rar.rm: Suppression d'especes rares

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

Suppression d'especes rares

Description

Supprime les especes n'ayant pas un certain nombre d'occurences

Usage

rar.rm(tableau.AD, n = 1, ABUN = 1e-06)

Arguments

tableau.AD	un tableau de contingence
n	un nombre minimal d'occurence
ABUN	une abondance minimale pour prise en compte de l'espèce

Details

!Nouveautés! Nouvel argument ABUN qui permet de choisir non plus sur un nombre d'occurence mais sur une valeur d'abondance (fréquence, recouvrement, etc.) minimale dans tout le tableau, voir l'exemple pour plus de clarté.

Value

le meme taleau de contingence, mais sans les especes dont le nombre d'occurence est inferieur a n

Examples

#' # Exemple avec les données "dune" de vegan
library(vegan)
data(dune)
ncol(dune)
# Il y a 30 espèces..
# Juste pour voir le nombre d'occurence des espèces
PA <- data.frame(apply(dune, c(1, 2), function(x) if (x != 0) 1  else 0))
apply(PA,2,sum)
# Il y a 3 espèces dans 1 seul relevés et 5 dans moins de 3 relevés
dune_ocu2 <- rar.rm(tableau.AD = dune, n = 2)
ncol(dune_ocu2) #3 espèces on bien été retirées
dune_ocu3 <- rar.rm(tableau.AD = dune, n = 3)
ncol(dune_ocu3) #5 espèces on bien été retirées
# Juste pour voir le nombre maximal d'abondance par espèce :
apply(dune,2,max)
# On voit qu'il y a 5 espèces qui ont des abondances max qui sont inférieures à 3
dune_abun3 <- rar.rm(tableau.AD = dune,ABUN = 3)
ncol(dune_abun3) # 5 espèces ont bien été retirées
# Possibilité de combiner les 2 :
dune_combi <- rar.rm(tableau.AD = dune, n = 2, ABUN = 3)
ncol(dune_combi) #ici ça veut dire qu'il y a seulement 20 espèces qui ont au moins 2 relevés avec des abondances au moins égal à 3.

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Feb. 16, 2025, 7:33 p.m.