structure.plotV2: structure plot version 2

In RenaudJau/Renaudpack2: Un fourre tout de mes fonctions...

Description

idem que structure.plot mais avec quelques arguments en plus (notament barres d'erreur, calcul de difference a la reference, etc.)

Usage

structure.plotV2(
  INDICE,
  FACTOR,
  MULTI = T,
  MTITLE = "",
  ABMAX = 5,
  col1 = "grey60",
  col2 = "white",
  col3 = "red",
  col4 = "orange",
  noms = "T",
  cex_noms = 1,
  erreur = "sem",
  w_err = 1,
  sp_star = 1,
  adj_meth = "BH",
  stars = "T",
  BASE = T,
  ...
)

Arguments

INDICE	An object issued from ComStructIndices function
FACTOR	A factor list, a barplot of species mean abundances will be performed for each factor level. If no factor is specified, MULTI=F should be specified.
MULTI	If no factor is specified, MULTI=F should be specified
MTITLE	Main title of the plot
ABMAX	Numerical value of the maximum abundance
col1	Colour information for the Reference mean abundances barplot
col2	Colour information for the Reference mean abundances in assessed community barplot, i.e. "missing abundances"
col3	Colour information for the abundances of target species in the assessed community
col4	Colour information for the "higher abundances" in the assessed community
noms	If other than "T", species names are not given
cex_noms	expansion factor for species names
erreur	(facultatif) type de calcul de la barre d'erreur "sem" (par defaut) calculera l'erreur standard (ecart type divise par n) "IC" calculera l'intervalle de confiance a 5 pourcent (quantile 97.5 a n-1 degre de liberte multiplie par l'ecart-type divise par la racine de n-1) "var" ou "sd" ou tout autre fonction de calcul connue de R Attention, ne supporte pas les NA... (j'ai deja essaye de modifier mais sans succes...)
w_err	largeur de la barre d'erreur, 1 par defaut Visiblement ca peut encore etre optimise, la taille par defaut est bonne dans certains cas moins dans d'autres...a ajuster donc
sp_star	ecartement des etoiles par rapport aux barres d'erreurs, 1 par defaut
adj_meth	methode d'ajustement du p : "bond","BH","hoch", etc. ou "none" (le p correspond a un test de wilcoxon entre la reference et la modalite evaluee)
stars	"T" par defaut, dessine les etoiles, toute autre mention ne les dessinera pas
BASE	T par defaut, dessine le graphe de refe pour chaque modalite, si F, pas de ligne de base
...	all other arguments used by barplot

Details

Attention, le p est ajuste pour une modalite, en toute rigueur il faudrait sans doute l'ajuster sur l'ensemble des calculs Attention, il peut y avoir des messages d'erreur, c'est lie a des ex aequo dans les valeurs, pour le calcul de wilcoxon, mais bon, ca ne change rien...'

See Also

ComStructIndices et structure.plot

Examples

IndiC=ComStructIndices(releves[Type=="COUS",],releves,rar=5)
structure.plotV2(IndiC,Type,ABMAX=5,sp_star=2,w_err=0.1)

RenaudJau/Renaudpack2 documentation built on Dec. 12, 2020, 5:14 a.m.