sleq: sleq

test_that("seqalignment class created properly", {
raw.sequences <- structure(c("a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "c", "a", "a", 
"g", "g", "c", "a", "a", "c", "c", "g", "c", "c", "t", "c", "g", 
"c", "c", "n", "t", "t", "c", "c", "g", "t", "t", "t", "t", "g", 
"g", "g", "t", "t", "g", "g", "g", "g", "g", "c", "c", "c", "c", 
"c", "a", "a", "c", "c", "c", "t", "g", "g", "g", "g", "t", "t", 
"t", "t", "g", "t", "g", "t", "t", "t", "c", "c", "c", "a", "a", 
"a", "a", "a", "c", "c", "g", "g", "g", "g", "g", "g", "g", "g", 
"c", "c", "g", "g", "g", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "g", 
"g", "a", "a", "a", "a", "a", "c", "a", "a", "g", "g", "a", "a", 
"a", "c", "c", "g", "c", "c", "c", "c", "g", "c", "c", "c", "g", 
"t", "g", "a", "g", "t", "t", "a", "t", "g", "g", "g", "g", "t", 
"g", "g", "g", "g", "g", "c", "c", "c", "c", "c", "a", "c", "c", 
"c", "c", "a", "g", "g", "g", "g", "t", "g", "t", "g", "g", "a", 
"g", "t", "g", "t", "c", "c", "c", "a", "a", "a", "a", "a", "c", 
"c", "g", "c", "g", "a", "g", "g", "g", "g", "c", "c", "g", "g", 
"g", "t", "t", "t", "t", "t", "c", "t", "a", "a", "a", "a", "a", 
"t", "t", "a", "t", "a"), .Dim = c(5L, 42L), .Dimnames = list(
    c("Turkey", "Salmo gair", "H. Sapiens", "Chimp", 
    "Gorilla"), c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", 
    "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", 
    "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26", "27", "28", 
    "29", "30", "31", "32", "33", "34", "35", "36", "37", "38", 
    "39", "40", "41", "42")))
    new.format.sequences <- seqalignment(raw.sequences)
    expect_match(new.format.sequences[1,1], raw.sequences[1,1])
    expect_match(unique(new.format.sequences$type), "dna")
    expect_equal(new.format.sequences$pos, rep(NA,42))
    expect_match(class(new.format.sequences$genes), "character")
    expect_equal(dim(new.format.sequences)[1], 5)
    expect_match(class(new.format.sequences), "seqalignment")
    raw.names <- sort(rownames(raw.sequences))
    new.names <- sort(names(new.format.sequences))
	for (i in sequence(length(raw.names))) {
		expect_equal(raw.names[i], new.names[i])	
	} 
})

test_that("seqalignment type is detected properly", {
	expect_match(GetSequenceType(c("a", "c", "t", "g", "n", "-", "y", "A")), "dna")
	expect_match(GetSequenceType(c("a", '*', "r", "b")), "aa")
	expect_match(GetSequenceType(c("a", "c", "u", "g", "n", "-", "y", "A")), "rna")
	expect_match(GetSequenceType(c("a", "j", "c", "u", "g", "n", "-", "y", "A")), "unknown")
})