barres.plot.beside: barres.plot, mais en parallele

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

Description

Fait un diagramme en barre avec la moyenne et les barres d'erreurs, les barres sont regroupees par modalites d'un premier facteur comme barres.plot avec avec possibilite de changer le calcul des barres d'erreur, et d'ajouter les lettres des tests post hoc, ou des etoiles.

Usage

barres.plot.beside(
  VARI,
  FAC1,
  FAC2,
  lettres = c(""),
  etoiles = c(""),
  ecart = "sem",
  POSI = "none",
  ylim = "NP",
  cex.let = 1,
  srt.let = 0,
  las.x = 1,
  cex.x = 1,
  labels.x = 1,
  font.x = 1,
  cl.x = 1,
  below.x = 0,
  ...
)

Arguments

VARI	une liste de valeurs de la variable (vecteur)
FAC1	une liste des modalites du premier facteur (factor) de meme longueur que variable
FAC2	une liste des modalites du deuxieme facteur (factor) de meme longueur que variable
lettres	(facultatif) liste de type c("text","text") qui figurera au dessus d'une barre
etoiles	(facultatif) liste de type c("text","text") qui figurera au dessus d'un groupe de barres
ecart	(facultatif) type de calcul de la barre d'erreur "sem" (par defaut) calculera l'erreur standard (ecart type divise par n) "IC" calculera l'intervalle de confiance a 5 pourcent (quantile 97.5 a n-1 degre de liberte multiplie par l'ecart-type divise par la racine de n-1) "var" ou "sd" ou tout autre fonction de calcul connue de R Attention, ne supporte pas les NA... (j'ai deja essaye de modifier mais sans succes...)
POSI	position des labels pour le 2eme facteur, soit en haut "top", soit en bas, "bottom", soit absent "none"
ylim	comme pour la fonction plot, permet de preciser les limites de l'axe des ordonnees
cex.let	facultatif, taille des lettres
srt.let	facultatif, angle des lettres
las.x	facultatif, orientation des labels de l'axe x (2 = vertical)
cex.x	facultatif, taille des labels de l'axe x
labels.x	facultatif, noms des labels de l'axe x
font.x	facultatif, police des labels de l'axe x
cl.x	facultatif, couleur des labels de l'axe x
below.x	facultatif, décalage vers le bas des labels de l'axe x (1,2,3)
...	possibilite de rajouter des arguments comme col,main,ylab,etc. associees a barplot

Examples

# Creation des donnees, avec 2 facteurs, l'age et le sexe, et une variable: taille :
Age=factor(rep(c(2,10,20,30),each=10))
Sexe=factor(rep(rep(c("Homme","Femme"),5),4))
Taille=c(rnorm(5,60,7),rnorm(5,55,7),rnorm(5,145,15),rnorm(5,129,15),rnorm(5,175,15),
         rnorm(5,165,15),rnorm(5,175,15),rnorm(5,165,15))

# Un premier graphe le plus basique qui soit:
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age)
# et si on inverse les facteurs, avec des couleurs :
barres.plot.beside(Taille,Age,Sexe,col=c("burlywood1","darkseagreen3"))

# avec les annotations qui vont bien (attention, les lettres et etoiles
# sontad?finir soit meme, C-a-d apres tests statistiques, ici pour l'exemple,
# c'est de l'aleatoire...), et avec des couleurs simples (mais mocheS...)
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,POSI="bottom",
lettres=c("a","b","c","c","a","b","c","c"),
                   etoiles=c("*","***"),ylab="Taille (cm)",col=2:5)

#  avec des couleurs choisies avec colorRampPalette
coul<-c(colorRampPalette(colors=c("olivedrab1", "grey22"))(4))
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,POSI="bottom",
                   lettres=c("a","b","c","c","a","b","c","c"),
                   etoiles=c("*","***"),col=coul,ylab="Taille (cm)")
# Voici comment mettre une legende
legend("topleft",levels(Age),fill=coul,bty="n")

# Si on defini des couleurs pour chaque combinaison de modalite, il va falloir
# adapter la legende:
coul2<-c(colorRampPalette(colors=c("lightgoldenrod1", "gold4"))(4),
         colorRampPalette(colors=c("salmon", "firebrick4"))(4))
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,POSI="bottom",
                   lettres=c("a","b","c","c","a","b","c","c"),
                   etoiles=c("*","***"),col=coul2,ylab="Taille (cm)")
legend("topleft",paste(rep(levels(Sexe),each=length(levels(Age))),
                       rep(levels(Age),2),sep=" "),fill=coul2,bty="n")
# Nouveauté, possibilité de changer orientation, taille et titre des labels de x
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,las.x = 2)
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,cex.x = 0.5)
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,labels.x = c("Féminin","Masculin"))
barres.plot.beside(Taille,Sexe,Age,labels.x = c("Féminin","Masculin"), 
font.x = 3, cl.x = 2, below.x = 2)

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Dec. 12, 2020, 5:14 a.m.