstabell')
length(intersect(unique(sort(PIDtab$SSN)),unique(sort(RegDataV2$Personnummer))))
head(RegDataV2$Personnummer)
5266/6321
#-------------- Laste fil og evt. lagre -------------
rm(list=ls())
setwd('C:/ResultattjenesteGIT/nkr')
reshID <- 601161 #Haukeland nevr.kir: 105588, NIMI: 104279, Unn: 601161, St Olav: 105783 Namsos:105899,
#fil <- 'A:/Rygg/NKR2010-2017aarsrapp'
dato <- '2019-08-21'
#RegData <- read.table(paste0(fil, '.csv'), sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #, stringsAsFactors = FALSE, na.strings = "NULL",
skjemaoversikt <- read.table(paste0('A:/Rygg/skjemaoversikt',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #IKKE sensitive data. Kan legges i pakken.
#usethis::use_data(skjemaoversikt, internal = TRUE, overwrite = TRUE)
forlopsoversikt <- read.table(paste0('A:/Rygg/forlopsoversikt',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RegData <- read.table(paste0('A:/Rygg/allevarnum',dato,'.csv'),
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
save(skjemaoversikt, forlopsoversikt, RegData, file = 'A:/Rygg/RyggData.RData')
#RegData$Kjonn <- 0
#save(RegData, file=paste0(fil, '.Rdata'))
load(file=paste0(fil, '.Rdata'))
#load('a:/Rygg/Rygg2010-2018aarsrapp.Rdata')
#Versjon 3
#Lage tulledata:
#RegData <- RegData[sample(1:dim(RegData)[1],10000), ]
load('A:/Rygg/RyggData.RData')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
#--------------Kompletthet---------------------------
# RyggDataRaa <- read.table('C:/Registerdata/Rygg/RyggdataDump2022-12-09fra2018.csv',
# sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RyggDataRaa <- read.table('C:/Registerdata/Rygg/RyggdataDump2022-12-09fra2018.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'latin1', dec = ',')
#RyggDataRaa <- RyggDataRaa[-which(RyggDataRaa$ForlopsID == 8274),]
RyggDataRaa <- RyggRegDataSQLV2V3(datoFra = '2021-01-01', datoTil = '2021-12-31')
RyggData <- RyggPreprosess(RyggDataRaa)
Variabler <- c('AntibiotikaV3', 'ASA', 'TidlOpr', 'OpKat', 'BMI', 'SympVarighUtstr',
'SmRyPre', 'SmBePre', 'SmStiPre', 'ArbstatusPre')
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','AntibiotikaV3')], useNA = 'a'), margin=1)
AntibiotikaV3 <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','ASA')], useNA = 'a'), margin=1)
ASA <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','TidlOpr')], useNA = 'a'), margin=1)
TidlOpr <- 1-tab[1:4,'9']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','OpKat')], useNA = 'a'), margin=1)
OpKat <- 1-tab[1:4,'9'] #Ser bort fra NA..
data <- data.frame(Aar=RyggData$Aar, BMI=is.na(RyggData$BMI))
tab <- prop.table(table(data, useNA = 'a'), margin=1)
BMI <- 1-tab[1:4,'TRUE']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SympVarighUtstr')], useNA = 'a'), margin=1)
SympVarighUtstr <- 1-rowSums(tab[1:4, 6:7])
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmRyPre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmRyPre <- 1-tab[1:4,'99']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmBePre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmBePre <- 1-tab[1:4,'99']
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','SmStiPre')], useNA = 'a'), margin=1)
SmStiPre <- 1-rowSums(tab[1:4,3:4])
tab <- prop.table(table(RyggData[,c('Aar','ArbstatusPreV3')], useNA = 'a'), margin=1)
ArbstatusPreV3 <- 1-tab[1:4,'99']
Kompletthet <- cbind(AntibiotikaV3, ASA, TidlOpr, OpKat, BMI, SympVarighUtstr,
SmRyPre, SmBePre, SmStiPre, ArbstatusPreV3)
write.csv2(Kompletthet, file = '../mydata/RyggKompl21.csv', fileEncoding = 'UTF-8')
#_________________________________________________________________________________________
#Registreringsoversikter for 2019-data
#_________________________________________________________________________________________
skjemaoversikt <- read.table('A:\Rygg\skjemaoversikt2019-11-04.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8') #IKKE sensitive data. Kan legges i pakken.
#skjemaoversikt$Skjemanavn <- skjemaoversikt$X.U.FEFF.Skjemanavn
skjemaoversikt$MndAar <- format(as.Date(skjemaoversikt$HovedDato), '%y.%m')
table(skjemaoversikt$MndAar)
indPasientskjema <- which((skjemaoversikt$SkjemaRekkeflg==5) & skjemaoversikt$SkjemaStatus %in% -1:1)
table(skjemaoversikt[indPasientskjema, c('Sykehusnavn','MndAar', "SkjemaStatus")]) # ,
#----------- Teste valgtVar for nye data -----------------------------
#Benytter allevarnum som RegData
#Tester Andeler, AndelTid, AndelGrVar, GjsnBox og GjsnGrVar
#Oppfølgingsskjema har ikke fått selvvalgte navn. Variable fra oppfølgingsskjema sjekkes IKKE
library(rygg)
tapply(RegData$OswTotPre, RegData$Aar, FUN = 'median')
rm(list=ls())
outfile <- ''
tidsenhet <- 'Mnd'
valgtVar <- 'regForsinkelse'
# RegData <- read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv',
# sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
test <- RyggFigAndeler(RegData=RegData) #, valgtVar=valgtVar, enhetsUtvalg = 1, reshID = reshID) #, outfile='test.pdf')
utdata <- RyggFigAndelerGrVar(RegData=RegData) #, valgtVar=valgtVar,outfile=outfile)
utdata <- RyggFigAndelTid(RegData=RegData, valgtVar='roker', tidsenhet = 'Aar') #, outfile=outfile
RyggFigGjsnBox(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar,tidsenhet = tidsenhet) #aar=aar,
RyggFigGjsnGrVar(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar)
#---Status per 19.juli 2019
#valgtVarOK: alder, alder70, arbstatus, ASA, beinsmLavPre, BMI, degSponSSSten, EQ5DPre, OswTotPre,
# smBePre, smRyPre, EQangstPre, EQgangePre, erstatningPre, komplPer, morsmal, opIndPareseGrad, hastegrad
# peropKomp, roker, saardren, sivilStatus, smStiPre, smStiPreHypp, symptVarighRyggHof, sympVarighUtstr,
# uforetrygdPre, utd
variable <- c('alder', 'alder70', 'arbstatus', 'ASA', 'beinsmLavPre', 'BMI', 'degSponSSSten',
'EQ5DPre', 'OswTotPre', 'smBePre', 'smRyPre', 'EQangstPre', 'EQgangePre',
'erstatningPre', 'komplPer', 'morsmal', 'opIndPareseGrad', 'hastegrad', 'peropKomp',
'roker', 'saardren', 'sivilStatus', 'smStiPre', 'smStiPreHypp', 'symptVarighRyggHof',
'sympVarighUtstr', 'uforetrygdPre', 'utd')
for (valgtVar in variable) {
outfile <- paste0(valgtVar,'_ford.png')
RyggFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, outfile = outfile)}
#valgtVarIKKE ok: antNivOpr, beinsmEndrLav, degSponFusj, EQ5DEndr, EQ5DEndrPre, OswEndr, OswEndrPre,
# OswEndrLav, OswEndr20, OswEndr30pst, Osw22, Osw48, smBeinEndr, smBeinEndrPre, smRyggEndr, smRyggEndrPre
# fornoydhet, hovedInngrep (ikke def.), komplPost, kp3Mnd, kpInf3Mnd, liggedogn, misfornoyd, nytte,
# opInd og opIndSmeType (mangler varnavn OpIndSme/-Type), radUnders (mangler varnavn),
# tidlOpr, tidlOprAntall, tidlOp3, underkat (ikke def. hovedkat), verre
#_________________________________________________________________________________________
#
#""""""""""""""""""""""""""""" F I G U R F U N K S J O N E R """""""""""""""""""""""""""""""""""""
#_________________________________________________________________________________________
#-----------Samlerapporter----------------------------
knit('SamleRappNKR.Rnw') #, encoding = 'UTF-8')
texi2pdf('SamleRappNKR.tex')
reshID <- 601161
library(rygg)
setwd('/home/rstudio/rygg/inst')
knitr::knit('RyggMndRapp.Rnw')
tools::texi2pdf('RyggMndRapp.tex')
#knitr::knit2pdf('RyggMndRapp.Rnw')
library(knitr)
knit('C:/ResultattjenesteGIT/nkr/AarsrappOff/ResultaterAarsrapp.Rnw') #, encoding = 'UTF-8')
library(tools)
texi2pdf('ResultaterAarsrapp.tex')
#---------------------------Dekningsgrad-------------------------------------
RegData=0
preprosess=0
outfile=''
valgtVar='DeknNakke17' #DeknNakke17, 'DeknRygg17'
#RyggFigAndelerGrVarDeknGr(RegData=0, preprosess=0, outfile='', valgtVar='DeknNakke17')
RyggFigAndelerGrVarDeknGr(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='SymptVarighRyggHof')
RyggFigAndelerGrVar(RegData = RegData, valgtVar='Morsmal', outfile = '')
#----------------------------------------------------------------
# FigAndeler (RyggFigAndeler.r
#----------------------------------------------------------------
valgtVar <- 'fornoydhet' #Må velge...
#NB: Hvis variabel='Underkat', MÅ hovedkat velges, dvs. ikke 99.
outfile <- 'FordelingsFigurregForsinkelse_2021-03-27.pdf'
FordUt <- RyggFigAndeler(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile)
variable <- c('alder', 'antibiotika', 'antNivOpr', 'arbstatus', #'Arbstatus3mnd', 'Arbstatus12mnd',
'ASA', 'BMI', 'EQangstPre', 'EQgangePre', 'erstatningPre', 'fornoydhet', 'hovedInngrep',
'komorbiditet', 'komplPer', 'komplPost', 'liggedogn', 'morsmal', 'nytte', #3mnd', 'Nytte12mnd',
'opIndPareseGrad', 'opInd', 'opIndSmeType', 'hastegrad','radUnders',
'roker', 'sivilStatus','smStiPre', 'smStiPreHypp', 'SymptVarighRyggHof',
'SympVarighUtstr', 'saardren', 'tidlOpr', 'tidlOprAntall','uforetrygdPre', 'utd', 'underkat')
variable <- c('SympVarighUtstr', 'SymptVarighRyggHof','saardren' )
for (valgtVar in variable) {
print(valgtVar)
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
utdata <- RyggFigAndeler(RegData <- RegData, valgtVar = valgtVar, datoFra = datoFra, datoTil = datoTil,
outfile = outfile, reshID=reshID)
}
#----------------------------------------------------------
# RyggFigGjsnGrVar
# RyggFigGjsnBox
#----------------------------------------------------------
#------- Endring i effektmål som funksjon av tid eller prescore
library(rygg)
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
RyggFigGjsnGrVar(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='OswTotPre')
#, tidlOp=tidlOp, erMann=erMann,
# hovedkat=hovedkat, minald=minald, maxald=maxald, ktr=ktr, tittel=tittel, valgtMaal='Gjsn',
# datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, aar=aar, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg)
utdata <- RyggFigGjsnBox(RegData=RegData, outfile='', aar=2007:2020, tidsenhet = 'Aar', valgtVar='OswEndr')
# , tidlOp=tidlOp, erMann=erMann, hastegrad = hastegrad,
# hovedkat=hovedkat, minald=minald, maxald=maxald, ktr=ktr, tittel=tittel, valgtMaal=valgtMaal,
# datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tidsenhet = tidsenhet, reshID=reshID) #aar=aar,
variable <- c('alder', 'liggedogn', 'EQ5DPre', 'EQ5DEndr', 'EQ5DEndrPre',
'OswTotPre', 'smBePre', 'smRyPre', 'OswEndrPre', 'smRyggEndr', 'smBeinEndr')
for (var in variable) {
# outfile <- paste0(var, 'GjsnSh.png')
# RyggFigGjsnGrVar(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2018-01-01', ktr=1,
# medKI = 0, outfile=outfile)
(outfile <- paste0(var, 'MedBox.png'))
RyggFigGjsnBox(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2017-01-01', #valgtMaal = 'Med',
tidsenhet = 'Kvartal', outfile=outfile)
}
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#-------- Andel per sykehus eller annen gr.variabel (AndelGrVar)-----------------------------------------
#---------AndelTid
#-------------------------------------------------------
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3() #read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv', sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
DataUt <- RyggFigAndelerGrVar(valgtVar='fornoydhet', RegData=RegData, #hovedkat = hovedkat, tidlOp=tidlOp, Ngrense=20, hastegrad=hastegrad,
datoFra='2019-01-01', datoTil = '2021-02-01',ktr=1, outfile='')
DataUt <- RyggFigAndelTid(RegData=RegData, outfile='', valgtVar='nytte', datoFra = '2017-01-01', ktr = 1)
tab <- lagTabavFig(UtDataFraFig=DataUt, figurtype='andelTid')
# , hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
# minald = minald, maxald = maxald, aar=aar, tidsenhet = tidsenhet,
# erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1,
# reshID=reshID)
#Sjekk Oswestry-skår for V3
variable <- c('alder70', 'antibiotika', 'arbstatus', 'ASA', 'smBePreLav',
'beinsmEndrLav', 'BMI', 'degSponFusj', 'degSponSSSten', 'erstatningPre', 'fornoydhet',
'KpInf3Mnd', 'Kp3Mnd', 'misfornoyd', 'nytte', 'OswEndrLav', 'OswEndr20', 'OswEndr30pst',
'Osw22', 'Osw48', 'peropKompDura', 'roker', 'saardren', 'smStiPre', 'symptVarighRyggHof',
'sympVarighUtstr', 'tidlOp3', 'uforetrygdPre', 'utd', 'verre')
for (var in variable) {
# outfile <- paste0(var, 'Sh.png')
# RyggFigAndelerGrVar(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2016-01-01', ktr=1, outfile=outfile)
outfile <- paste0(var, 'ATid.png')
RyggFigAndelTid(valgtVar=var, RegData=RegData, datoFra='2011-01-01', ktr=1, outfile=outfile)
}
#---------Traktplott------
library(rapFigurer)
library(qicharts2)
RegData <- read.table('A:/Rygg/allevarnum2019-08-12.csv',
sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
AndelGrVarData <- RyggFigAndelerGrVar(valgtVar='uforetrygdPre', RegData=RegData, Ngrense = 20,
datoFra='2019-01-01', outfile='')
with(AndelGrVarData, rapFigurer::FigTraktplott(sykehus = grtxt, andel = as.numeric(AggVerdier/100),
nevner = as.numeric(Ngr),
tittel = tittel, undertittel = utvalgTxt, sort = 'andel'))
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#-------- Andel per sykehus eller annen gr.variabel (AndelGrVar), samt siste 3 år-----------------------------------------
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#Lage bostedfil:
Innbyggere2007_2015kjonn <- read.table('./Innbyggere2007_2015kjonn.csv', sep=';', header = T, encoding = 'UTF-8')
BoStederInnb <- aggregate(Innbyggere2007_2015kjonn$AntInnb,
by=Innbyggere2007_2015kjonn[ ,c('Kommune','KommNr', 'BoRHF','Fylke', 'Aar')], FUN='sum')#'BoHF',
#Kommune 301 Oslo har fire BoHF. For øvrig kommunenummer bestemmer kommunenummer entydig BoHF.
BoStederInnb2015 <- BoStederInnb[which(BoStederInnb$Aar == '2015'),]
save(BoStederInnb2015, file="./data/BostederInnb2015.Rdata")
write.table(BoStederInnb2015, file="./data/BostederInnb2015.csv", sep=';')
rm(list=ls())
setwd("C:/ResultattjenesteGIT/nkr/")
library(nkr)
NKRdata <- read.table('C:/Registre/nkr/data/NKR2010_2015.csv', sep=';', header=T)
load(file="./data/BostederInnb2015.Rdata")
#For alders-og kjønnsstandardisering:
Innbyggere2015aldkj <- read.table('./Innbyggere2015aldkj.csv', sep=';', header = T, encoding = 'UTF-8')
#Innbyggere2015alder <- read.table('C:/VariasjonKvalitet/Innbyggere2015.csv', sep=';', header = T)
#Innbyggere <- with(Innbyggere2015alder, aggregate('AntInnb', by=list('KommNr', 'BoHF', 'BoRHF','Fylke'), FUN='sum')
RegData <- merge(NKRdata, BoStederInnb2015, by.x = "Kommunenr", by.y = "KommNr", all.x = TRUE, all.y = FALSE)
valgtVar <- 'SympVarighUtstr' #, #BeinsmEndrLav', BeinsmLavPre, DegSponSSSten, KpInf3Mnd
# OswEndr13, OswEndr20, OswEndr30pst, Osw48, SympVarighUtstr, Verre,
#Indikatorprosjekt: BeinsmLavPre, OswEndr20
outfile <- paste0(valgtVar, '_', grVar,'Aar.pdf')
RyggFigAndelerGrVarAar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
#RyggFigAndelerGrVar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, siste3aar = 1,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, ktr=ktr, hovedkat=hovedkat, grVar=grVar,
preprosess=1, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile)
variableInd <- c('BeinsmLavPre', 'OswEndr20','SympVarighUtstr')
variable <- c('Alder', 'Antibiotika', 'ArbstatusPre', 'Arbstatus3mnd', 'Arbstatus12mnd', 'ASA', 'BMI',
'ErstatningPre', 'Fornoyd3mnd','Fornoyd12mnd', 'Kp3Mnd', 'Misfor3mnd', 'Misfor12mnd',
'Nytte3mnd', 'Nytte12mnd', 'PeropKomp', 'Osw30_3mnd', 'Osw30_12mnd', 'PeropKompDura', 'Roker',
'Saardren', 'SmStiPre', 'SymptVarighRyggHof', 'SympVarighUtstr', 'UforetrygdPre', 'Utd', 'Verre3mnd', 'Verre12mnd')
#for (grVar in c('Fylke', 'ShNavn', 'BoRHF')){
grVar <- 'ShNavn' #'BoRHF'
for (valgtVar in variableInd) {
outfile <- paste0(valgtVar, '_', grVar, 'Aar.pdf')
RyggFigAndelerGrVarAar(RegData=RegData, valgtVar=valgtVar, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
minald=minald, maxald=maxald, erMann=erMann, hovedkat=hovedkat,ktr=ktr,
preprosess=1, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, reshID=reshID, outfile=outfile,
grVar = grVar)
}
#}
#-------------------------------------------------------
#---------AndelStabelTid
#-------------------------------------------------------
#query = 'select Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt, Fornoyd3mnd, Fornoyd12mnd, TidlOpr,
# Nytte3mnd, Nytte12mnd,
# AvdID, AvdReshID, AvdNavn, right(OpDato, 4) as Aar from nkr_test.dbo.Uttrekk_Rapport'
valgtVar <- 'TidlOp' #velge TidlOp, Fornoyd eller Nytte
outfile <- ''#paste0(valgtVar, '.png') #Navn angis av Jasper
RyggFigAndelStabelTid(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
minald = minald, maxald = maxald,
erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1, reshID=reshID)
AndelTidlOp <- RyggAndelStabelTid(RegData=RegDataLand, outfile='TidlOp.pdf', valgtVar='TidlOp', hovedkat=hovedkat,
minald = minald, maxald = maxald,
erMann=erMann, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=0, reshID=reshID)
for (valgtVar in c('TidlOp', 'Fornoyd', 'Nytte')) {
outfile <- paste0(valgtVar, '.png')
RyggAndelStabelTid(RegData=RegData, outfile=outfile, valgtVar=valgtVar, hovedkat=hovedkat, preprosess=1,
erMann=erMann, ktr=ktr, tidlOp=tidlOp, enhetsUtvalg=enhetsUtvalg, tittel=1, reshID=reshID)
}
#----------------------------------------------------------
#-----------------AndelStabelEgetLand-----------------------------
#----------------------------------------------------------
#Variabel: ASA, OpKat(Hastegrad)
library(gridExtra)
rm(list=ls())
query = 'select ASA, OpKat, Kjonn, TidlOpr, HovedInngrep, HovedInngreptxt,
Inngrep, Inngreptxt, AvdReshID, AvdNavn, OpDato from nkr_test.dbo.Uttrekk_Rapport'
#__Inndata til funksjon:
reshID <- 100133 #999999 #601161 #100133 #111065 #105783 #103618 #102949 # #Må sendes med til funksjon
variabel <- 'OpKat' #Må velges. 'ASA', 'OpKat'
kjonn <- 1 #1-menn, 2-kvinner, Standard: 0, dvs. begge
hovedkat <- 99 #Hovedinngrep, 0-7, Standard: 99, dvs alle operasjoner
outfile <- paste(variabel, '.png', sep='') #Navn angis av Jasper
setwd("C:/RyggRegister/Rapport/nkr/trunk/RAndelStabelEgetLand/")
source("fun_AndelStabelEgetLand.R", encoding="UTF-8")
AndelStabelEgetLand(opdata=opdata, outfile=outfile, variabel=variabel,
kjonn=kjonn, hovedkat=hovedkat, aar=aar, reshID=reshID)
#----------------------------------------------------------
# FordPrePost
#----------------------------------------------------------
rm(list=ls())
setwd('C:/RyggRegister/Rapport')
query = 'select PID, Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt,
EQ5DPre, EQ5D3mnd, EQ5D12mnd, OswTotPre, OswTot3mnd, OswTot12mnd,
SmRyPre, SmRy3mnd, SmRy12mnd, SmBePre, SmBe3mnd, SmBe12mnd,
Inngrep, Inngreptxt, AvdID, AvdReshID, AvdNavn, OpDato from Uttrekk_Rapport'
plotType <- 'S' #'L' el. 'S'. Søyler er standard.
valgtVar <- 'EQ5D' #EQ5D, Oswestry, SmBein, SmeRygg
for (variabel in c('EQ5D', 'Oswestry', 'SmBein', 'SmRygg')) {
#variabel <- c(KomplPer, KomplPost)[i]
outfile <- paste(variabel,'FEs.pdf', sep='')
source("fun_FordPrePost.R", encoding="UTF-8")
FordPrePost(opdata=opdata, outfile=outfile, reshID=reshID, egenavd=egenavd,
variabel=variabel, plotType=plotType, aar=aar, kjonn=kjonn, hovedkat=hovedkat, ktr=ktr)
}
#----------------------------------------------------------
#--------SoyleSml, differanse m/konf.int. gj.sn., alle s-hus
#----------------------------------------------------------
rm(list=ls())
query = 'select OswTotPre, OswTot3mnd, OswTot12mnd, EQ5DPre, EQ5D3mnd, EQ5D12mnd,
Alder, Kjonn, HovedInngrep, HovedInngreptxt, TidlOpr, Inngrep, Inngreptxt,
AvdID, AvdReshID, AvdNavn, OpDato, ASA, Utd from Uttrekk_Rapport'
setwd("C:/RyggRegister/Rapport/jasper/nkr/trunk/RSoyleSml/")
source("fun_SoyleSml.R", encoding="UTF-8")
test <- SoyleSml(opdata=opdata, outfile=outfile, reshID=reshID, variabel=variabel,
tidlOp=tidlOp, aar=aar, kjonn=kjonn, shgr=0, hovedkat=hovedkat, ktr=ktr, just=0)
#For å kunne standardisere, må hele datamaterialet sendes med
#-----------------------------------------------------------------------------------------------------
#---------------------------------------------------------------
# Kvalitetskontroll av data
#---------------------------------------------------------------
library(xtable)
Sweave('KvalKtrAvData.Rnw')
#---------------------------KVALITETSSJEKK-----------------------------
RegData <- RyggPreprosess(RegData=RegData)
#Dobbeltregistrering
PIDop <- table(RegData$PID, RegData$OpDato)
names(PIDop[which(PIDop>1)])
testDato <- aggregate(RegData$PID, by=RegData[ ,c('PID','OpDato')], drop=TRUE, FUN=length)
test[which(test$x >1), ]
testMnd <- aggregate(RegData$InnDato, by=RegData[ ,c('PID','Mnd','OpAar')], drop=TRUE, FUN=length)
duplMnd <- testMnd[which(testMnd$x >1), ]
testAar <- aggregate(RegData$PID, by=RegData[ ,c('PID','OpAar')], drop=TRUE, FUN=length)
sum(testAar$x >1)
#------------------------------ Data til NPR, Dekningsgradsanalyse-------------
load('A:/Rygg/NKR2010-2017aarsrapp.Rdata')
query <-
'SELECT loepenummer, Alder, Kjonn, HFNavn, HFID, HFReshID, AvdNavn, AvdID, AvdReshID,
OpDato, Dagkirurgi, HovedInngrep, HovedInngreptxt, Inngrep, Inngreptxt, ProsKode1, ProsKode2
FROM Uttrekk_Rapport
WHERE OpAar=2017'
# variable <- c('PID', 'Alder', 'Kjonn', 'HFNavn', 'HFID', 'HFReshID',
# 'AvdNavn', 'AvdID', 'AvdReshID', 'OpDato', 'Dagkirurgi',
# 'HovedInngrep', 'HovedInngreptxt', 'Inngrep', 'Inngreptxt', 'ProsKode1', 'ProsKode2')
NKR2017 <- read.table('A:/Rygg/NPR2017.csv', sep=';', header=T, encoding = 'UTF-8')
NKR2017 <- RegData[which(NKR2017$OpDato<2017), ]
sort(variable)[which(!(sort(variable) %in% sort(names(RegData))))]
#------------Sjekk av gml. ny resh------------
RegDataV2 <- rapbase::LoadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM uttrekk_rapport_from_tore')
RegDataV3 <- rapbase::LoadRegData(registryName="rygg",
query='SELECT * FROM allevarnum')
RegData <- RyggRegDataSQLV2V3()
#table(RegData[,c(ReshId)])
tab <- unique(RegData[, c("ShNavn", "ReshId")])
tab[order(tab$ShNavn),]
sort(table(tab$ShNavn)) #To: Aleris Bergen, Aleris Oslo, Tromsø, Volvat
sort(table(tab$ReshId)) #To: 105153 601161
tab[tab$ReshId==601161,]
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.