addTo.Seurat: Add SpaCET to Seurat
In data2intelligence/SpaCE: Spatial Cellular Estimator for Tumors

addTo.Seurat

R Documentation

Add SpaCET to Seurat

Description

Add deconvolution results from an SpaCET object to an Seurat object as a new assay.

Usage

addTo.Seurat(SpaCET_obj, Seurat_obj)

Arguments

`SpaCET_obj`	An SpaCET object.
`Seurat_obj`	An Seurat object.

Value

An Seurat object.

Examples

visiumPath <- file.path(system.file(package = "SpaCET"), "extdata/Visium_BC")
Seurat_obj <- Seurat::Load10X_Spatial(data.dir = visiumPath)
SpaCET_obj <- convert.Seurat(Seurat_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.quality.control(SpaCET_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.deconvolution(SpaCET_obj, cancerType="BRCA", coreNo=8)
Seurat_obj <- addTo.Seurat(SpaCET_obj, Seurat_obj)
Seurat::DefaultAssay(Seurat_obj) <- "propMatFromSpaCET"
Seurat::SpatialFeaturePlot(Seurat_obj, features = c("CAF", "Macrophage"))

data2intelligence/SpaCE documentation built on Nov. 15, 2024, 12:03 a.m.