multivar.domi: multivar.domi

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

multivar.domi

Description

multivar.domi

Usage

multivar.domi(
  COO_REL,
  RELEVES,
  ESP,
  COL_NULL = "gray",
  COL_LOW = "blue",
  COL_HIGH = "red",
  cex = 1,
  ADD = FALSE,
  ...
)

Arguments

COO_REL	Coordonnées des espèces suites à une ordination, pour les deux premiers axes, après dudi.pca et dudi.coa c'est ANALYSE$co[,1:2], après decorana c'est ANALYSE$cproj[,1:2], après metaMDS c'est ANALYSE$species[,1:2], etc.
RELEVES	les relevés ayant servi à faire l'analyse multivariée
ESP	l'espèce à afficher
COL_NULL	couleur des points des relevés sans l'espèce
COL_LOW	couleur pour les abondances faibles
COL_HIGH	couleur pour les abondances fortes
cex	taille des points de l'espèce
ADD	par defaut, créer un graphe seul, si add=T, les noms d'especes sont ajouté au graphe déjà existant
...	les autres arguments de la fonction plot (ne s'applique pas aux points de l'espèces, affichés par la fonction points..)

Examples

library(vegan)
data("dune")
ANALYSE_NMDS <- metaMDS(dune, trace = FALSE)
multivar.domi(COO_REL = ANALYSE_NMDS$points, RELEVES = dune, ESP = "Achimill")

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Feb. 16, 2025, 7:33 p.m.