convert.Seurat: Convert Seurat to SpaCET

In data2intelligence/SpaCE: Spatial Cellular Estimator for Tumors

Convert Seurat to SpaCET

Description

Convert an Seurat object to an SpaCET object.

Usage

convert.Seurat(Seurat_obj)

Arguments

Seurat_obj

An Seurat object.

Value

An SpaCET object.

Examples

visiumPath <- file.path(system.file(package = "SpaCET"), "extdata/Visium_BC")
Seurat_obj <- Seurat::Load10X_Spatial(data.dir = visiumPath)
SpaCET_obj <- convert.Seurat(Seurat_obj)
SpaCET_obj <- SpaCET.quality.control(SpaCET_obj)
SpaCET.visualize.spatialFeature(SpaCET_obj, spatialType = "QualityControl", spatialFeatures=c("UMI","Gene"))

data2intelligence/SpaCE documentation built on Dec. 20, 2024, 1:41 a.m.