Sim_Clust_Ordre: Similarite releves-syntaxon (cf these Julie)

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

Description

Calcul la similiarite des releves entre un tableau de releves (releves regroupes dans un cluster) et un groupement vegetal de reference (de type alliance vegetale)

Usage

Sim_Clust_Ordre(TAB_FREQ_CLU, NOM_CLU, TAB_ORDRE, METH = "bray", BINA = F)

Arguments

TAB_FREQ_CLU	tableau de releves des especes en colonnes et des frequences des especes de chaque cluster en ligne (2 colonnes de variables et colonnes especes). Les valeurs correspondent a la frequence des especes pour chaque cluster
NOM_CLU	Nom du cluster choisit
TAB_ORDRE	tableau des releves de references qui definit les differentes alliances vegetales (les especes en colonne et les alliances en ligne) (4 colonnes de variables et des colonnes especes). Les valeurs correspondent a la frequence des especes pour chaque alliance.
METH	methode de similarite a utiliser (par defaut = bray)
BINA	binarite T ou F selon que l'on travaille en presence/absence ou non (par default = FALSE)

Value

renvoie un tableau avec une valeur de similarite (1-indice de Bray Curtis) et un rang (l'alliance la plus similaire) pour chaque alliance en comparaison avec le cluster choisit

Examples

# Exemple d'application
# chargement du package vegan
library(vegan)
# Creation de tableaux de variables / facteurs
tord<-data.frame(list(nom_ordre = c("Sisymbrietea", "Sisymbrietea", "Sisymbrietea"),
                      Ordres = c("O.1.", "O.1.", "O.1."),
                      alliances = c("A.1.2.", "A.1.3.", "A.1.4."),
                      Nb_syntaxons = c(22,28,32),
                      Sp1=c(1,0,0),
                      Sp2=c(1,1,0),
                      Sp3=c(0,1,1),
                      Sp4=c(0,1,0)))
tord
tclu<-data.frame(list(Num_releve = c("3", "4", "6"),All_rel = c("Carriere", "Carriere", "Carriere"),
                      Sp1=c(0,0,0.5),
                      Sp2=c(1,0,1),
                      Sp3=c(1,0,0.1),
                      Sp4=c(0.5,0,0),
                      Sp5=c(0,1,0),
                      Sp6=c(0,1,0)))
tclu
# Utilisation de la fonction pour le cluster 6 (=Num_releve) par exemple
Sim_Clust_Ordre(tclu,NOM_CLU="6",tord,METH="bray",BINA=F)

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Dec. 12, 2020, 5:14 a.m.