better_arrows: Trace des fleches suite a une ACP

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

Trace des fleches suite a une ACP

Description

Trace des fleches suite a une ACP

Usage

better_arrows(
  COO,
  coef = 1,
  length = 0.1,
  angle = 15,
  col_text = 1,
  col = 1,
  ...
)

Arguments

COO	coordonnées des variables (ANALYSE$co pour une ACP avec ade4::dudi.pca et summary(ANALYSE)$biplot pour une RDA avec vegan::rda)
coef	un coef multiplicateur (pour exploser ou non la dispersion dans le plan)
length	longueur de l'encoche des fleches, 0.1 = 10pourcent par defaut
angle	angle des encoches des fleches, 15 = 15deg par defaut
col_text	couleur du texte
col	couleur des flèches
...	n'importe quel argument de la fonction arrows

Examples

#après une rda :
library(vegan)
data("dune")
data("dune.env")
A1<- dune.env$A1
Manure <- as.numeric(as.character(dune.env$Manure))
Moisture <- as.numeric(as.character(dune.env$Moisture))
ANALYSE_RDA <- rda(dune~A1+Manure+Moisture)
plot(summary(ANALYSE_RDA)$sites)
better_arrows(COO = summary(ANALYSE_RDA)$biplot, coef = 2, col_text = "orange")
# après une acp :
library(ade4)
ANALYSE_ACP <- dudi.pca(dune, scannf = F, nf = 2) #pas idéal sur des données espèces, c'est juste pour l'exemple..
plot(ANALYSE_ACP$li) #pour avoir le cadre des relevés
better_arrows(COO = ANALYSE_ACP$co, coef = 3, col_text = "firebrick")

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Feb. 16, 2025, 7:33 p.m.